Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~vasilisa/Protocol4-1-3.txt
Дата изменения: Fri Mar 7 19:05:36 2008
Дата индексирования: Tue Oct 2 04:16:52 2012
Кодировка: Windows-1251
Упражнения к теме "Филогенетические деревья"
26.02.08


I. Оценка достоверности реконструированной топологии с помощью бутстреп-анализа
Этапы работы:
1. Программой fseqboot создала 100 бутстреп-реплик выравнивания:
fseqboot offsprings.fasta -auto
(результат положен в файл offsprings.fseqboot).
2. Подала полученные 100 выравниваний на вход программе fdnaml.

fdnaml offsprings.fasta -ttratio 1 -auto
Выходной файл offsprings.treefile оказалось 100 скобочных формул, соответствующих реконструкциям, сделанным по каждому из выравниваний.
3. Запустите программу fconsense. В выходной файл будут помещены результаты бутстреп-анализа.
fconsense
Majority-rule and strict consensus tree
Phylip tree file:
Error: Input file is required
Phylip tree file: offsprings.treefile
Phylip consense program output file [offsprings.fconsense]: offsprings.fconsense

Consensus tree written to file "offsprings.treefile"

Output written to file "offsprings.fconsense"

Done.
Получился консенсус:
Species in order:

1. B
2. C
3. D
4. F
5. E
6. A


Sets included in the consensus tree

Set (species in order) How many times out of 100.00

..**** 97.00
..***. 62.00
...**. 47.00


Sets NOT included in consensus tree:

Set (species in order) How many times out of 100.00

..**.. 30.00
...*** 26.00
...*.* 17.00
....** 6.00
..**.* 6.00
..*..* 5.00
.****. 3.00
..*.*. 1.00


Extended majority rule consensus tree

CONSENSUS TREE:
the numbers on the branches indicate the number
of times the partition of the species into the two sets
which are separated by that branch occurred
among the trees, out of 100.00 trees

+-------------D
+-62.0-|
| | +------E
+-97.0-| +-47.0-|
| | +------F
+------| |
| | +--------------------A
| |
| +---------------------------C
|
+----------------------------------B


remember: this is an unrooted tree!
Скобочная формула из файла offsprings.treefile:
((((D:100.0,(E:100.0,F:100.0):47.0):62.0,A:100.0):97.0,C:100.0):100.0,B:100.0);
Изображение филогенетического дерева в графическом формате
Поместите скобочную формулу заданного ("реального") дерева в отдельный файл.
Подайте файл на вход fdrawtree.
fdrawtree
Plots an unrooted tree diagram
Phylip tree file: tree_Formula.txt
Phylip drawtree output file [tree_formula.fdrawtree]: tree_Formula.ps
DRAWTREE from PHYLIP version 3.6b
Reading tree ...
Tree has been read.
Loading the font ...
Font loaded.

Writing plot file ...

Plot written to file "tree_Formula.ps"

Done
1. .Результат fdrawtree имеет формат postscript. Рекомендуется переименовать выходной файл, придав ему расширение .ps, после чего его можно либо прямо импортировать в документ Word, либо открыть под Windows ассоциированной программой GSview и экспорировать в GIF-формат
Отчет по этому упражнению состоит из изображения и краткого комментария к нему.

Дополнительные задания

1)
fseqboot offsprings.fasta -test j -auto

bootstrap: false
jackknife: true
permute: false
lockhart: false
ild: false
justwts: false

completed replicate number 10
completed replicate number 20
completed replicate number 30
completed replicate number 40
completed replicate number 50
completed replicate number 60
completed replicate number 70
completed replicate number 80
completed replicate number 90
completed replicate number 100

Output written to file "offsprings.fseqboot"

Done.

О команде fretree