Коллекции микроорганизмов / Каталог ВКМ

Каталог Всероссийской Коллекции Микроорганизмов

Содержание

Бактерии (Bacteria) [A - B] [C - D] [E - F] [G - H] [I - J] [K - L] [M - N] [O - P] [Q - R] [S - T] [U - V] [W - X]

Мицелиальные грибы (Fungi) [Часть I] [Часть II] [Часть III] [Часть IV] [Часть V]

Дрожжи (Yeasts) [A - B] [C - D] [E - F] [G - H] [I - J] [K - L] [M - N] [O - P] [Q - R] [S - T] [U - V] [W - X] [Y - Z]

Генетически модифицированные штаммы бактерий (GMStrains) [Часть I] [Часть II] [Часть III]

Синонимы (Synonyms and Dated Names) [Бактерии] [Мицелиальные грибы] [Дрожжи]

В настоящее время в ВКМ имеется развернутая и постоянно обновляющаяся база данных о поддерживаемом фонде мицелиальных грибов, которая позволяет получать информацию о поддерживающихся культурах в необходимом для пользователя виде. Объем и форма представленной информации может быть различной в зависимости от задач, поставленных пользователем. База данных содержит подробную информацию о каждом конкретном штамме, структура полей базы данных представлена в таблице 1.

Таблица 1. Поля базы данных по мицелиальным грибам ВКМ

Название микроорганизмов

Genus

Species

Variant

Form

Form species

Синонимы

Стадия

Авторы вида

Авторы подвида/варианта/

Акроним коллекции (русский вариант)

Acronym of collection (английский вариант)

N коллекции по всемирному справочнику коллекций культур (WDCM)

Класс, к которому относится данный вид гриба

N штамма

Является ли штамм типовой культурой

Наличие данного штамма в других коллекциях

История штамма

Получен как

Получен/дата/

Получен/от

Источник выделения

Выделен из

Местонахождение

Когда выделен

Кем выделен

Обозначение штамма при выделении

Кем и когда идентифицирован

Методы культивирования и хранения

Температура культивирования

Среда культивирования

Лиофилизация

Хранение под маслом

Хранение в почве

Инертные носители

Хранение под водой

Хранение в жидком азоте

Хранение периодическими пересевами

Особые свойства и применение штамма

Тип спаривания культуры

Номера библиографических ссылок

На основе созданной базы данных сформирован каталог культур грибов ВКМ. Английский вариант каталога размещен в Интернете на WEB-сайте ВКМ по адреcу http://www.vkm.ru. Русскоязычный обновленный вариант каталога подготовлен в рамках выполнения данного проекта и передан Заказчику в машиночитаемой форме. Информация в каталоге представлена в текстовом формате с включением:

• паспортных данных (по номенклатуре, истории получения штамма, источнику выделения, наличию в других коллекциях мира и т.д.),
• сведений по методам поддержания и культивирования,
• данных о составе необходимых питательных сред,
• методах консервации,
• библиографическим ссылкам, связанным с особыми свойствами культур.

Пример представления информации в каталоге приведен на следующей схеме:
Мицелиальные грибы

Peniciliium brevicompactum¹⁾ Dierckx 1901²⁾ F³⁾-457⁴⁾ <-- ИНМИ, ВКМ F-457⁶⁾ <-- ВНИИА, ВНИИА 178⁶⁾ <-- CBS, CBS 256.31.⁷⁾ (АТСС 10111; NRRL 859; CBS 256.31; IFO 5858; IMI 39824; QM 7б53).⁸⁾ Получен как: Penicillium stoloniferum Thom 1910.⁹⁾ Синоним: Penicillium stoloniferum Thom 1910¹⁰⁾ Тип.¹¹⁾ Гниющий шампиньон, Agaricus sp.¹³⁾, США, штат Коннектикут, Сторрз.¹⁴⁾ (Среда 11, 25 С, В-4, Л-1)¹⁵⁾(193)¹⁶⁾

Краткое пояснение к схеме:

1. Название рода, вида, подвида.
2. Автор(ы), описавший(ие) и переописавший(ие) вид (подвид), и год публикации.
3. Обозначение группы микроорганизмов в ВКМ: мицелиальные грибы - F.
4. Номер штамма в ВКМ.
5. Штамм типовой для данного вида (подвида), указывается также: неотип, изотип и т.п.
6. Коллекция (приводится ее аббревиатура), лицо и/или организация, откуда получен штамм, под каким номером или обозначением передавался.
7. История штамма в хронологическом порядке передач, движение штамма показывается стрелкой.
8. В круглых скобках опознавательные символы данного штамма в некоторых других коллекциях (с учетом последних каталогов); здесь также могут указываться фамилии известных исследователей, обозначение, иногда наименование штамма в их рабочих коллекциях.
9. Наименование, под которым штамм поступил в ВКМ.
10. Синонимы и старые употребительные наименования данного штамма. Эти названия в алфавитном порядке включены в списки, которые приводятся после основного текста каталога микроорганизмов, с отсылкой к соответствующему видовому названию. В разделе мицелиальных грибов: ам - анаморфа, st. - стадия.
11. Данный штамм был типовым для вида с прежним названием.
12. Типы спаривания для мицелиальных грибов.
13. Субстрат выделения.
14. Географическое местоположение выделения штамма. Сделана попытка учесть изменения названий административных единиц (городов, республик, стран), которые имели место к моменту подготовки данного каталога, но это удалось не везде и в некоторых случаях оставлены названия, которые были в момент поступления штаммов в ВКМ; указывается ближайший населенный пункт.
15. Среда и температура культивирования, которые обеспечивают хорошее восстановление и развитие штамма после получения, а также методы хранения и консервации, используемые в ВКМ. Номер среды соответствует порядковому номеру в списке сред, приведенном в каталоге. Буквенно-цифровые обозначения соответствуют методам хранения и консервации, перечисленным в списке условных обозначений этих методов (Таблица 2).
16. Библиографическая ссылка; номер соответствует порядковому номеру в списке библиографии природных штаммов, приведенном в каталоге.

Таблица 2. Условные обозначения методов хранения и консервации

С-4. Субкультивирование аэробное на скошенном агаре.

С-5. Субкультивирование на скошенном агаре под вазелиновым маслом.

В-4. Высушивание спор в почве.

К-1. Криоконсервация в глицерине при - 196 Со с высокой скоростью охлаждения.

К-5. Криоконсервация при - 196 Со с медленной скоростью охлаждения.

К-7. Криоконсервация на силикагеле.

К-8. Криоконсервация при -70 Со.

К-9. Криоконсервация при -70 Со на фильтровальной бумаге.

К-10. Криоконсервация при температурах от -10 до -18 Со в пробирках.

Л-1. Лиофилизация в сепарированном молоке.

Состав необходимых питательных сред, также как и список приведенных библиографических ссылок переданы в виде отдельных текстовых файлов, в качестве Приложения к каталогу.

В ВКМ систематизируются сведения об источниках выделения и получения коллекционных штаммов. Постоянно отслеживается история их движения и изучения, что позволяет дополнять базу данных новыми сведениями из опубликованных материалов различных исследователей по конкретным штаммам.

Особый интерес представляет начатая недавно работа по созданию базы данных о патогенных и токсигенных видах грибов. Проводится сбор и накопление сведений о всех номенклатурных синонимах потенциально опасных для человека, животных и растений видов грибов. Список этих организмов постоянно растет. В связи с этим одним из довольно существенных направлений коллекционной работы становится обеспечение биологической безопасности человека посредством предоставления максимально полной информации всем заинтересованным исследователям об опасности, которая может быть связана с мицелиальными грибами. Учитывать эту информацию совершенно необходимо для контроля возможного применения потенциально патогенных грибов в биотехнологии, сельском хозяйстве и других видах деятельности человека на ранних стадиях разработки соответствующих технологий.

Сотрудники ВКМ в течение ряда лет ведут работу по созданию базы данных о патогенных для человека, животных и растений видах грибов. В структуру базы данных входят поля, содержащие сведения по номенклатуре потеницально опасных видов, имеется возможность для ввода информации о тривиальном названии организма, группе патогенности, объекту инфекции, названию и симптомах болезни, пути инфицирования, жизнеспособности возбудителя в природных условиях, особенностям географического распространения и библиографии (Озерская С.М. с соавт., 2003).

Еще одна сторона развития направления по созданию баз данных о мицелиальных грибах - это работа по накоплению, оценке, редактированию и форматированию поступающих данных о биотехнологически перспективных свойствах различных родов и видов грибов. Эта информация, также как и сведения по номенклатуре, касается не только конкретных штаммов, но и видового наименования в целом, включая проблемы его синонимики. Анализ информации ведется постоянно, обрабатывается отечественная и зарубежная периодика, в том числе и размещенная в Интернете, каталоги большого числа зарубежных коллекций, сведения, поступающие из патентного отдела ИБФМ РАН. Результатом этой работы является значительный массив данных, подкрепленный обширной библиографией, организованный в картотеку двойной направленности - по свойствам и по видам грибов соответственно. Уже сейчас мы можем предоставить пользователям данные о том, какие виды, а иногда и штаммы грибов ВКМ обладают тем или иным свойством, и наоборот, какими свойствами обладает тот или иной вид. Недостаточная информированность исследователей о коллекционном фонде приводит к тому, что очень слабо используется потенциал коллекции. Ежегодно мы выдаем сотни культур, однако разнообразие выдаваемых штаммов не превышает 20-30% от имеющегося разнообразия фонда. Это, в основном, представители родов Aspergillus, Penicillium, Mucor, Trichoderma, Fusarium и др. В то же время многие ни разу не затребованные культуры могут оказаться очень интересными для исследователей, биотехнологический потенциал мицелиальных грибов еще далеко не изучен, хотя хорошо известно насколько он разнообразен. Наличие в коллекции информации о потенциальных свойствах различных организмов может в значительной степени ускорить процесс поиска нужной культуры.

Объединение всех этих направлений информационного обеспечения коллекционных культур мицелиальных грибов в интегрированную базу данных по грибам (при наличии необходимого дополнительного финансирования) могло бы принести существенную пользу в развитии инновационных направлений в биотехнологии. Работа по созданию каталога на основе базы данных о культурах ВКМ, результаты которой переданы Заказчику в соответствии с выполнением темы по данному договору, - лишь небольшая часть имеющихся в нашем распоряжении и подготовленных к обработке материалов.

Перспективы использования коллекций микроорганизмов в научных исследованиях

Представление о коллекции чистых культур как только лишь о месте накопления и сохранения различных штаммов в настоящее время уже существенно устарело, хотя расширение и поддержание коллекционных фондов по-прежнему являются основными направлениями коллекционной работы. Микробиологические и микологические, в частности, коллекции находятся сейчас в эпицентре научных исследований, предоставляя не только культуры для проведения работ, но и значительные объемы информации. Эта информация связана как с конкретными видами и штаммами, так и с отдельными направлениями исследований, проводимыми с их использованием в различных научных учреждениях. Благодаря такому обмену информацией происходит своеобразная координация исследований, предотвращающая зачастую дублирование и повторение уже сделанных работ. Формирование на базе коллекции культур ВКМ информационного и консультационного центра по мицелиальным грибам мы считаем одной из важных задач своей работы. За рубежом, используя различные информационные базы данных, пользователи могут определить не только местонахождение интересующих их видов микроорганизмов, но и штаммов с заданными свойствами. В нашей стране подобные работы только начинаются, причем ВКМ играет здесь не последнюю роль. Известно, что в настоящее время в России существует острый недостаток научной периодической зарубежной литературы, в особенности в учреждениях, расположенных достаточно далеко от крупных научных центров. В то же время вычислительная техника, персональные ЭВМ, доступ к Интернет находят все большее применение. ВКМ может предложить свои услуги в качестве центра информации для отечественных исследователей (как микробиологов, так и биотехнологов) по работам, связанным с мицелиальными грибами. Конечно, в этом случае нет речи о каких-либо технологических тонкостях, имеется в виду лишь информация типа "что? кто? и где?". Отсутствие в настоящее время такого банка данных тормозит поисковые работы, ведет к дублированию исследований, проводящихся в институтах и лабораториях России. Предполагается, что развитие подобных информационных баз данных в ВКМ и других научных учреждениях страны поможет отечественным специалистам и в этой области знаний приблизиться к уровню мировой науки, более обоснованно планировать проведение тех или иных исследований. За рубежом существуют многочисленные сходные базы данных, доступ к которым в настоящее время возможен только за плату. Обмен информацией с зарубежными коллегами полезен для развития науки в России, однако очевидно, что полноценное участие российских ученых в информационном обмене с коллегами зарубежных стран возможно только в случае создания отечественных баз данных сопоставимого уровня.