Обе шестеренки будут крутиться с той же скоростью - коэффициент редукции остался неизменным.

Просто меня смущает то, что она на 2мм шире в диаметре соответственно, угловая скорость в месте зацепления шестеренок будет другая.

зависит! Если передаточное число 1:1 - то у вала ?2 будет такая же скорость, как и на валу ?1
 На то оно и передаточное число
 Если, например первое колесо будет больше, а второе меньше - у второго вала скорость будет быстрее.
 Коля возьми старый будильник и поэкспериментируй...быстрее разберешься

Та ясно если шестерни разные. Я имею в виду, что обе шестеренки абсолютно одинаковые. Например обе со 50мм диаметром и по 50 зубов.

Ну вот наконец прикрутил к монтировке UpgradeKit от EQ5. Работает под управлением EQMOD. После двухнедельных притирок и испытаний сегодня ночью получил первые результаты. В надежде на то, что получу какой-нибудь еще дельный совет укажу кое-какие параметры:

Передаточные числа: R.A.-720:1; DEC-684:1
Число микрошагов на один оборот ЧШ R.A.- 4 608 000,00;
Число микрошагов на один оборот червяка R.A. - 25 600,00;
Число микрошагов на один оборот ЧШ DEC- 4 380 444,44;
Число микрошагов на один оборот червяка DEC - 31 288,89;

Оригинальные данные UpgradeKit(а) EQ5:
704:1   Передаточное число   
4505600   Число микрошагов  ЧШ   
31288,89   Число микрошагов червяка   

Ориентировался именно на данные для EQ5 т.к. блок управления моторами расчитан под монтировку EQ5.
Итак по результатам:
- GoTo работает, можно сказать, идеально. Объект ставится точно в центр поля зрения (сам не ожидал), но правда по одну сторону
  от меридиана. При перекладке появляется ошибка, но объект остается в поле зрения искателя (SW 50х90).
- При включеннй сидерической скорости ведения объект ~8-10 мин. находится в перекрестии искателя, потом начинает медленно
  "убегать вперед". Поэтому анализ периодики программой PECPrep провести не удалось, т.к. через вебку в окошке программы
  убегание начинается  сразу где-то на второй минуте слежения.

Отсюда пока 2 вопроса:
1. Можно ли использовать данные по микрошагам от EQ6. Помнится мне в монтировке Celestron в блок моторов загонялась
    прошивка. Или  SW не имеет значения какие данные использовать ?

2. Как правильно расчитать скорость ведения. Взяв отношение 720/704 и умножив его на сидеричискую скорость монтировка
    сильно спешит, разделив - отстает ?

используются двигатели 200шаг/об, микрошаг 1/16

общее число шагов на один оборот ЧШ RA: 2304000
общее число шагов на один оборот ЧШ DEC: 2240000

эти данные скормил EQDRIVE.
Сделал тест ГОТО по координатным кругам.
Не сильно удивился все прошло по намеченому плану , крутится четко на заданные углы.

...вот ещебы с монти к синтовскому ЛХ както перейти, можно и скоп тогда зацепить.
  наверно просто кольца пока закрепить к монтировке.

на второй моей фотке видно, планка с двумя винтами, можно в ЛХ под них резьбу сделать.
конечно аналог крепления хек5 ек6 было бы универсальние, со временем такое надо и сделать чувствую

а понял, спасибо за наводку.

видео тестирования работы:
MT3S-2D + EQDRIVE(A3979)