Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.fbb.msu.ru/~podkovkina/gene3-gene2.needle Дата изменения: Thu Feb 21 16:13:17 2008 Дата индексирования: Mon Oct 1 20:11:54 2012 Кодировка:

########################################
# Program: needle
# Rundate: Thu 21 Feb 2008 16:21:22
# Commandline: needle
# [-asequence] gurb_gene1.fasta
# [-bsequence] x04341.fasta
# [-outfile] gene3-gene2.needle
# -auto
# Align_format: srspair
# Report_file: gene3-gene2.needle
########################################

#=======================================
#
# Aligned_sequences: 2
# 1: D87842
# 2: X04341
# Matrix: EDNAFULL
# Gap_penalty: 10.0
# Extend_penalty: 0.5
#
# Length: 2415
# Identity: 2411/2415 (99.8%)
# Similarity: 2411/2415 (99.8%)
# Gaps: 0/2415 ( 0.0%)
# Score: 12039.0
#
#
#=======================================

D87842 1 atgtcgaattcttatgactcctccagtatcaaagtcctgaaagggctgga 50
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
X04341 1 atgtcgaattcttatgactcctccagtatcaaagtcctgaaagggctgga 50

D87842 51 tgcggtgcgtaagcgcccgggtatgtatatcggcgacacggatgacggca 100
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
X04341 51 tgcggtgcgtaagcgcccgggtatgtatatcggcgacacggatgacggca 100

D87842 101 ccggtctgcaccacatggtattcgaggtggtagataacgctatcgacgaa 150
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
X04341 101 ccggtctgcaccacatggtattcgaggtggtagataacgctatcgacgaa 150

D87842 151 gcgctcgcgggtcactgtaaagaaattatcgtcaccattcacgccgataa 200
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
X04341 151 gcgctcgcgggtcactgtaaagaaattatcgtcaccattcacgccgataa 200

D87842 201 ctctgtctctgtacaggatgacgggcgcggcattccgaccggtattcacc 250
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
X04341 201 ctctgtctctgtacaggatgacgggcgcggcattccgaccggtattcacc 250

D87842 251 cggaagagggcgtatcggcggcggaagtgatcatgaccgttctgcacgca 300
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
X04341 251 cggaagagggcgtatcggcggcggaagtgatcatgaccgttctgcacgca 300

D87842 301 ggcggtaaatttgacgataactcctataaagtgtccggcggtctgcacgg 350
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
X04341 301 ggcggtaaatttgacgataactcctataaagtgtccggcggtctgcacgg 350

D87842 351 cgttggtgtttcggtagtaaacgccctgtcgcaaaaactggagctggtta 400
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
X04341 351 cgttggtgtttcggtagtaaacgccctgtcgcaaaaactggagctggtta 400

D87842 401 tccagcgcgagggtaaaattcaccgtcagatctacgaacacggtgtaccg 450
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
X04341 401 tccagcgcgagggtaaaattcaccgtcagatctacgaacacggtgtaccg 450

D87842 451 caggccccgctggcggttaccggcgagactgaaaaaaccggcaccatggt 500
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
X04341 451 caggccccgctggcggttaccggcgagactgaaaaaaccggcaccatggt 500

D87842 501 gcgtttctggcccagcctcgaaaccttcaccaatgtgaccgagttcgaat 550
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
X04341 501 gcgtttctggcccagcctcgaaaccttcaccaatgtgaccgagttcgaat 550

D87842 551 atgaaattctggcgaaacgtctgcgtgagttgtcgttcctcaactccggc 600
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
X04341 551 atgaaattctggcgaaacgtctgcgtgagttgtcgttcctcaactccggc 600

D87842 601 gtttccattcgtctgcgcgacaagcgcgacggcaaagaagaccacttcca 650
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
X04341 601 gtttccattcgtctgcgcgacaagcgcgacggcaaagaagaccacttcca 650

D87842 651 ctatgaaggcggcatcaaggcgttcgttgaatatctgaacaagaacaaaa 700
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
X04341 651 ctatgaaggcggcatcaaggcgttcgttgaatatctgaacaagaacaaaa 700

D87842 701 cgccgatccacccgaatatcttctacttctccactgaaaaagacggtatt 750
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
X04341 701 cgccgatccacccgaatatcttctacttctccactgaaaaagacggtatt 750

D87842 751 ggcgtcgaagtggcgttgcagtggaacgatggcttccaggaaaacatcta 800
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
X04341 751 ggcgtcgaagtggcgttgcagtggaacgatggcttccaggaaaacatcta 800

D87842 801 ctgctttaccaacaacattccgcagcgtgacggcggtactcacctggcag 850
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
X04341 801 ctgctttaccaacaacattccgcagcgtgacggcggtactcacctggcag 850

D87842 851 gcttccgtgcggcgatgacccgtaccctgaacgcctacatggacaaagaa 900
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
X04341 851 gcttccgtgcggcgatgacccgtaccctgaacgcctacatggacaaagaa 900

D87842 901 ggctacagcaaaaaagccaaagtcagcgccaccggtgacgatgcgcgtga 950
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
X04341 901 ggctacagcaaaaaagccaaagtcagcgccaccggtgacgatgcgcgtga 950

D87842 951 aggcctgattgcggtcgtttccgtgaaagtgccggacccgaaattctcct 1000
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
X04341 951 aggcctgattgcggtcgtttccgtgaaagtgccggacccgaaattctcct 1000

D87842 1001 cccagaccaaagacaaactggtttcttctgaggtgaaatcggcggttgaa 1050
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
X04341 1001 cccagaccaaagacaaactggtttcttctgaggtgaaatcggcggttgaa 1050

D87842 1051 cagcagatgaacgaactgctggcagaatacctgctggaaaacccaaccga 1100
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
X04341 1051 cagcagatgaacgaactgctggcagaatacctgctggaaaacccaaccga 1100

D87842 1101 cgcgaaaatcgtggttggcaaaattatcgatgctgcccgtgcccgtgaag 1150
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
X04341 1101 cgcgaaaatcgtggttggcaaaattatcgatgctgcccgtgcccgtgaag 1150

D87842 1151 cggcgcgtcgcgcgcgtgaaatgacccgccgtaaaggtgcgctcgactta 1200
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
X04341 1151 cggcgcgtcgcgcgcgtgaaatgacccgccgtaaaggtgcgctcgactta 1200

D87842 1201 gcgggcctgccgggcaaactggcagactgccaggaacgcgatccggcgct 1250
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
X04341 1201 gcgggcctgccgggcaaactggcagactgccaggaacgcgatccggcgct 1250

D87842 1251 ttccgaactgtacctggtggaaggggactccgcgggcggctctgcgaagc 1300
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
X04341 1251 ttccgaactgtacctggtggaaggggactccgcgggcggctctgcgaagc 1300

D87842 1301 agggcggtaaccgcaagaaccaggcgattctgccgctgaagggtaaaatc 1350
||||..||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
X04341 1301 aggggcgtaaccgcaagaaccaggcgattctgccgctgaagggtaaaatc 1350

D87842 1351 ctcaacgtcgagaaagcgcgcttcgataagatgctctcttctcaggaagt 1400
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
X04341 1351 ctcaacgtcgagaaagcgcgcttcgataagatgctctcttctcaggaagt 1400

D87842 1401 ggcgacgcttatcaccgcgcttggctgtggtatcggtcgtgacgagtaca 1450
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
X04341 1401 ggcgacgcttatcaccgcgcttggctgtggtatcggtcgtgacgagtaca 1450

D87842 1451 acccggacaaactgcgttatcacagcatcatcatcatgaccgatgcggac 1500
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
X04341 1451 acccggacaaactgcgttatcacagcatcatcatcatgaccgatgcggac 1500

D87842 1501 gtcgacggctcgcacattcgtacgctgctgttgaccttcttctatcgtca 1550
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
X04341 1501 gtcgacggctcgcacattcgtacgctgctgttgaccttcttctatcgtca 1550

D87842 1551 gatgccggaaatcgttgaacgcggtcacgtctatatcgctcagccgccgc 1600
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
X04341 1551 gatgccggaaatcgttgaacgcggtcacgtctatatcgctcagccgccgc 1600

D87842 1601 tgtacaaagtgaagaaaggcaagcaggaacagtacattaaagacgacgaa 1650
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
X04341 1601 tgtacaaagtgaagaaaggcaagcaggaacagtacattaaagacgacgaa 1650

D87842 1651 gcgatggatcagtaccagatctctatcgcgctggacggcgcaacgctgca 1700
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
X04341 1651 gcgatggatcagtaccagatctctatcgcgctggacggcgcaacgctgca 1700

D87842 1701 caccaacgccagtgcaccggcattggctggcgaagcgttagagaaactgg 1750
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
X04341 1701 caccaacgccagtgcaccggcattggctggcgaagcgttagagaaactgg 1750

D87842 1751 tatctgagtacaacgcgacgcagaaaatgatcaatcgtatggagcgtcgt 1800
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
X04341 1751 tatctgagtacaacgcgacgcagaaaatgatcaatcgtatggagcgtcgt 1800

D87842 1801 tatccgaaagcaatgctgaaagagcttatctatcagccgacgttgacgga 1850
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
X04341 1801 tatccgaaagcaatgctgaaagagcttatctatcagccgacgttgacgga 1850

D87842 1851 agctgacctttctgatgagcagaccgttacccgctgggtgaacgcgctgg 1900
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
X04341 1851 agctgacctttctgatgagcagaccgttacccgctgggtgaacgcgctgg 1900

D87842 1901 tcagcgaactgaacgacaaagaacagcacggcagccagtggaagtttgat 1950
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
X04341 1901 tcagcgaactgaacgacaaagaacagcacggcagccagtggaagtttgat 1950

D87842 1951 gttcacaccaatgctgagcaaaacctgttcgagccgattgttcgcgtgcg 2000
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
X04341 1951 gttcacaccaatgctgagcaaaacctgttcgagccgattgttcgcgtgcg 2000

D87842 2001 tacccacggtgtggatactgactatccgctggatcacgagtttatcaccg 2050
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
X04341 2001 tacccacggtgtggatactgactatccgctggatcacgagtttatcaccg 2050

D87842 2051 gtggcgaatatcgtcgtatctgcacgctgggtgagaaactgcgtggcttg 2100
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
X04341 2051 gtggcgaatatcgtcgtatctgcacgctgggtgagaaactgcgtggcttg 2100

D87842 2101 ctggaagaagatgcgtttatcgaacgtggcgagcgtcgtcagccggtagc 2150
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
X04341 2101 ctggaagaagatgcgtttatcgaacgtggcgagcgtcgtcagccggtagc 2150

D87842 2151 cagcttcgagcaggcgctggactggctggtgaaagagtcccgtcgcggcc 2200
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
X04341 2151 cagcttcgagcaggcgctggactggctggtgaaagagtcccgtcgcggcc 2200

D87842 2201 tctccatccagcgttataaaggtctgggcgagatgaacccggaacagctg 2250
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
X04341 2201 tctccatccagcgttataaaggtctgggcgagatgaacccggaacagctg 2250

D87842 2251 tgggaaaccactatggacccggaacgttgtcgtatgctgcgcgttaccgt 2300
||||||||||||||||||||||||.||.||||||||||||||||||||||
X04341 2251 tgggaaaccactatggacccggaaagtcgtcgtatgctgcgcgttaccgt 2300

D87842 2301 taaagatgcgattgctgccgaccagttgttcaccacgctgatgggcgacg 2350
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
X04341 2301 taaagatgcgattgctgccgaccagttgttcaccacgctgatgggcgacg 2350

D87842 2351 ccgttgaaccgcgccgtgcgtttattgaagagaacgccctgaaagcggcg 2400
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
X04341 2351 ccgttgaaccgcgccgtgcgtttattgaagagaacgccctgaaagcggcg 2400

D87842 2401 aatatcgatatttaa 2415
|||||||||||||||
X04341 2401 aatatcgatatttaa 2415


#---------------------------------------
#---------------------------------------