Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~borisevich/term4/7-GO.doc Дата изменения: Fri May 27 17:16:49 2011 Дата индексирования: Tue Oct 2 09:18:03 2012 Кодировка: koi8-r

Знакомство с терминологией GO


Описание функции белка


| |Онтология GO|Количество разных |Функция белка (краткое описание,|
| |(название |ассоциированных |близкое к тексту определения |
| |словаря) |терминов GO |термина(ов) GO |
|Где? | |- | |
|Зачем, для |Biological |2 |Получение тиамина (витамина B1) |
|чего? |process | | |
|Молекулярный |Molecular |4 |Катализ - трансферазная реакция:|
|механизм? |function | |дифосфорилирование |
| | | |тиамин-фосфата. Лиганд - ион |
| | | |магния. |
|Специфичность|Molecular |2 |Катализуется реакция |
|? |function | |4-amino-2-methyl-5-diphosphometh|
| | | |ylpyrimidine + |
| | | |4-methyl-5-(2-phosphoethyl)-thia|
| | | |zole + H(+) = diphosphate + |
| | | |thiamine phosphate. Используются|
| | | |ионы магния 2+ . |

Описание терминов GO

| | | | |
|GO ID |Список синонимов |Список ближайших | Список ближайших |
|выбранного| |родительских терминов|дочерних терминов GO |
|термина | |GO с указанием типа |с указанием типа |
| | |связи |связи |
| | | | |
|GO:0009228|exact: thiamin |is_a - GO:0006772 |negatively_regulates |
| |anabolism |thiamine metabolic |- GO:0070624 negative|
| |exact: thiamin |process |regulation of |
| |biosynthetic process |is_a - GO:0042724 |thiamine biosynthetic|
| |exact: thiamine |thiamine-containing |process |
| |biosynthesis |compound biosynthetic|positively_regulates |
| |exact: thiamine |process |- GO:0090180 positive|
| |formation | |regulation of |
| |exact: thiamine | |thiamine biosynthetic|
| |synthesis | |process |
| |exact: vitamin B1 | |regulates - |
| |biosynthesis | |GO:0070623 regulation|
| |exact: vitamin B1 | |of thiamine |
| |biosynthetic process | |biosynthetic process |
|GO:0016740|exact: thiamin |is_a - GO:0003824 |is_a - GO:0008665 |
| |anabolism |catalytic activity |2'-phosphotransferase|
| |exact: thiamin | |activity |
| |biosynthetic process | |is_a - GO:0008414 |
| |exact: thiamine | |CDP-alcohol |
| |biosynthesis | |phosphotransferase |
| |exact: thiamine | |activity |
| |formation | |is_a - GO:0042123 |
| |exact: thiamine | |glucanosyltransferase|
| |synthesis | |activity |
| |exact: vitamin B1 | |is_a - GO:0043842 Kdo|
| |biosynthesis | |transferase activity |
| |exact: vitamin B1 | |is_a - GO:0000031 |
| |biosynthetic process | |mannosylphosphate |
| | | |transferase activity |
| | | |is_a - GO:0051075 |
| | | |S-adenosylmethionine:|
| | | |tRNA |
| | | |ribosyltransferase-is|
| | | |omerase activity |
| | | |is_a - GO:0016746 |
| | | |transferase activity,|
| | | |transferring acyl |
| | | |groups |
| | | |is_a - GO:0016744 |
| | | |transferase activity,|
| | | |transferring aldehyde|
| | | |or ketonic groups |
| | | |is_a - GO:0016765 |
| | | |transferase activity,|
| | | |transferring alkyl or|
| | | |aryl (other than |
| | | |methyl) groups |
| | | |is_a - GO:0016757 |
| | | |transferase activity,|
| | | |transferring glycosyl|
| | | |groups |
| | | |is_a - GO:0016769 |
| | | |transferase activity,|
| | | |transferring |
| | | |nitrogenous groups |
| | | |is_a - GO:0016741 |
| | | |transferase activity,|
| | | |transferring |
| | | |one-carbon groups |
| | | |is_a - GO:0016772 |
| | | |transferase activity,|
| | | |transferring |
| | | |phosphorus-containing|
| | | |groups |
| | | |is_a - GO:0016785 |
| | | |transferase activity,|
| | | |transferring |
| | | |selenium-containing |
| | | |groups |
| | | |is_a - GO:0016782 |
| | | |transferase activity,|
| | | |transferring |
| | | |sulfur-containing |
| | | |groups |
|GO:0004789|exact: |is_a - GO:0016765 |No children |
| |2-methyl-4-amino-5-hydr|transferase activity,| |
| |oxymethylpyrimidine-dip|transferring alkyl or| |
| |hosphate:4-methyl-5-(2-|aryl (other than | |
| |phosphoethyl)thiazole |methyl) groups | |
| |2-methyl-4-aminopyrimid| | |
| |ine-5-methenyltransfera| | |
| |se activity | | |
| |exact: | | |
| |thiamin-phosphate | | |
| |diphosphorylase | | |
| |activity | | |
| |exact: | | |
| |thiamin-phosphate | | |
| |pyrophosphorylase | | |
| |activity | | |
| |exact: thiamine | | |
| |monophosphate | | |
| |pyrophosphorylase | | |
| |activity | | |
| |exact: thiamine | | |
| |phosphate | | |
| |pyrophosphorylase | | |
| |activity | | |
| |exact: | | |
| |thiamine-phosphate | | |
| |pyrophosphorylase | | |
| |activity | | |
| |exact: | | |
| |thiamine-phosphate | | |
| |synthase activity | | |
| |exact: TMP | | |
| |diphosphorylase | | |
| |activity | | |
| |exact: TMP | | |
| |pyrophosphorylase | | |
| |activity | | |
| |exact: TMP-PPase | | |
| |activity | | |

[pic]
[pic] [pic]

Оценка качества функциональной аннотации белков в UniProt


Определите число реальных и гипотетических белков из Cavia porcellus


Cavia porcellus

Taxonomy ID: 10141

Genbank common name: Domestic guinea pig

Inherited blast name: rodents

Rank: species

Other names:
|synonym: |Cavia cobaya |
|synonym: |Cavia aperea |
| |porcellus |
|common name|guinea pig |
|: | |
|misnomer: |Cavia cobya |



Соотношение между реальными и гипотетическими белками из Cavia porcellus
(по данным UniProt, поиск по названию, а не по taxid)

| |Количество в UniProt |Количество в UniRef100 |
|Существование белка |95 |279 |
|доказано | | |
|экспериментально | | |
|Известны только |573 |763 |
|соответствующие | | |
|транскрипты | | |
|Гипотетический белок, |102 |104 |
|предсказан по гомологии| | |
|Иные предсказанные |75 |75 |
|гипотетические белки | | |





Использование GO для работы с массовыми данными


Опишите протеом бактерии Dickeya zeae Ech1591, используя термины GO.

1) 4162 белка (4138 по UniProtKB).
2) У 3062 белков имеется хотя бы один соответствующий ему GO термин (74%).
3) Чаще всего встречаются термины о функции белка, затем о процессе.
Возможно, дело в том, что белки часто аннотируются по сходству - тем самым
предсказывается функция и процесс.
[pic]
4) Наиболее часто встречающиеся термины:
C: Локализация белка. Тут все просто.
integral to membrane
cytoplasm
plasma membrane
membrane
intracellular
F: Функция. Связывающиеся с АТФ белки лидируют (что понятно - для многих
процессов в клетке необходим АТФ). Затем популярны: ДНК-связывающие (в т.ч.
транскрипционные факторы) и транспортеры. Многие белки, что нормально,
связывают ион металла для своей работы.
ATP binding
DNA binding
transporter activity
sequence-specific DNA binding transcription factor activity
metal ion binding
P: Процесс. Больше всего изучено белков, регулирующих транскрипцию (что
пересекается с результатами по F). Также много белков, выполняющих
окислительно-восстановительные реакции. За ними по популярности идут
трансмембранный транспорт, трансляция и протеолиз.
regulation of transcription, DNA-dependent
oxidation-reduction process
transmembrane transport
translation
proteolysis
5) Из пп.1 и 2 можно предположить, что в этом организме 25% CDS -
предсказаны, но не проверены и не изучены.


Получение выборки последовательностей белков с заданной функцией

Получаю данные для трансляции:
Translation, F - словарь, GO:0006412 - 61 находка (как и в сводной таблице
по бактерии).
Запрос к SRS - (((([uniprot-Organism:Dickeya*] & [uniprot-Organism:zeae*])
& [uniprot-Organism:Ech1591*]) | [uniprot-Organism:Dickeya zeae Ech1591*])
> ([uniprot-DbNam e:GO*] & [uniprot-DBxref:GO:0006412*]))

Дать скачать fasta-файл сервис отказался (

(*) Определение главной функции в большом списке белков

С высокой надежностью, наиболее часто представлены следующие термины:

GO:0005515 - 16 (protein binding)

3.21e-08
GO:0008235 - 8 (metalloexopeptidase activity)

3.81e-10

GO:0008238 - 8 (exopeptidase activity)

3.21e-08

GO:0008237 - 8 (metallopeptidase activity)

2.45e-06
GO:0004177 - 6 (aminopeptidase activity)

2.5e-07


Больше всего - пептидаз.