| |
SelfAss 4 - 2012-04-14 - Main.AndreyGolovin
|
|
META TOPICPARENT |
name="NanoMod2011" |
Моделирование самосборки липидного бислоя
- Создайте рабочую директорию на диске E: типа Ivanov/md
| |
- Теперь надо скопировать ваши файл на суперкомпьтер. Сначала зайдем на суперкомпьтер и создадим папку с Вашей фамилией и вернемся на kodomo.
ssh skif
| |
< < | mkdir Ivanov | > > | mkdir nano/Ivanov | | exit
- Копируем файлы, не забывайте заменить Ivanov на Вашу директорию:
cd ..
| |
< < | scp -r md/* skif:Ivanov/ | > > | scp -r md/* skif:nano/Ivanov/ | |
- Запускаем тестовое моделирование на суперкомпьтере.
ssh skif
| |
< < | cd Ivanov | > > | cd nano/Ivanov | | grompp -f md -c b_pr -p b -o b_md -maxwarn 1
mpirun -np 16 -maxtime 5 -q test /home/golovin/progs/bin/mdrun_mpi -deffnm b_md -v
|
|
SelfAss 3 - 2012-04-13 - Main.AndreyGolovin
|
|
META TOPICPARENT |
name="NanoMod2011" |
Моделирование самосборки липидного бислоя | |
< < |
- Создайте рабочую директорию на диске Н: типа Ivanov/md
| > > |
- Создайте рабочую директорию на диске E: типа Ivanov/md
| |
- Вам даны файлы,скачайте их в рабочую директорию:
| |
-
- файл праметров для минимизации энергии em.mdp.
- файл праметров для "утряски" воды pr.mdp pr.mdp .
- файл праметров для молекулярной динамики md.mdp .
| |
> > |
- Скопируйте с помощью WinScp директорию Ivanov на kodomo. Файлы можно скачать также с помощью WinScp.
| |
- Зайдите на kodomo через Putty и перейдите в рабочую директорию.
cd Ivanov/md
- На основе одного липида созадим ячейку с 64 липидами.
genconf -f dppc.gro -o b_64.gro -nbox 4 4 4
| |
< < | c помощью editconf преобразуйте dppc.gro и b_64.gro в pdb файлы. Как пользоваться editconf см. в общих свединиях. Просмотрите результат в PyMol . | > > | c помощью editconf преобразуйте dppc.gro и b_64.gro в pdb файлы. Как пользоваться editconf см. в общих свединиях. Просмотрите результат в PyMol. | |
- В текстовом редакторе в файле b.top установите правильное количество липидов в системе.
- Сделаем небольшой отступ в ячейке от липидов, что бы добавить примерно 2500 молекул воды.
| | grompp -f pr -c b_s -p b -o b_pr -maxwarn 1
mdrun -deffnm b_pr -v
| |
< < |
- Переформатируйте b_pr.gro и b_s.gro в pdb формат. И сравните визуально в PyMol изменеия в системах. Занесите наблюдения в отчет.
| > > |
- Переформатируйте b_pr.gro и b_s.gro в pdb формат. И сравните визуально в PyMol изменеия в системах. Занесите наблюдения в отчет.
| |
- Теперь надо скопировать ваши файл на суперкомпьтер. Сначала зайдем на суперкомпьтер и создадим папку с Вашей фамилией и вернемся на kodomo.
ssh skif
|
|
SelfAss 2 - 2011-04-27 - Main.AndreyGolovin
|
|
META TOPICPARENT |
name="NanoMod2011" |
Моделирование самосборки липидного бислоя
- Создайте рабочую директорию на диске Н: типа Ivanov/md
| | cd ..
scp -r md/* skif:Ivanov/
| |
< < |
- Запускаем моделирование на суперкомпьтере.
| > > |
- Запускаем тестовое моделирование на суперкомпьтере.
| |
ssh skif
cd Ivanov
grompp -f md -c b_pr -p b -o b_md -maxwarn 1 | |
< < | mpirun -np 16 -maxtime 1200 /home/golovin/progs/bin/mdrun_mpi -deffnm b_md -v | > > | mpirun -np 16 -maxtime 5 -q test /home/golovin/progs/bin/mdrun_mpi -deffnm b_md -v | |
Запишите номер Вашей задачи.
Просмотреть ход счета можно в файле mdrun_mpi.out-.... | | less mdrun_mpi.out-....
Нажмите shift+. для перехода в конец файла.
| |
> > |
- Если в логе нет ошибок запустите основную задачу:
mpirun -np 16 -maxtime 1200 /home/golovin/progs/bin/mdrun_mpi -deffnm b_md -v
| | |
|
SelfAss 1 - 2011-04-07 - Main.AndreyGolovin
|
|
> > |
META TOPICPARENT |
name="NanoMod2011" |
Моделирование самосборки липидного бислоя
- Создайте рабочую директорию на диске Н: типа Ivanov/md
- Вам даны файлы,скачайте их в рабочую директорию:
- дополнительной топологии для липида DPPC, dppc.itp.
- параметры для липидов lipid.itp.
- координаты одного липида dppc.gro.
- Файл-заготовка тополгии системы b.top.
- файл праметров для минимизации энергии em.mdp.
- файл праметров для "утряски" воды pr.mdp pr.mdp .
- файл праметров для молекулярной динамики md.mdp .
- Зайдите на kodomo через Putty и перейдите в рабочую директорию.
cd Ivanov/md
- На основе одного липида созадим ячейку с 64 липидами.
genconf -f dppc.gro -o b_64.gro -nbox 4 4 4 c помощью editconf преобразуйте dppc.gro и b_64.gro в pdb файлы. Как пользоваться editconf см. в общих свединиях. Просмотрите результат в PyMol .
- В текстовом редакторе в файле b.top установите правильное количество липидов в системе.
- Сделаем небольшой отступ в ячейке от липидов, что бы добавить примерно 2500 молекул воды.
editconf -f b_64.gro -o b_ec -d 0.5
- Проведем оптимизацию геометрии системы, что бы удалить "плохие" контакты молекул.
grompp -f em -c b_ec -p b -o b_em -maxwarn 2
mdrun -deffnm b_em -v
Отметье в отчете изменение максимальной силы в ходе оптимизации геометрии. Занесите начальное и конечное значение максимальной силы.
- Добавим в ячейку молекулы воды типа spc.
genbox -cp b_em -p b -cs spc216 -o b_s
- Проведем "утряску" воды:
grompp -f pr -c b_s -p b -o b_pr -maxwarn 1
mdrun -deffnm b_pr -v
- Переформатируйте b_pr.gro и b_s.gro в pdb формат. И сравните визуально в PyMol изменеия в системах. Занесите наблюдения в отчет.
- Теперь надо скопировать ваши файл на суперкомпьтер. Сначала зайдем на суперкомпьтер и создадим папку с Вашей фамилией и вернемся на kodomo.
ssh skif
mkdir Ivanov
exit
- Копируем файлы, не забывайте заменить Ivanov на Вашу директорию:
cd ..
scp -r md/* skif:Ivanov/
- Запускаем моделирование на суперкомпьтере.
ssh skif
cd Ivanov
grompp -f md -c b_pr -p b -o b_md -maxwarn 1
mpirun -np 16 -maxtime 1200 /home/golovin/progs/bin/mdrun_mpi -deffnm b_md -v
Запишите номер Вашей задачи.
Просмотреть ход счета можно в файле mdrun_mpi.out-....
less mdrun_mpi.out-....
Нажмите shift+. для перехода в конец файла.
-- AndreyGolovin - 2011-04-07 |
|
|
|
Copyright &? by the contributing authors. All material on this collaboration platform is the property of the contributing authors. Ideas, requests, problems regarding TWiki? Send feedback
|
|
| |