Моделирование перехода ДНК из А в В форму

1. Создайте рабочую директорию на диске E: типа Ivanov/md
2. Вам даны файлы:
   • Координаты дуплекса ДНК, dna.pdb.
   • файл праметров для минимизации энергии em.mdp.
   • файл праметров для "утряски" воды pr.mdp pr.mdp .
   • файл праметров для молекулярной динамики md.mdp . скачайте их в рабочую директорию.
3. Скопируйте с помощью WinScp директорию Ivanov на kodomo. Файлы можно скачать также с помощью WinScp.
4. Зайдите на kodomo через Putty и перейдите в рабочую директорию.

      cd Ivanov/md
      

5. Построим файл топологии системы в силовом поле amber99sb и файл с координатами в формате Gromacs.

      pdb2gmx -f dna.pdb -o dna -p dna -ff amber99sb -water tip3p
      

6. Сделаем небольшой отступ в ячейке от ДНК.

    
      editconf -f dna.gro -o dna_ec -d   1.5 
      

7. Проведем оптимизацию геометрии системы, что бы удалить "плохие" контакты в молекуле.

      grompp -f em -c dna_ec -p dna -o dna_em -maxwarn 1
      mdrun -deffnm dna_em -v
      

   Отметье в отчете изменение максимальной силы в ходе оптимизации геометрии. Занесите начальное и конечное значение максимальной силы.
8. Добавим в ячейку молекулы воды.

      genbox -cp dna_em -p dna -cs -o dna_s
      

9. Нейтрализуем заряд системы. Это делаем в два шага: строим tpr и запускаем genion. В выводе grompp обратите внимание на информацию о заряде системы.

      grompp -f em -p dna -c dna_s -o dna_s
      genion -s dna_s -o dna_si -p dna -np X
      

   где Х это количество положительных ионов необходимых для нейтрализации заряда системы.
10. Проведем "утряску" воды:

       grompp -f pr -c dna_si -p dna -o dna_pr -maxwarn 1
       mdrun -deffnm dna_pr -v
       

11. Переформатируйте dna_pr.gro и dna_si.gro в pdb формат. И сравните визуально в PyMol изменеия в системах. Занесите наблюдения в отчет.
12. Теперь надо скопировать ваши файл на суперкомпьтер. Сначала зайдем на суперкомпьтер и создадим папку с Вашей фамилией и вернемся на kodomo.

     
       ssh skif
       mkdir Ivanov
       exit
       

13. Копируем файлы, не забывайте заменить Ivanov на Вашу директорию:

       cd ..
       scp -r md/* skif:Ivanov/
       

14. Запускаем тестовое моделирование на суперкомпьтере.

       ssh skif
       cd Ivanov
       grompp -f md -c dna_pr -p dna -o dna_md -maxwarn 1
       mpirun -np 16 -maxtime 5 -q test /home/golovin/progs/bin/mdrun_mpi -deffnm dna_md -v
       

    Запишите номер Вашей задачи. Просмотреть ход счета можно в файле mdrun_mpi.out-....

       less mdrun_mpi.out-....
       Нажмите shift+. для перехода в конец файла.
       

15. Если в логе нет ошибок запустите основную задачу:

       mpirun -np 16 -maxtime 1200 /home/golovin/progs/bin/mdrun_mpi -deffnm dna_md -v
       

    Ориентировочное время счета 10 часов.

-- AndreyGolovin - 2011-04-07