Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес
оригинального документа
: http://kodomo.cmm.msu.ru/~igogo/Term2/sub_matrix.html
Дата изменения: Mon Apr 10 19:53:29 2006 Дата индексирования: Tue Oct 2 10:51:54 2012 Кодировка: Windows-1251 Поисковые слова: m 1 |
Создана Excel-книга "matrix.xls"; в ней строю схему переходов глобального выравнивания для следующих 2-х последовательностей:
Как считать:
Результат: вес выравнивания оказался равным 0. В принципе, это нетрудно
объяснить (заменами 'от балды', в первую очередь; в результате получилось, что
аминокислоты сильно различаются по свойствам (дала знать о себе замена 2ух фенилаланинов
на триптофан и метионин):
Получившееся оптимальное выравнивание:
M E F F - (1) M E D M W (2)
Наблюдения: выбор пути перехода не влияет на вес выравнивания (если, конечно, эти пути дают одинаковые числовые результаты). В соответствующем файле matrix.xls, лист global 'путь' выравнивания выделен зеленым цветом. И приведены 2 матрицы, где пути различны.
Впечатления: алгоритм Нидельмана - Вунша - очень удобная и интересная штука (и напоминает игру 'Сапер'). Важно лишь соблюдать 'правила игры', т.е. точно следовать параметрам для построения схемы перехода.
Полученная матрица представлена в файле matrix.xls, лист local.
Как считать:
Результат: для каждой ячейки матрицы расчитано соответствующее значение. Локальному выравниванию соответствует выравнивание с максимальным весом. Таковым является следующее выравнивание с весом 4 (сверху указаны номера аминокислотных остатков):
1 2 M E (1) M E (2)
Наблюдения: локальных выравниваний можно получить несколько. Как пример - вариант 2 matrix.xls, лист local. Оптимальным, все-таки, считается то, чей вес больше. Неоспоримое преимущество: возможность получить больший вес, чем в глобальном выравнивании. Другой вопрос, насколько каждое из выравниваний (да еще и разные по длине) сохраняет "биологическую суть".
Впечатления: крайне полезное упражнение. Наводит на всякого рода размышления. Последние (о принципах/плюсах-минусах и др. глобального и локального выравниваний) - в полном объеме представлены здесь.