Анализ результатов моделирования поведения пептида в формамиде.

Начните просмотр результатов с изучения файла mdrun_mpi.out...

1. Любой анализ начинают с визуального анализа движений молекул. При вопросе о выводк групп выберите DNA.

      trjconv -f pep_md.xtc -s pep_md.tpr -o pep_pbc_1.pdb -skip 20 -pbc mol
      

   Откройте ваш b_pbc_1.pdb в PyMol , не забудьте включить анимацию. Если Вас не устроил результат визуализации попробуйте:

      trjconv -f pep_md.xtc -s pep_md.tpr -o pep_fit_1.pdb -skip 20 -fit rot+trans
      

   Занесите ваши наблюдения в журнал. Отметье в какой момент происходят изменения. Для опредления соотвествия между номером модели и временем моделирования найдите в pdb файле выражение "MODEL 50" (цифра 50 это и есть номер модели) и двумя строчками выше будет упосинание о времени в моедлировании.
2. Определите средне-квадратичное отколнение в ходе моделирования. Так как у нас происходит конформационный переход сначала расчитаем отклонение в ходе все симуляции относительно стартовой структуры.

      g_rms -f pep_md.xtc -s pep_md.tpr -o rms_1
      

   И относительно каждой предидущей структуры на растоянии 400 кадров. Если ближе к концу закончился конформационный переход, то отколнение должно уменьшаться.

      g_rms -f pep_md.xtc -s pep_md.tpr -o rms_2 -prev 400
      

3. Определите изменение гидрофобной и гидрофильной поверхности в ходе конформационного перехода.

      g_sas -f pep_md.xtc -s pep_md.tpr -o sas_pep.xvg
      

   Постройте зависимость изменения гидрофобной гидрофильной поверхностей доступных растворителю от времени. Сделайте вывод о возможных причинах конформационного перехода.
4. Традиционным анализом является расчет колчества образуемых водородных связей. Если мы будем исследовать связи между пептидом и пептидом, то это будут водородные связи в пептиде. Для конца траектории:

      g_hbond  -f pep_md.xtc -s pep_md.tpr -num hbond_pep
      

   Не менее интересно будет изучить количество вдородных связей пептид-формамид.

      g_hbond  -f pep_md.xtc -s pep_md.tpr -num hbond_pep_sl 
      

   Постройте зависимости и добавтье к отчету. Сделайте вывод об количестве водородных связей в этом дуплексе, соотвествует ли это каноническим представлениям? Как влияет конформационный переход на количество водородных связей с водой?. Cделайте вывод о возможных причинах конформационного перехода.
5. Если у нас происходит разрушение вторичной структуры, то надо построить зависимость вторичной структуры от времени:

      do_dssp  -f pep_md.xtc -s pep_md.tpr -o ss  
      # Для просмотра переведем xpm в eps
      xpm2ps -f ss.xpm -o ss.eps -by 10
      

   Сравните Ваши визуальные наблюдения и расчет вторичной структуры. Наблюдения внесите в отчет.

-- AndreyGolovin - 2011-05-04