Периодические граничные условия.

Периодические граничные условия позволяют рассматривать сравнительно небольшой "кубик" пространства, в котором расположена изучаемая молекула. Молекулы, расположенные внутри кубика со временем претерпевают конформационные движения и перемещаются в пространстве, причем могут пересечь границы кубика. Суть метода заключается в том, что пространство разбивается на одинаковые кубики, причем предполагается, что содержимое кубиков одинаково и границы кубиков соприкасаются. При пересечении молекулой границы одного кубика, она попадает в другой, но это значит, что в первый кубик с противоположной стороны попадает такая же молекула. При этом моделируется динамика лишь одного такого кубика. Естественно, что размер кубика должен быть достаточно большим для исключения возможности краевых эффектов. Пример молекулы аспирина, помещенной в воду с периодическими граничными условиями приведен на рисунке:

<< Назад || Вперед >>

Обратно в оглавление