|
|
| |
Метка поля |
Содержание |
| Код(ы) доступа ("Accession number") |
AC |
P0A6X7; P06984; |
| Идентификатор записи в БД |
ID |
IHFA_ECOLI |
| Название (краткое описание) белка |
DE |
Полное: Альфа-субъеденица фактора интеграции. (Integration host factor subunit alpha)
Короткое: IHF-alpha
|
| Дата создания документа |
DT |
01-APR-1988 |
| Дата последнего исправления аннотации |
DT |
16-DEC-2008 |
| Число публикаций, использованных при
создании документа |
RN |
9 |
| Журнал и год самой поздней публикации |
RL |
'Cell',1996 |
| Ключевые слова |
KW |
3D-structure; Complete proteome;
DNA recombination; DNA-binding; Transcription; Transcription regulation; Translation regulation.
|
| Что содержит поле комментариев? |
CC |
Функция: это одна из двух субъединиц фактора интеграции в хозяина,специфического ДНК-связывающего белка, участвующего в генетической рекомбинации, а также в транскрипционном и трансляционном контроле.
Функция: IHF также играет важную роль в лизогенном жизненном цикле лямбда-фага, котороя необходима нетолько для рекомбинантной реакции, вставляющей ДНК лямбды в хромосому Е.Сoli, но и для синтеза int и cI репрессоров, двух фаговых белков, необходимых для внедрения и репрессирования ДНК соответственно. Синтез белков int и cI косвенно регулирует IHF посредством трансляционного контроля белка CII лямбды.
Субединица: гетеродимер альфа и бета цепей.
Сходство: относится к семейству бактериальных, сходных с гистонами белков
|
| Идентификаторы записей PDB |
DR |
1IHF
1OUZ
1OWF
1OWG
2HT0
|
Для связывания с ДНК IHFa обладает двумя мутациями: 65-й Пролин заменен Лейцином, 66-й Лизин - Серином.
Впрочем, я полагаю ,что для выполнения своих функций, IHFa необходима 'вторая половинка' - бета субъединица IHFb, АС в SwissProt P0A6Y1.
| Запрос |
Число записей
в SwissProt |
Число записей
в TrEMBL |
| Integration host factor subunit alpha | 948 | 547 |
| "Integration host factor subunit alpha" | 209 | 9 |
Для сравнения возьмем белок IHFA_PSEAE.
| |
Метка поля |
IHFA_ECOLI |
IHFA_PSEAE |
| Первый код доступа |
AC |
P0A6X7 |
Q51472 |
| Идентификатор последовательности в БД |
ID |
IHFA_ECOLI |
IHFA_PSEAE |
| Название (краткое описание) белка |
DE |
Full=Integration host factor subunit alpha;
Short=IHF-alpha
|
Full=Integration host factor subunit alpha;
Short=IHF-alpha
|
| Дата создания документа |
DT |
01-APR-1988 |
01-NOV-1997 |
| Дата последнего исправления аннотации |
DT |
16-DEC-2008 |
25-NOV-2008 |
| Название организма |
OS |
Escherichia coli (strain K12) |
Pseudomonas aeruginosa |
| Классификация организма (список таксонов) |
OC |
Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales;
Enterobacteriaceae; Escherichia.
|
Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Pseudomonadales;
Pseudomonadaceae; Pseudomonas.
; |
| Длина последовательности |
SQ |
99 |
100 |
| Молекулярная масса белка |
SQ |
11354 |
11354 |
| Число публикаций, использованных при
создании документа |
RN |
9 |
3 |
| Журнал и год самой поздней публикации |
RL |
'Cell',1996 |
Biochem. Biophys. Res. Commun. 1993 |
| Описание вторичной структуры
|
FT |
Белок состоит из 3-х альфа-спиралей, 5-ти бета-тяжей и 2-х повортов. Ниже указаны первый и последний аминокислотный остаток соотвтствующих структур
HELIX 5 16 HELIX 20 39
STRAND 44 46
TURN 47 49
STRAND 50 57
STRAND 60 63
TURN 65 67
STRAND 70 73
STRAND 76 83
HELIX 85 92
|
нет описания |
| Ключевые слова |
KW |
3D-structure; Complete proteome;
DNA recombination; DNA-binding; Transcription; Transcription regulation; Translation regulation.
|
Complete proteome; Direct protein sequencing; DNA recombination;
DNA-binding; Transcription; Transcription regulation;
Translation regulation.
|
| Темы, освещенные в комментариях |
CC |
Функции, субъединица, сходство |
Функции (совпадает с основной функцией IHFA_ECOLI, что следует также из DE)
Также является субъединицей.
Принадлежит к тому же семейству белков.
разносторонний: в искусственных услувиях связывается с algD промотором
|
Особенности последовательности
|
FT |
Мутации в 65-м а.к. (Пролин заменен Лейцином), 66-м (Лизин - Серином). |
Вырезан первый метионин |
| Идентификаторы записей PDB |
DR |
1IHF
1OUZ
1OWF
1OWG
2HT0 |
нет |
Белки похожи по очень многим параметрам. Но интересного, что второму белку не понадобились мутации для связи с ДНК. Отличия в основном объясняются происхождением белков из разных организмов.
Дополнительные задания (сделаны 6.03.09):
1. Воспользовавшись, например, результатами поиска по второму запросу 'Integration host factor subunit alpha', выберем те, для которых известна третичная структура.
Для этого выберем соответствующие настройки в Customize display. А именно попросим показывать информацию о 3D-структуре (добавив этот показатель из общего списка). После чего нажмем кнопку, позволяющую нам смотреть только на белки, для которых описана 3D-структура (Show only entries with structural information).
Результат: таких белков всего 3.
| Запрос |
Число записей
в SwissProt |
Число записей
в SwissProt, с известной 3D-cтруктурой |
| Integration host factor subunit alpha | 989 | 9 |
| "Integration host factor subunit alpha" | 210 | 3 |
|