Система автономного управления РН "Энергия" на базе бортового цифрового вычислительного комплекса обеспечивает высокую точность выведения полезного груза в заданную область и широкие возможности РН по выходу из нештатных ситуаций, в том числе и при отказе одного из двигателей РН. Высокая степень автоматизации позволила учесть возможность многих нештатных ситуаций - выход из них заранее заложен в программы. Иными словами пятьсот нештатных ситуаций превратились в штатно-заложенные. В самых сложных нештатных ситуациях автоматика приводит ракету в безопасное состояние, и она останется в нем, пока не будет принято необходимое решение.
При наличии в составе полезного груза элементов, сбрасываемых на активном участке полета, система управления формирует команду на их сброс, исходя из условия обеспечения падения отделяемых элементов в заданном районе. Отделение боковых ракетных блоков от центрального при израсходовании компонентов топлива в одном из блоков происходит по команде системы управления с помощью ракетных двигателей на твердом топливе.
Система пожаро- и взрывопредупреждения предназначена для повышения безопасности работ на стартовой позиции и предупреждения взрыва РН в полете при аварийных утечках водорода и кислорода из центрального блока.
Система аварийной защиты двигателей РН контролирует их параметры в процессе запуска и работы и позволяет произвести выключение аварийного двигателя до его разрушения, а при некоторых условиях - и выключение диаметрально противоположного двигателя, нормально работающего. Все это предупреждает развитие аварии на борту РН и позволяет продолжить управляемый полет.