Занятие 10
Поверхность, гидрофобное взаимодействие, домены.
Задание 1.
Создадим изображения для димера пуриновых репрессоров 1QP0.pdb:Для выполнения заданий была взята сборка биологической единицы 1QP0. Цепи A и M соответствуют цепям белка и ДНК из одной асимметрической единицы, C и B соответствуют цепям белка и ДНК из другой асимметрической единицы.
а) поверхности контакта мономера белка с симметричным мономером на фоне остовной (ribbon) модели мономера:
б) поверхности контакта димера белков с двойной спиралью ДНК на фоне остовной модели части белка, вовлеченной в контакт:
Остовная модель части цепи C, взаимодействующей с ДНК, покрашена в красный цвет. в) поверхности контакта ДНК с димером белков на фоне проволочной (sticks) модели двойной спирали.
Задание 2.
Необходимо найти площадь контатов момомеров белка из сборки биологической единицы 1QP0.
Для этого я воспользовалась сервисом PROTORP.
В поле Option 3 загрузила свой файл и выбрала цепи, площадь контакта между которыми нужно найти (в данном случае цепи А и C).
На выходе получила следующую страницу.
Площадь контакта белковых мономеров составляет 2570.26 Å2; 43.41% этой площади приходится на гидрофобное взаимодействие.
Задание 3.
Воспользовавшись сервисом CluD, я определила гидрофобные кластеры на интерфейсе мономеров белка записи 1QP0 объемом не менее 10 атомов.
На выходе получила следующий файл с перечнем атомов, относящихся к гидрофобным кластерам: файл.
Изображение, на котором поверхность, относящаяся к атомам, входящим в найденные гидрофобные кластеры, выделена различными цветами для каждого кластера:
Скрипт: cluster.pml
Задание 4.
Необходимо определить на сервисе pDomains доменную структуру:- а) одной из цепей белка 1PFK.
Для цепи А белка записи 1PFK все методы выделения доменов определили 2 домена, кроме SCOP, который определил 1 домен.
Наиболее адекватными мне показались результаты метода NCBI. Он выделил следующие домены:
- красным: 1-132 , 254-306
- зеленым: 133-253 , 307-320
Изображение, на котором видны 2 гидрофобных ядра в структуре:
- б) цепи A белка записи 1QP0.
Для данного белка различные методы определили доменную структуру по-разному.
Cтраница с результатами.
Наиболее адекватными мне показались результаты метода CATH. Он выделил следующие домены:
- зеленым: 2-58
- красным: 59-160, 291-322
- синим: 161-290, 323-339
Изображение, на котором видны 3 гидрофобных ядра в структуре:
<<Обратно на четвертый семестр
<<Обратно на главную страницу©Лелекова Мария,2010