Учебным планом для студентов, обучающихся на факультете ВМК, предусмотрена фундаментальная математическая подготовка. Студенты изучают математический анализ, теорию функций комплексного переменного, функциональный анализ, линейную алгебру, аналитическую геометрию, дифференциальные уравнения, методы математической физики, теорию вероятностей, математическую статистику, математическую логику, дискретную математику, численные методы, исследование операций, теорию игр, оптимальное управление, экстремальные задачи.
Студентам факультета читается широкий спектр курсов, связанных с вычислительной техникой и программированием: алгоритмы и алгоритмические языки, архитектура ЭВМ и язык ассемблера, системное программное обеспечение, прикладное программное обеспечение, компьютерная графика, параллельные вычисления, базы данных, операционные системы, искусственный интеллект, объектно-ориентированное программирование, компьютерные сети, сетевые технологии и др.
Значительное место в подготовке специалистов занимает практическая работа на компьютерах, включая рабочие станции и персональные компьютеры. За время обучения студенты учатся работать в нескольких операционных системах и изучают, как минимум, три языка программирования.
На первых двух курсах обучение ведется по общим учебным планам и программам. Основное внимание уделяется общематематической подготовке и теоретическому и прикладному программированию. Начиная с III курса, студенты проходят специализацию на выбранных ими кафедрах. Каждый студент работает в спецсеминаре и имеет своего научного руководителя. Все студенты изучают английский язык и цикл гуманитарных дисциплин.