Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~manya/term3/practice8.html
Дата изменения: Thu Nov 9 18:14:27 2006
Дата индексирования: Tue Oct 2 09:46:41 2012
Кодировка: Windows-1251
Поисковые слова: черные дыры
RNA structure

Структура тРНК

Описание структуры

Структура 
background white
restrict rna and not hetero
wireframe off
backbone
define helix1 902-907:B, 961-971:B, 949-954:B,958:B
define helix2 937-944:B, 910-912:B, 923-933:B, 
select helix1 
color red
select helix2
color green
select a976.p
label 75
select g902
wireframe
color blue
select g902.n2
label 1
Примечание. Первый остаток изображен в проволочной модели потому, что у него в этой структуре отсутствует фосфатная группа и он не изображается в остовной модели.
 
Внеспиральные стэкинг-взаимодействия
Эти взаимодействия я искала в виде "стопочек" оснований, в которых не более одного основания из одной и той же спирали. Таких стэкинг-взаимодействия я нашла 3 - соответственно из 6(944-945-909-946-921-948), 4(922-914-915-959) и 3(976-975-973) оснований.

Не Уотсон-Криковские водородные связи
В моей последовательности есть пары, у которых взаимодействие не Уотсон-Криковское. Среди них есть "нормальные" пары (A-U, C-G) и "ненормальные" (A-A, U-U, G-U). Я приведу 3 примера , которые представляют собой типы таких взамодействий:
Все эти взаимодействия способствуют образованию оптимальной 3D-структуры тРНК. Наличие спирали у одноцепочечной молекулы неизбежно приводит к образованию таких "ненормальных" взаимодействий между основаниями. Но спирали все же очень напоминают спирали ДНК (большинство контактов комплементарные) и можно говорить о схожести спиралей РНК с А-формой ДНК. Об этом говорят следующие признаки: спирали правые, шаг спирали 28 и 29 ангстрем для 2-х спиралей (у А-формы 28.02 ангстрем), количество оснований на виток - 11, видна "дыра" посередине, если смотреть с торца.
Работа с программой einverted
Эта программа искала спиральные учаcтки в последовательности моей тРНК. Вот все, что она нашла: 
: Score 18: 6/6 (100%) matches, 0 gaps
       1 ggggta 6       
         ||||||
      68 ccccat 63

Находка имеет не очень хороший вес - 18, тогда как заданный по умолчанию в einverted минимальный вес равен 50. Я думаю, что так произошло из-за маленькой длины участка. Этот участок - начало одной из спиралей (красной) и это ее лучший участок ( все основания комплементарны, следуют одно за другим в цепи РНК с обеих сторон (902-907 и 966-971)). На приведенном рисунке этот участок отмечен черным цветом:

Эта находка очевидно меньше, чем найденные мною спирали, и хуже всего в ней то, что она нашла лишь одну спираль, а не две. Отличия в длине первой спирали я могу объяснить тем, что программа einverted нашла абсолютно правильную цельную спираль, а у меня она представлена участками, некоторые из которых не очень ровные. Вторая спираль не нашлась потому, что она в принципе не очень хорошая: в ней некомплементарные связи (типа А-А), а einverted ведь работает только с последовательностью, не учитывая другие особенности молекулы (3D-структуру и т.д.).
Работа с программой mfold
Программа mfold предсказывает вторичную структуру тРНК по ее последовательности. При запуске программы указывается параметр Р, равный максимальной доле отклонения от оптимальной энергии молекулы, имеющей заданную последовательность. При Р=5 mfold предложила 1 структуру, при Р=10 - еще 3, при Р=15 - еще 5. Я запускала программу до тех пор, пока не получила разумную вторичную структуру: она имеет форму "клеверного листа", антикодон находится на петле ( и на "верхушке листа"). До этого программа предлагала структуры с 3-мя, а то и с 2-мя разветвлениями (вместо положенных 4-х). Я думаю, то, что эти структуры имели энергию меньше, чем выбранная мной, не делает их более вероятными в реальности, т.к. тРНК имеет определенную функцию и это определяет структуру в большей степени, чем энергия. Также, программа mfold работает с последовательностью, не принимая во внимание то, как эта вторичная структура свернется в третичную. Так что, хоть и выбранная структура и была 6-ой в списке, она является наиболее разумной.
Вот эта структура (желтым отмечен антикодон):

На страницу 3-го семестра
© Моросанова Мария