Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://chronos.msu.ru/old/RREPORTS/chudov_evoluciya.htm
Дата изменения: Sat Dec 14 13:19:04 2013
Дата индексирования: Fri Feb 28 20:31:47 2014
Кодировка: Windows-1251

Поисковые слова: золотая рыба
УДК 575+576

Министерство образования

Российской Федерации

Московский государственный университет леса

С. В. Чудов

Устойчивость видов

и популяционная генетика

хромосомного видообразования

Монография

 

Издательство Московского государственного университета леса

Москва 2002


УДК 575+576.4

ББК 28.02

6Л2 Чудов С.В. Устойчивость видов и популяционная генетика хромосомного видообразования: Монография. - М: МГУЛ, 2002. - 97 с.

В монографии рассмотрены различные математические модели микроэволюционных процессов и видообразования в природных популяциях. Оценена способность этих моделей воспроизводить эмпирические закономерности, установленные цитологией, палеонтологией и биогеографией. Сделан вывод о неадекватности свойственного СТЭ мальтузианско-статистического подхода. Вместо него предложен иной, эколого-кибернетический подход, основанный на понятии геноценоза. В рамках этого подхода сформулирована структурно-генетическая концепция вида, предназначенная снять противоречия между популяционной и типологической концепциями вида и способствовать новому эволюционному синтезу.

Раcсчитана на научных работников, преподавателей, студентов и всех интересующихся теоретической биологией и теорией эволюции.

Abstract

Different mathematical models of microevolution and speciation processes in natural populations are reviewed. The ability of these models to reproduce some empirical trends established by cytology, paleontology and biogeography is evaluated. The conclusion is drawn that the statistical Malthusian approach inherent to synthetic evolution theory is inadequate for description of speciation and explanation of the above-mentioned trends, and an alternative ecologically-cybernetic approach is proposed, based on a new concept of genocenosis. In the framework of this approach a new notion of species is formulated in order to bridge a gap between typological and population concepts of species and promote a new evolutionary synthesis.

Автор - Сергей Владимирович Чудов

ї Чудов С.В., 2002

ї Московский государственный университет леса, 2002

ISBN 5-8135-0126-6


 

Предисловие

Настоящая работа основана на нескольких фундаментальных принципах, имеющих не только общебиологическое, но и более широкое значение. Они применимы ко всем развивающимся сложным системам, возникающим и прогрессивно усложняющимся в результате самоорганизации и передачи информации о своей структуре системам-потомкам. Примерами могут служить биоценозы, организмы, языки, биологические виды, общественные системы и многое другое. Но именно в биологии можно найти наиболее богатую, содержательную и хорошо изученную феноменологию, пригодную для демонстрации объяснительной и предсказательной силы этих общих кибернетических законов развития сложных систем.

Поэтому успехи и неудачи теории биологической эволюции наиболее наглядно иллюстрируют 'слепые пятна' современной методологии естествознания, связанные с отсутствием адекватного подхода к процессам самоорганизации и недостаточным усвоением уже разработанных математических методов исследования развития сложных систем, неполного осознания их универсальности и всеобщности. Рассмотренная здесь проблема видообразования - лишь частный случай использования кибернетической теории устойчивости, но в то же время это проблема узловая, без прояснения которой дальнейшее развитие теории биологической эволюции невозможно.

Автор настоящего исследования по базовому образованию не биолог, а математик. Поэтому, естественно, оно было бы невозможно без консультаций с профессиональными биологами разных специальностей, идеи и мнения которых существенно помогли мне сориентироваться в том запутанном нагромождении противоречивых представлений и подходов, которым является современная теория эволюции, и сформировать свой взгляд на ее спорные вопросы. В итоге этот взгляд оказался не всегда совпадающим с представлениями моих учителей и собеседников, но многие высказанные ими идеи так или иначе повлияли на форму и содержание изложенной ниже концепции, за что я им искренне признателен.

Своими знаниями в области генетики и многолетним интересом к теории эволюции я обязан в основном Н.В. Тимофееву-Ресовскому, чей курс лекций по 'вейсманизму-морганизму-менделизму' я прослушал в 1964-65 гг., будучи учеником 10 класса математической школы, и под руководством которого я год занимался в организованном им школьном генетическом кружке. От него я усвоил убеждение в том, что именно математика (и новые математические подходы) является подлинным ключом к построению теоретической биологии, хотя в итоге таким ключом оказался не тот подход, от которого он ожидал ответов на нерешенные вопросы теории.

С кибернетическим подходом к эволюции я познакомился сначала по работам, а затем и при личном общении с В.А. Геодакяном. От него я усвоил весьма важную для настоящей работы идею о том, что всякая эволюционирующая система должна представлять собой сочетание консервативной и оперативной подсистем, и что в ходе эволюции должна происходить передача информации из оперативной в консервативную подсистему, в результате чего последовательно наращивается объем информации, содержащейся в консервативной подсистеме. Это и является предпосылкой прогрессивного усложнения эволюционирующей системы, формирования ее наследственной памяти и причиной прогрессивного развития. Он же разъяснил мне многие неясные моменты, связанные с понятием нормы реакции, стабилизирующим и движущим отбором, и сделал ряд важных замечаний по первым наброскам предложенной мной концепции.

Наиболее содержательную и глубокую критику традиционного неодарвинистского подхода к эволюции я услышал от Ю.В. Чайковского. Продемонстрированная им неадекватность трактовки эволюционного процесса как изменения генных частот в популяциях, общей для моделей Фишера, Холдейна и Райта, заставила искать иные, не статистические (или отличные от общепринятой гауссовой статистики) способы описания биоразнообразия и закономерностей его преобразования. Сама идея представления эволюции как процесса преобразования одного биоразнообразия в другое является ключевой для монографии Ю.В. Чайковского 'Очерки эволюционной диатропики'; но такая постановка проблемы требует ответа на вопрос: что же порождает системность биоразнообразия и обеспечивает его относительную устойчивость, а также многие другие характерные черты?

Поиски формальной модели, способной воспроизвести эти свойства биоразнообразия, привели к идее ценоза как универсального способа описания сообщества реплицирующихся сущностей, будь то организмы, виды или гены. Оказалось, что все основные понятия популяционной экологии основаны на одной и той же математической модели конкуренции, отличающейся от мальтузианской модели (геометрической прогрессии размножения) использованием нелинейной динамики Ферхюльста. Эта модель и основанные на ней понятия обладают гораздо большей общностью, чем считают экологи; так, например, понятие экологической ниши применимо к репликаторам самой разной природы - генам, товарам, идеям, моделям поведения и много к чему еще. При этом устойчивость разнообразия оказывается самообусловленной: она является и следствием наличного разнообразия, и конечной причиной, телеономически его порождающей. Точно так же на сообщества разнородных репликаторов переносятся понятия сукцессии, климакса и сукцессионной системы. В результате получилась геноценотическая концепция вида, представленная в этой работе.

Я глубоко признателен д.б.н. А.Е. Седову, который помог мне сориентироваться в обширной литературе по эволюционной генетике, указав на многие важные источники по этой тематике, и в процессе работы над рукописью настоящей работы сделал ряд ценных замечаний и уточнений.

Я очень благодарен биологам А. Юрьеву, В.А Никулину, В.С. Фридману, А.М. Оловникову, А.С. Раутиану и в особенности моей жене Н.Г. Чудовой за участие в обсуждении изложенных здесь идей и конструктивную критику.

Неоценимую организационную помощь и моральную поддержку оказала мне моя научная руководительница в аспирантуре МГУЛа д-р ф-м.н., профессор М.Р. Короткина.

Глава 1. Современные взгляды на движущие силы,
темпы и формы биологической эволюции

1.1. Введение

Теория эволюции в настоящее время по-прежнему остается предметом ожесточенных споров сторонников разных взглядов. Хотя парадигма синтетической теории эволюции (СТЭ) пока что преобладает, в литературе обсуждаются также и альтернативные точки зрения, находящие все больше приверженцев. Огромные трудности, на которые наталкивается построение теоретической биологии (а ведь теория эволюции должна занимать в ней центральное место), признают даже убежденные сторонники СТЭ. Для подтверждения этого положения приведем четыре цитаты из одной из последних работ Н. В. Тимофеева-Ресовского [1980] - его в некотором роде "философского завещания":

"В настоящее время никакой теоретической биологии, сравнимой с теоретической физикой, нет".

"Пока нет не то что строгого или точного, но даже мало-мальски приемлемого, разумного, логического понятия прогрессивной эволюции. Биологи до сих пор не удосужились сформулировать, что же такое прогрессивная эволюция. На вопрос - кто прогрессивнее: чумная бацилла или человек - до сих пор нет убедительного ответа".

"... для решения проблемы, ведет ли естественный отбор, продолжающийся практически бесконечно долго, обязательно к прогрессивной эволюции или не ведет (хочется думать, что ведет), на мой взгляд, нужен замечательный математик или даже группа замечательных математиков, являющихся в то же время глубокими мыслителями".

"Я ... сейчас считаю, что не только я, но никто не может всерьез сегодня ответить на вопрос, ведет ли отбор автоматически к прогрессивной эволюции".

Мы не ставим перед собой цель обсудить все спорные проблемы эволюционной теории - это просто невозможно сделать в рамках одной работы и потребовало бы такого объема сведений из самых разных разделов биологии, математики, палеонтологии и других дисциплин, которым в настоящее время не может владеть ни один, даже самый образованный человек. Рассмотрим лишь два сравнительно недавних подхода, привлекших наибольшее внимание в качестве альтернатив СТЭ, а именно теорию "прерывистого равновесия" Гулда и Элдриджа [Eldrege., Gould, 1972] и генетическую теорию прогрессивной эволюции Суцумо Оно [1973]. Однако вначале вкратце сформулируем саму парадигму СТЭ, чтобы показать, что указанные выше концепции действительно являются альтернативными к ней.

1.2. Неодарвинизм и СТЭ

Неодарвинизм возник в конце 19 - начале 20 вв. как эволюционная концепция, выдвинутая Августом Вейсманом. Согласно этому учению, потомству передаются лишь те изменения, которые возникают в наследственных единицах половых клеток - детерминантах. Категорически отвергается возможность наследования приобретенных признаков, характерная для ламаркизма - основной альтернативы дарвинизму в 19 веке. Естественный отбор этих наследственных детерминантов Вейсман считал единственной и достаточной причиной эволюции.

Однако в те годы, когда А. Вейсман разрабатывал свою концепцию, генетика еще только зарождалась. Многие его идеи были чисто спекулятивными (например, распространение принципа отбора на отдельные части особи - так называемый 'тканевый отбор') и впоследствии не подтвердились. Дискретность дарвиновских "наследуемых вариаций" (или вейсмановских "детерминантов") была выявлена Грегором Менделем (1856-63) в опытах со скрещиванием разных сортов гороха, но затем забыта и независимо переоткрыта лишь в начале 20 в. Де Фризом, Корренсом и Э. Чермаком. Представление о "слитном" характере наследственности, сохранявшееся в концепции Вейсмана, не позволило ему построить непротиворечивой схемы действенности естественного отбора. Преждевременная попытка синтеза генетики и дарвинизма не удалась.

В самом деле, в рамках представления о слитном характере наследственности, как указал инженер Дженкин, у непосредственных потомков любой особи останется лишь половина ее "крови", в следующем поколении - одна четверть, и так далее. Естественному отбору просто будет не с чем работать! Это заставило Дарвина в последующих переизданиях "Происхождения видов" допустить возможность массовых наследуемых изменений, индуцируемых влиянием внешней среды, т. е. фактически склониться к ламаркизму.

Менделевы законы наследственности - дискретность наследственных детерминантов, независимое наследование разных признаков и возможность полного проявления наследственных детерминантов у потомков от гибридных скрещиваний - открыли путь преодоления этой трудности. В работах Р. Фишера и Дж. Холдейна были построены математические модели изменения частот встречаемости в популяциях разных вариантов одних и тех же генов (аллелей) под действием естественного отбора. С.С. Четвериков [1926] применил разработанные американскими генетиками школы Моргана методы работы с культурами дрозофил к изучению изменчивости природных популяций этих мух, создав свой вариант популяционной генетики, во многом отличный от варианта американской генетической школы.

Значительный вклад в дальнейшую разработку СТЭ внес ученик С.С.Четверикова, Н.В.Тимофеев-Ресовский, который сформулировал принцип конвариантной редупликации, или относительной стабильности генетического материала. Во второй половине 20 века под неодарвинизмом чаще понимают не концепцию Вейсмана, а именно эту синтетическую теорию эволюции. Далее термин "неодарвинизм" будет употребляться как синоним СТЭ.

Сохранив главную идею Дарвина об эволюции как результате направленного естественного отбора ненаправленных наследуемых вариаций, неодарвинизм выделил в качестве элементарной единицы, на которую действует отбор, не потомство отдельной особи, а всю популяцию, в рамках которой идет обмен генами. Наследственная изменчивость стала пониматься как результат мутационного процесса и рекомбинации, случайным образом модифицирующих и комбинирующих дискретные единицы наследственной информации - гены, а результатом действия естественного отбора стало считаться изменение частоты встречаемости в популяциях тех или иных вариантов этих генов, называемых аллелями.

1.3. Модели Фишера и Холдейна

Дискретность наследственных детерминантов, которые в дальнейшем будут называться более современно - генами и аллелями, подтверждалась не только опытами с менделевским расщеплением в потомстве гибридов, но и многократным наблюдением появления в популяциях дрозофил дикого типа аберрантных экземпляров -"мутантов". Некоторые из этих скачкообразных изменений оказывались наследственными, т.е. передавались всем или части потомства мутантов, и в опытах с расщеплением они вели себя так же, как обычные менделирующие признаки. Более того, они неизменно возникали также и в "чистых линиях", выведенных повторными скрещиваниями между потомками одной особи и искусственным отбором какого-то одного варианта внешнего облика, производимого до тех пор, пока нежелательные отклонения от стандарта не переставали выщепляться. Но и при длительном разведении таких чистых линий в условиях полной изоляции в них неизменно появлялись разнообразные новые мутации, хотя и в очень небольшом количестве.

Эти опыты Де Фриза и других ранних менделистов привели многих из них к убеждению, что именно мутации контролируют наследственные изменения и играют более важную роль, чем естественный отбор. Дарвинисты же стали высказывать сомнения в обоснованности менделизма, что вызвало ожесточенные дебаты между менделистами и дарвинистами. Другие эволюционисты попытались примирить между собой эти две доктрины, из чего и выросла новая, так называемая синтетическая теория эволюции (СТЭ), выходящая за рамки механизмов, описанных Дарвином, и поэтому называемая также неодарвинизмом.

Главный вопрос, ответ на который должны были дать попытки примирения дарвинизма и менделизма, состоял в том, может ли естественный отбор распознавать мелкие различия в генетически детерминированных признаках, оказывающих лишь незначительное воздействие на вероятность выживания и скорость размножения их носителей, или же нужно допустить, что основным материалом для эволюции служат крупные скачкообразные изменения, как полагали Г. Де Фриз, Р. Гольдшмидт и другие сальтационисты. Для этого нужно было построить математические модели изменения частот разных аллелей под действием отбора с учетом менделевых законов расщепления и доминирования и выяснить, может ли отбор быть эффективным при разном выборе параметров этих моделей. Такие модели были предложены в работах Р.А.Фишера [Fisher, 1930] и Дж.Б. Холдейна [Haldane, 1932] и сыграли решающую роль в создании неодарвинизма.

Главная общая черта этих моделей - описание эволюционного процесса как изменения относительных частот различных аллелей тех или иных генов в популяциях. Именно к таким изменениям и сводится, по Холдейну и Фишеру, действие отбора. Динамика этих изменений выражается простейшим из возможных способов - уравнениями экспоненциального роста (или убывания) частот разных аллелей с постоянными коэффициентами размножения, приписываемыми каждому аллелю. При этом важны лишь относительные, а не абсолютные значения этих коэффициентов, так как даже если частоты всех сравниваемых аллелей одновременно убывают, отношение частот адаптивно более ценного и менее ценного аллелей все равно изменится в пользу более ценного. В простейшем случае гаплоидной популяции, когда каждая особь содержит по одному аллелю на локус, расчеты проводятся так.

Если имеется несколько аллелей (вариантов) одного локуса, то в качестве меры приспособленности данного аллеля нужно брать отношения чистой скорости прироста этого аллеля к скорости прироста наиболее преуспевающего аллеля, считая приспособленность этого последнего равной единице, и тогда приспособленности всех остальных будут выражаться теми или иными долями единицы. Этот показатель приспособленности Холдейн назвал селективной или адаптивной ценностью; обычно его обозначают буквой w. Иногда вместо w можно использовать дополнительную к ней величину 1 - w = s, показывающую, в какой степени данный аллель подвергается отрицательному отбору, и называемую коэффициентом отбора. Пусть N и n - абсолютные численности аллелей А и a соответственно, а динамика их изменений определяется уравнениями

dN/dt = rA N, dn/dt = ra n,

которые после интегрирования принимают вид

Nt = N0 exp (rA t), nt = n0 exp (ra t),

где t - время, а rA и ra - константы, характеризующие скорости распространения в популяции аллелей А и а. Эти константы Фишер назвал "мальтузианскими параметрами", поскольку Мальтус одним из первых предложил модель экспоненциального роста популяций. Получив из этих уравнений отношения прироста абсолютных численностей аллелей А и а, находим ln wa = ra - rA, т.е. показатели приспособленности Фишера и Холдейна связаны друг с другом. Аналогичным образом можно вычислять показатели приспособленности уже не аллелей, а генотипов, в более реалистичном диплоидном случае, но расчеты окажутся намного сложнее. Учет степени доминантности или рецессивности того или иного аллеля еще больше осложняет задачу, особенно при неполном доминировании или сверхдоминировании, и решения соответствующих уравнений невозможно получить аналитически в общем виде. Они решаются лишь численно подстановкой конкретных вещественных чисел для первоначальных частот аллелей и значений мальтузианских параметров для гомозигот и гетерозигот, т.е. численным моделированием.

Исторически модели Фишера и Холдейна сыграли выдающуюся роль в развитии неодарвинизма, но если попытаться оценить их с позиции современного состояния научных знаний, то их слабость и нереалистичность очевидны. Подробный критический анализ модели Фишера содержится в серии статей Г.Г. Маленкова и Ю.В. Чайковского [1979]. Отметим важнейшие общие черты подхода популяционной генетики, обуславливающие ее принципиальную неспособность дать ответы на нерешенные вопросы теории эволюции.

Популяционная генетика оперирует исключительно статистическими показателями - средними значениями генных и генотипических частот для данной популяции и их дисперсиями. Тем самым принимается гипотеза панмиксии, т.е. равной вероятности скрещивания между носителями того или иного генотипа, независимости этой вероятности от самого генотипа. Почти для любой природной популяции это допущение совершенно нереалистично. При этом общая приспособленность популяции или клона оценивается в популяционной генетике каким-то одним числовым показателем - мальтузианским параметром, адаптивной ценностью аллеля или генотипа или коэффициентом отбора, причем эти параметры не независимы, а связаны однозначной функциональной зависимостью. Каждое из этих допущений может быть оправдано в какой-то частной ситуации, но их сочетание лишает модель биологического смысла и делает ее непригодной в качестве общего описания видообразования и эволюции природных популяций. Для обоснования этого тезиса вернемся от моделей к реальности.

Во-первых, природные популяции, как правило, обладают демовой структурой, т.е. распадаются на локальные субпопуляции - демы, генные потоки внутри которых существенно интенсивнее, чем обмен генами между этими демами. Демовая структура отражает соотношения родства, и поэтому разные демы отличаются друг от друга своим генетическим составом. Вероятность скрещивания и рекомбинации разных генотипов зависит от самих генотипов, причем непредсказуемым образом: нам практически никогда не бывает известна система скрещивания, порождающая демы, и не существует общего способа математического описания этой системы. Учет подобных корреляций между генотипами и вероятностями их скрещивания с какими-то другими генотипами, даже если бы они были нам известны, все равно превратил бы уравнения популяционной генетики в неразрешимую шараду без всякой надежды извлечь из нее какие-нибудь выводы общего характера. Здесь не помогла бы даже целая группа замечательных математиков, которых надеялся привлечь для решения подобных задач Н.В.Тимофеев-Рессовский. Тут нужно менять сам подход.

Во-вторых, минимальной эволюционирующей единицей в таком подходе является вся рассматриваемая популяция, рассматриваемая либо как панмиксная, если допускается свободный обмен генами между группами особей, либо как набор нескрещивающихся вегетативных клонов. Промежуточная (т. е. реальная) ситуация - демовая структура популяции - математической генетике просто не по зубам. К тому же реальная структура биоразнобразия не описывается гауссовой статистикой, что подрывает обоснованность применения к эволюции этого разнообразия традиционных статистических методов [Чайковский, 1990].

Недаром Р.Фишер, формулируя свою "основную теорему", то и дело путает организм и популяцию: пишет "организм", имея в виду вегетативный клон, но применяет свой вывод к панмиксной популяции. Почти как в анекдоте про рассеянного математика: пишет a, говорит b, имеет в виду с, а должно быть d. В первом случае генетические различия между разными группами особей автоматически отбрасываются процедурой усреднения, а ведь именно наличие таких различий служило материалом для отбора, и в конечном счете - для видообразования в первоначальной теории Дарвина. В панмиксной популяции в силу возражения Дженкина вообще невозможно никакое видообразование, лишь постепенное повышение приспособленности до некоторого максимального уровня, по достижении которого дальнейшее развитие прекращается. Р. Фишер недаром сравнивал эволюцию с юстировкой, точной настройкой генетического состава популяции, оптимизирующей его применительно к данным условиям. Если условия изменятся, то направленность действия отбора тоже изменится, пока снова не будет достигнуто равновесие между эффективностью отбора и накоплением "генетического груза". В частности, эта направленность может смениться на прямо противоположную. Все такие адаптивные изменения вполне обратимы, а значит, не являются эволюционными в строгом смысле этого слова: это процессы настройки, а не развития, и создание за счет них какого-то нового качества в принципе невозможно.

В-третьих, применение мальтузианской модели экспоненциального роста для всех стадий эволюции популяции или клона некорректно: при этом игнорируются те самые ресурсные ограничения на рост численности, которые и приводят к внутривидовой и межвидовой конкуренции. Если клон или популяция размножаются экспоненциально, с постоянным значением мальтузианского параметра, значит, эти ресурсные ограничения еще не действуют, но тогда нельзя вообще говорить о конкуренции за ресурсы и отборе на эффективность их использования, а лишь о сравнении внутренне присущих каждому клону скоростей размножения. Кто быстрее освоит имеющиеся в изобилии ресурсы, тот и победитель.

Такая стратегия выживания действительно возможна и называется в экологии рудеральной, но реализуется она лишь у сорняков и насекомых-вредителей в нарушенных биотопах или на монокультурных плантациях, т.е. в заведомо неравновесной ситуации вдали от экологического равновесия. Если бы такая стратегия была всеобщей и всегда эффективной, на земле вообще не осталось бы иных видов, кроме рудеральных. Однако рудералы - хорошие вселенцы, но слабые конкуренты, и, как правило, вытесняются не столь быстро размножающимися, но более эффективно использующими ресурсы конкурентами в ходе сукцессии. В равновесной экологической ситуации (терминальном сообществе) их роль чисто маргинальная - для них нет постоянного места в "экономии природы", они населяют лишь эфемерные сукцессионные пятна. Общая приспособленность - это многомерное понятие, его вообще нельзя выразить каким-то одним численным параметром, а отождествление приспособленности с мальтузианским параметром превращает идею отбора в бессодержательную тавтологию (выживание выживших).