ФГУП 'НПФ 'КОСМОТРАНС' было создано в 1996 году для решения задач эксплуатации и обслуживания железнодорожной инфраструктуры космодрома 'Байконур', создания системы централизованных перевозок изделий ракетно-космической техники, ее элементов и грузов, в том числе собранных для пуска ракет космического назначения.

С 1997 года ФГУП 'НПФ 'КОСМОТРАНС' в рамках федеральной космической программы пилотируемой космонавтики, междунаролного сотрудничества в освоении космоса и в интересах Минобороны России выполняет железнодорожные транспортировки на космодром 'Байконур' ракет космического назначения (РКН), космические аппараты (КА), технологическое оборудование и компоненты ракетного топлива. Полностью обеспечивается доставка специалистов на технические и стартовые комплексы космодрома 'Байконур'.

С сентября 1998 года ФГУП 'НПФ 'КОСМОТРАНС' осуществляет содержание и эксплуатацию железнодорожного хозяйства космодрома. В 2004 году ФГУП 'НПФ 'КОСМОТРАНС' в качестве головного исполнителя завершил разработку проекта международного стандарта 'Космические системы. Транспортирование непилотируемых КА. Общие требования'.

В 2006 году предприятие приняло от ФГУП 'НИИхиммаш' производство криогенных продуктов и комплекс хранилищ компонентов ракетного топлива и сжатых газов для обеспечения запусков космических аппаратов.

За прошедшее время выполнены опытно-конструкторские работы на проведение специальных железнодорожных транспортных операций по подготовке к пуску ракет-носителей (РН), а также по вывозу всех космических кораблей в составе РКН на стартовые комплексы космодрома Байконур, включая обеспечение МКС.

Создана спутниковая навигационная система мониторинга местоположения тепловозов на подъездных путях космодрома, успешно функционирует транкинговая радиосвязь диспетчера с машинистом тепловоза. Внедрена прогрессивная система 'Pegasos' - система электронного регулирования оборотов дизеля тепловоза, обеспечивающая плавность хода, движение тепловоза со скоростью от 1 до 3-х км/час, что крайне необходимо для безаварийного вывоза ракет космического назначения и установки их на стартовый стол.

С 2009 года ФГУП 'НПФ 'КОСМОТРАНС' в связи с реорганизацией путем присоединения к ФГУП 'ЦЭНКИ' становится его филиалом (Филиал ФГУП 'ЦЭНКИ' - 'НПФ 'КОСМОТРАНС').

В настоящее время основными направлениями деятельности филиала ФГУП 'ЦЭНКИ' - 'НПФ 'КОСМОТРАНС' являются:

• эксплуатация и ремонт объектов железнодорожной инфраструктуры космодрома 'Байконур';
• эксплуатация, модернизация и ремонт железнодорожных транспортных средств; транспортировка изделий ракетно-космической техники, грузов снабжения (в том числе опасных) по сети железных дорог России и СНГ;
• железнодорожное обеспечение опытно-испытательных работ на космодроме 'Байконур';
• перевозка работников предприятий промышленности и специалистов боевых расчетов подготовки РН и КА на технические и стартовые комплексы железнодорожным транспортом на космодроме;
• участие в международной программе по созданию космического ракетного комплекса (КРК) 'Байтерек' в части обеспечения транспортировки РКН 'Ангара-5' по подъездным путям космодрома; производство, хранение и обеспечение компонентами ракетного топлива и сжатыми газами запусков РКН с космодрома;
• организация и проведение работ по международной стандартизации в области транспортирования космической техники, в том числе по внедрению стандарта ИСО 16458 'Космические системы. Транспортирование непилотируемых КА. Общие требования';
• строительство объектов наземной космической инфраструктуры комплекса и общестроительные работы, демонтаж и утилизация строительных конструкций. Филиал ФГУП 'ЦЭНКИ' - 'НПФ 'КОСМОТРАНС' участвует в выполнении всех национальных и международных программах на космодроме 'Байконур'.