Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://mouse.belozersky.msu.ru/npidb/data/pdb_new/stride/3moj.std.txt Дата изменения: Wed May 23 16:32:41 2012 Дата индексирования: Tue Oct 2 12:32:30 2012 Кодировка:

REM -------------------------------------------------------------------- 3MOJ
REM 3MOJ
REM STRIDE: Knowledge-based secondary structure assignment 3MOJ
REM Please cite: D.Frishman & P.Argos, Proteins 23, 566-579, 1995 3MOJ
REM 3MOJ
REM Residue accessible surface area calculation 3MOJ
REM Please cite: F.Eisenhaber & P.Argos, J.Comp.Chem. 14, 1272-1280, 1993 3MOJ
REM F.Eisenhaber et al., J.Comp.Chem., 1994, submitted 3MOJ
REM 3MOJ
REM ------------------------ General information ----------------------- 3MOJ
REM 3MOJ
HDR RNA BINDING PROTEIN/RNA 22-APR-10 3MOJ 3MOJ
CMP MOL_ID: 1; 3MOJ
CMP MOLECULE: RNA (69-MER); 3MOJ
CMP CHAIN: A; 3MOJ
CMP FRAGMENT: E. COLI 23 S RIBOSOMAL RNA (NUCLEOTIDES 2508-2580 3MOJ
CMP TETRALOOP IN NUCLEOTIDES 2530-2533 AND A2581 AT 3' END); 3MOJ
CMP ENGINEERED: YES; 3MOJ
CMP MOL_ID: 2; 3MOJ
CMP MOLECULE: ATP-DEPENDENT RNA HELICASE DBPA; 3MOJ
CMP CHAIN: B; 3MOJ
CMP EC: 3.6.1.-; 3MOJ
CMP ENGINEERED: YES 3MOJ
SRC MOL_ID: 1; 3MOJ
SRC ORGANISM_SCIENTIFIC: ESCHERICHIA COLI; 3MOJ
SRC ORGANISM_TAXID: 562; 3MOJ
SRC EXPRESSION_SYSTEM: ESCHERICHIA COLI; 3MOJ
SRC EXPRESSION_SYSTEM_TAXID: 562; 3MOJ
SRC MOL_ID: 2; 3MOJ
SRC ORGANISM_SCIENTIFIC: BACILLUS SUBTILIS; 3MOJ
SRC ORGANISM_TAXID: 1423; 3MOJ
SRC GENE: DBPA, DEAD, YXIN, BSU39110, SS8E; 3MOJ
SRC EXPRESSION_SYSTEM: ESCHERICHIA COLI; 3MOJ
SRC EXPRESSION_SYSTEM_TAXID: 562; 3MOJ
SRC EXPRESSION_SYSTEM_STRAIN: BL23(DE3) 3MOJ
AUT J.W.HARDIN,Y.HU,D.B.MCKAY 3MOJ
REM 3MOJ
REM -------------------- Secondary structure summary ------------------- 3MOJ
REM 3MOJ
CHN /data/npidb/pdb/pdb_new/all/pdb3moj.pdb B 3MOJ
REM 3MOJ
REM . . . . . 3MOJ
SEQ 1 MKLYFNGGKKKKIRAVDFVGTIAKIDGVSADDIGIITIMDNASYVEILNG 50 3MOJ
STR EEEE GGG HHHHHHHHH BTTBTTTTEEEEEETTTTEEEEETTT 3MOJ
REM 3MOJ
REM . . 3MOJ
SEQ 51 KGPHVLKVMKNTTVKGKQLKVNKAN 75 3MOJ
STR HHHHHHHHHH TBTTB EEE 3MOJ
REM 3MOJ
REM 3MOJ
REM 3MOJ
LOC AlphaHelix ALA 418 B ALA 426 B 3MOJ
LOC AlphaHelix LYS 454 B LYS 463 B 3MOJ
LOC 310Helix LYS 412 B LYS 414 B 3MOJ
LOC Strand LYS 405 B PHE 408 B 3MOJ
LOC Strand ILE 436 B ILE 441 B 3MOJ
LOC Strand SER 446 B ILE 450 B 3MOJ
LOC Strand VAL 474 B LYS 476 B 3MOJ
LOC TurnIV ILE 428 B VAL 431 B 3MOJ
LOC TurnI SER 432 B ASP 435 B 3MOJ
LOC TurnI ALA 433 B ILE 436 B 3MOJ
LOC TurnI MET 442 B ALA 445 B 3MOJ
LOC TurnI' LEU 451 B LYS 454 B 3MOJ
LOC TurnII THR 466 B GLY 469 B 3MOJ
LOC TurnI' VAL 467 B LYS 470 B 3MOJ
REM 3MOJ
REM --------------- Detailed secondary structure assignment------------- 3MOJ
REM 3MOJ
REM |---Residue---| |--Structure--| |-Phi-| |-Psi-| |-Area-| 3MOJ
ASG MET B 404 1 C Coil 360.00 154.64 64.1 3MOJ
ASG LYS B 405 2 E Strand -82.18 130.35 97.4 3MOJ
ASG LEU B 406 3 E Strand -111.47 146.32 0.0 3MOJ
ASG TYR B 407 4 E Strand -103.55 141.49 76.8 3MOJ
ASG PHE B 408 5 E Strand -129.96 131.67 0.4 3MOJ
ASG ASN B 409 6 C Coil -72.24 39.98 22.9 3MOJ
ASG GLY B 410 7 C Coil -136.01 147.60 0.0 3MOJ
ASG GLY B 411 8 C Coil -174.65 -164.70 0.0 3MOJ
ASG LYS B 412 9 G 310Helix -41.18 -43.01 129.8 3MOJ
ASG LYS B 413 10 G 310Helix -76.94 -8.56 130.3 3MOJ
ASG LYS B 414 11 G 310Helix -108.38 12.00 80.3 3MOJ
ASG LYS B 415 12 C Coil 66.52 28.38 147.4 3MOJ
ASG ILE B 416 13 C Coil -79.81 148.65 9.0 3MOJ
ASG ARG B 417 14 C Coil -139.83 162.38 145.2 3MOJ
ASG ALA B 418 15 H AlphaHelix -50.83 -35.24 45.7 3MOJ
ASG VAL B 419 16 H AlphaHelix -67.46 -50.99 72.1 3MOJ
ASG ASP B 420 17 H AlphaHelix -45.89 -33.08 24.4 3MOJ
ASG PHE B 421 18 H AlphaHelix -73.94 -69.84 0.6 3MOJ
ASG VAL B 422 19 H AlphaHelix -35.97 -52.41 55.7 3MOJ
ASG GLY B 423 20 H AlphaHelix -64.14 -46.27 22.4 3MOJ
ASG THR B 424 21 H AlphaHelix -70.80 -23.15 40.8 3MOJ
ASG ILE B 425 22 H AlphaHelix -90.14 -50.59 0.6 3MOJ
ASG ALA B 426 23 H AlphaHelix -47.92 -39.74 31.5 3MOJ
ASG LYS B 427 24 C Coil -73.25 47.42 171.4 3MOJ
ASG ILE B 428 25 B Bridge -132.42 121.45 39.1 3MOJ
ASG ASP B 429 26 T Turn -51.48 98.80 162.4 3MOJ
ASG GLY B 430 27 T Turn 138.48 -15.44 46.2 3MOJ
ASG VAL B 431 28 B Bridge -127.60 132.40 11.8 3MOJ
ASG SER B 432 29 T Turn -107.56 159.54 56.9 3MOJ
ASG ALA B 433 30 T Turn -64.74 -10.76 51.7 3MOJ
ASG ASP B 434 31 T Turn -84.27 -10.87 136.7 3MOJ
ASG ASP B 435 32 T Turn -85.16 -12.02 7.0 3MOJ
ASG ILE B 436 33 E Strand -91.30 115.27 21.2 3MOJ
ASG GLY B 437 34 E Strand -82.87 -141.82 24.1 3MOJ
ASG ILE B 438 35 E Strand -64.89 140.86 130.0 3MOJ
ASG ILE B 439 36 E Strand -121.14 135.58 36.8 3MOJ
ASG THR B 440 37 E Strand -131.82 96.15 61.6 3MOJ
ASG ILE B 441 38 E Strand -76.46 143.04 53.0 3MOJ
ASG MET B 442 39 T Turn -138.81 -165.48 63.7 3MOJ
ASG ASP B 443 40 T Turn -64.72 -50.38 121.6 3MOJ
ASG ASN B 444 41 T Turn -132.90 2.42 92.6 3MOJ
ASG ALA B 445 42 T Turn -137.49 141.12 13.2 3MOJ
ASG SER B 446 43 E Strand -115.37 135.22 0.0 3MOJ
ASG TYR B 447 44 E Strand -98.10 129.95 75.8 3MOJ
ASG VAL B 448 45 E Strand -138.92 122.77 0.0 3MOJ
ASG GLU B 449 46 E Strand -88.91 137.90 53.3 3MOJ
ASG ILE B 450 47 E Strand -110.33 137.40 3.4 3MOJ
ASG LEU B 451 48 T Turn -106.62 165.51 76.9 3MOJ
ASG ASN B 452 49 T Turn 70.70 28.76 118.7 3MOJ
ASG GLY B 453 50 T Turn 60.99 7.59 69.2 3MOJ
ASG LYS B 454 51 H AlphaHelix -81.14 15.93 81.5 3MOJ
ASG GLY B 455 52 H AlphaHelix -56.86 -76.17 0.2 3MOJ
ASG PRO B 456 53 H AlphaHelix -46.33 -42.89 73.3 3MOJ
ASG HIS B 457 54 H AlphaHelix -54.99 -66.95 101.7 3MOJ
ASG VAL B 458 55 H AlphaHelix -40.56 -53.90 1.7 3MOJ
ASG LEU B 459 56 H AlphaHelix -48.38 -52.58 21.6 3MOJ
ASG LYS B 460 57 H AlphaHelix -81.83 40.52 169.1 3MOJ
ASG VAL B 461 58 H AlphaHelix -154.45 -25.99 42.4 3MOJ
ASG MET B 462 59 H AlphaHelix -79.73 -26.22 5.8 3MOJ
ASG LYS B 463 60 H AlphaHelix -35.62 -36.97 93.9 3MOJ
ASG ASN B 464 61 C Coil -144.17 73.39 112.6 3MOJ
ASG THR B 465 62 C Coil -144.38 129.50 47.1 3MOJ
ASG THR B 466 63 T Turn -64.75 104.92 103.6 3MOJ
ASG VAL B 467 64 B Bridge -97.78 115.36 0.2 3MOJ
ASG LYS B 468 65 T Turn 62.89 22.31 104.8 3MOJ
ASG GLY B 469 66 T Turn 73.04 44.79 62.2 3MOJ
ASG LYS B 470 67 B Bridge -166.68 97.06 124.0 3MOJ
ASG GLN B 471 68 C Coil -56.22 148.84 101.2 3MOJ
ASG LEU B 472 69 C Coil -149.17 163.24 10.9 3MOJ
ASG LYS B 473 70 C Coil -61.12 125.73 140.2 3MOJ
ASG VAL B 474 71 E Strand -132.86 143.53 5.0 3MOJ
ASG ASN B 475 72 E Strand 171.47 167.89 75.6 3MOJ
ASG LYS B 476 73 E Strand -37.56 125.47 127.6 3MOJ
ASG ALA B 477 74 C Coil -55.91 112.46 11.5 3MOJ
ASG ASN B 478 75 C Coil 148.60 360.00 201.8 3MOJ