Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://dualopt1.cmm.msu.ru/bin/rdiff/Education/DnaMelt?rev1=3&rev2=2
Дата изменения: Unknown
Дата индексирования: Fri Feb 28 21:29:23 2014
Кодировка: UTF-8
%TOPICTITLE% (2 vs. 3) - TWiki
Educational supplies
View   r3  >  r2  ...
DnaMelt 3 - 2012-04-13 - Main.AndreyGolovin
Line: 1 to 1
 
META TOPICPARENT name="NanoMod2011"

Моделирование перехода ДНК из А в В форму

Changed:
<
<
  1. Создайте рабочую директорию на диске Н: типа Ivanov/md
>
>
  1. Создайте рабочую директорию на диске E: типа Ivanov/md
 
  1. Вам даны файлы:
    • Координаты дуплекса ДНК, dna.pdb.
    • файл праметров для минимизации энергии em.mdp.
    • файл праметров для "утряски" воды pr.mdp pr.mdp .
    • файл праметров для молекулярной динамики md.mdp . скачайте их в рабочую директорию.
Added:
>
>
  1. Скопируйте с помощью WinScp директорию Ivanov на kodomo. Файлы можно скачать также с помощью WinScp.
 
  1. Зайдите на kodomo через Putty и перейдите в рабочую директорию. 
       cd Ivanov/md
Line: 41 to 42
  grompp -f pr -c dna_si -p dna -o dna_pr -maxwarn 1 mdrun -deffnm dna_pr -v
Changed:
<
<
  1. Переформатируйте dna_pr.gro и dna_si.gro в pdb формат. И сравните визуально в PyMol изменеия в системах. Занесите наблюдения в отчет.
>
>
  1. Переформатируйте dna_pr.gro и dna_si.gro в pdb формат. И сравните визуально в PyMol изменеия в системах. Занесите наблюдения в отчет.
 
  1. Теперь надо скопировать ваши файл на суперкомпьтер. Сначала зайдем на суперкомпьтер и создадим папку с Вашей фамилией и вернемся на kodomo. 
     
   ssh skif

Revision 3r3 - 2012-04-13 - 16:48:51 - AndreyGolovin
Revision 2r2 - 2011-04-27 - 12:24:35 - AndreyGolovin
This site is powered by the TWiki collaboration platformCopyright &? by the contributing authors. All material on this collaboration platform is the property of the contributing authors.
Ideas, requests, problems regarding TWiki? Send feedback
Syndicate this site RSSATOM