Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес
оригинального документа
: http://dualopt1.cmm.msu.ru/bin/view/Education/DnaA2b?cover=print.nat
Дата изменения: Unknown Дата индексирования: Fri Feb 28 21:23:39 2014 Кодировка: UTF-8 |
cd Ivanov/md
pdb2gmx -f dna.pdb -o dna -p dna -ff amber99sb -water tip3p
editconf -f dna.gro -o dna_ec -d 1.5
grompp -f em -c dna_ec -p dna -o dna_em -maxwarn 1 mdrun -deffnm dna_em -vОтметье в отчете изменение максимальной силы в ходе оптимизации геометрии. Занесите начальное и конечное значение максимальной силы.
genbox -cp dna_em -p dna -cs -o dna_s
grompp -f em -p dna -c dna_s -o dna_s genion -s dna_s -o dna_si -p dna -np Xгде Х это количество положительных ионов необходимых для нейтрализации заряда системы.
grompp -f pr -c dna_si -p dna -o dna_pr -maxwarn 1 mdrun -deffnm dna_pr -v
ssh skif mkdir nano/Ivanov exit
cd .. scp -r md/* skif:nano/Ivanov/
ssh skif cd nano/Ivanov grompp -f md -c dna_pr -p dna -o dna_md -maxwarn 1 mpirun -np 16 -maxtime 5 -q test /home/golovin/progs/bin/mdrun_mpi -deffnm dna_md -vЗапишите номер Вашей задачи. Просмотреть ход счета можно в файле mdrun_mpi.out-....
less mdrun_mpi.out-.... Нажмите shift+. для перехода в конец файла.
mpirun -np 16 -maxtime 1200 /home/golovin/progs/bin/mdrun_mpi -deffnm dna_md -vОриентировочное время счета 10 часов.