Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~maravilla/term5/pymol.html
Дата изменения: Sat Oct 2 17:29:08 2010
Дата индексирования: Tue Oct 2 10:23:35 2012
Кодировка: Windows-1251
Введение в PyMOL

Введение в PyMOL



1. Работа с записью 1KMY банка PDB
На сайте RCSB найдем PDB-файл записи 1KMY и сохраним в файле 1KMY.pdb .
С помощью PyMOL получим изображение иона Fe2+ и остатков, которые связаны с ним координационными связями. Это два гистидина, глутаминовая кислота и бифенил-2,3-диол:


2.1 Работа с записью 1GT0.
На сайте RCSB найдем PDB-файл записи 1GT0 и сохраним в файле 1GT0.pdb .
Структура добавлена в банк PDB 9-го января 2002 годв (поле HEADER). Разрешение структуры - 2.6 ангстрем (поле REMARK 2 RESOLUTION).
Посмотрим на аминокислотные остатки с 75 по 100 цепи С. Оказывается, что в данном файле отсутствуют остатки с номера 78 по 96:



2.2 Работа с записью 1DLP
На сайте RCSB найдем PDB-файл записи 1DLP и сохраним в файле 1DLP.pdb .
Структура добавлена в банк PDB 11-го декабря 1999 года (поле HEADER). Разрешение структуры - 3.3 ангстрема (поле REMARK 2 RESOLUTION).
Посмотрим на остатки 136 цепи A и 167 цепи С.
Остаток под номером 136 цепи А - это аспарагин, oстаток под номером 167 цепи С - это аргинин:


На расстоянии до 3.5 ангстрем не нашлось лигандов, только другие аминокислотные остатки.

3. Создание скрипта для PyMOL
Скрипт для получения в графическом окне остатков 75-100 цепи С записи 1GT0: 

  cd H:\public_html\term5 
  load 1GT0.pdb
  hide all
  select bb, c/75-100/
  show sticks, bb


На главную