Так, давай по шагам.
1. Насколько точно исправил ошибку конусности перед установкой полярки?
2. Можешь выложить где-то график периодики (именно текстовый файл), полученный PERECoder, PHDGuider или GuideMaster хотя бы за 3-4 периода? 

Леня, про ошибку конусности разговора не было...

Был. Смотри ответ ?31 в этой теме

И как она устраняется?

На этом сайте в файловом архиве есть русский перевод инструкции к Синскану. В приложении А (начиная со стр 17) все очень подробно описано с пошаговой инструкцией.

Хотя, думаю, она в этой ситуации, как и полярка, где-то сбоку.
Файл в приложении.

Посмотрел. Видно, что размах периодики большой - 44 секунды суммарно. Что-то многовато 
Пеком можно уменьшить периодику примерно в три раза. Больше всего проблем вносит педаточный механизм (период 366.6с, амплитуда 32%), а также шестерня (период 122с., амплитуда 20%) Если их грамотно притереть, думаю, что ПЕК сможет обеспечить точность плюс-минус 5 угловых секунд.
Видно также, что у тебя монтировка с довольно существенной ошибкой выставлена по азимуту (ошибка более градуса). Кривая смещения по склонению сначала довольно бодро идет вверх, а потом плавно замедляется и ближе к точке восхода (?) звезда перестает убегать по склнению. Когда монтировка будет выставлена правильно, кривая по склнению будет почти прямой линией.