Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес
оригинального документа
: http://kodomo.cmm.msu.ru/~mamichev-ivan/Term_3/trna/trna.html
Дата изменения: Thu Dec 24 01:15:36 2009 Дата индексирования: Tue Oct 2 19:06:28 2012 Кодировка: Windows-1251 |
[1] 5' - G C G G A U U U A 2MG C U C A G H2U H2U G G G A G A G C M2G C C A G A OMC U OMG A A YG A PSU 5MC U G G A G 7MG U C 5MC U G U G 5MU PSU C G 1MA U C C A C A G A A U U C G C A C C A - 3' [76],
где 901 и 970 - номера первого и последнего нуклеотида.Рис.1. Вторичная структура молекулы фенилаланиновой тРНК из SACCHAROMYCES |
Скрипт для получения изображения: background white restrict none select all backbone 100 color white select 1-7 or 66-72 color red select 49-53 or 61-65 color green select 10-13 or 22-25 color blue select 38-44 or 26-32 color orange |
Фрагмент файла, полученного командой find_pairs: Strand I Strand II Helix 1 (0.003) A:...1_:[..G]G-----C[..C]:..72_:A (0.005) | 2 (0.004) A:...2_:[..C]C-----G[..G]:..71_:A (0.006) | 3 (0.008) A:...3_:[..G]G-----C[..C]:..70_:A (0.006) | 4 (0.009) A:...4_:[..G]G-*---U[..U]:..69_:A (0.007) | 5 (0.009) A:...5_:[..A]A-----U[..U]:..68_:A (0.008) | 6 (0.007) A:...6_:[..U]U-----A[..A]:..67_:A (0.016) | 7 (0.007) A:...7_:[..U]Ux---xA[..A]:..66_:A (0.012) x 8 (0.008) A:..41_:[..U]U-----A[..A]:..29_:A (0.006) | 9 (0.012) A:..42_:[..G]G-----C[..C]:..28_:A (0.005) | 10 (0.011) A:..43_:[..G]Gx---xC[..C]:..27_:A (0.006) | 11 (0.014) A:..45_:[..G]Gx*---C[..C]:..25_:A (0.006) | 12 (0.006) A:..11_:[..C]C-----G[..G]:..24_:A (0.017) | 13 (0.009) A:..12_:[..U]U-----A[..A]:..23_:A (0.013) | 14 (0.011) A:..13_:[..C]C----xG[..G]:..22_:A (0.011) | 15 (0.017) A:..14_:[..A]A-**-xU[..U]:...8_:A (0.008) | 16 (0.018) A:..15_:[..G]Gx**+xC[..C]:..48_:A (0.013) x 17 (0.018) A:..19_:[..G]Gx---xC[..C]:..56_:A (0.012) + 18 (0.008) A:..33_:[..U]Ux*--xA[..A]:..36_:A (0.007) + 19 (0.015) A:..50_:[..U]U-----A[..A]:..64_:A (0.015) | 20 (0.011) A:..51_:[..G]G-----C[..C]:..63_:A (0.009) | 21 (0.014) A:..52_:[..U]U-----A[..A]:..62_:A (0.022) | 22 (0.015) A:..53_:[..G]G-----C[..C]:..61_:A (0.006) |Структуру стеблевых дуплексов поддерживают 21 канонических и 1 неканонической пары оснований..
Изображение соответствующего стекинг-взаимодействия получено при помощи выполнения последовательных команд:
ex_str -7 stacking.pdb step7.pdb (вырезание нужной структуры в отдельный файл),
stack2img -cdolt step7.pdb step7.ps (построение изображения).
2. Среди шести водородных взаимойдейсвий вне стеблей я выделил три, которые происходят между основаниями D и Т-петель.
Это пары нуклеотидов
U54 - a58
U55 - G18
G15 - C48
Неканоническая среди них только одна U55 - G18.
1EVV: Score 16: 8/10 ( 80%) matches, 0 gaps 22 gagcgccaga 31 || | ||||| 48 ctggaggtct 39 1EVV: Score 15: 5/5 (100%) matches, 0 gaps 49 ctgtg 53 ||||| 65 gacac 61
Участок структуры | Позиции в структуре (по результатам find_pair) | Результаты предсказания с помощью einverted | Результаты предсказания по алгоритму Зукера |
Акцепторный стебель | 5' 1-7 3' 5' 66-72 3' Всего 7 пар |
Предсказано 0 пар из 7 реальных | Предсказано 6 пар из 7 реальных |
D-стебель | 5' 10-13 3' 5' 22-25 3' Всего 4 пары |
Предсказано 0 пар из 4 реальных | Предсказано 4 пары из 4 реальных |
T-стебель | 5' 49-53 3' 5' 61-65 3' Всего 5 пар |
Предсказано 5 пар из 5 реальных | Предсказано 5 пар из 5 реальных |
Антикодоновый стебель | 5' 38-44 3' 5' 26-32 3' Всего 7 пар |
Предсказано 5 пар из 7 реальных | Предсказано 5 пар из 7 реальных |
Общее число канонических пар нуклеотидов | 23 пары | 10 пар | 20 пар |
Алгоритм Зукера
Заданная команда без значения параметраа Р
(default P=5)
mfold SEQ=trna.fasta
При увеличенни параметра "P" программа выдавала много структур, которые не оказались лучше первоначальной.
Изображение, полученное с помощью mfold:
Выводы: