Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://dualopt1.cmm.msu.ru/pub/Education/NanoMod/md-1.pdf Дата изменения: Thu May 6 18:36:25 2010 Дата индексирования: Fri Feb 28 20:20:09 2014 Кодировка:

(MD)


.


?
, .

: X-ray, neutron , Imaging/Cryo-EM , pKa,



: · . : , , . : · . · . · , , .





(MD)
.




QM

MD



Fi
K
K
b





K
K
I
b





H

b



























-

-














,

: 1) , b, b0 2) K,0 3) K, 4) qi 5) WdV Aij , Cij

?


,
QM ab initio (DFT B3LYP 631+G*). "" . : 1) , b, b0 -, QM 2) K,0 -, QM 3) K, -, , QM 4) qi , ,QM 5) WdV Aij , Cij ,, QM






-



t




,
Leap-Frog



-H, N-H,O-H 1 . Shake



Shake. LINCS SHAKE



-

, .

.



-

.

.






.. .

: steep, CG, l-bfgs ""


,
pdb2gmx pdb top

pdb2gmx

atp

rtp

hd b

tdb

bon.itp nb.itp

grompp

gro

rtp




- , . 10.









: spce, tip4p, tip5p









?
:
· · ·

:
· · · ·





5 DS-SA

SA-H

5 DS-SA


5-DSA

Ionized

Protonated



3.5

RDF of H2O from N
DPPC/H20 = 1/5,4 DPPC/H20 = 1/11,7

3.5 3.0 2.5
P-H20

RDF of H2O from P
DPPC/H20 = 1/5,4 DPPC/H20 = 1/11,7 DPPC/H20 = 1/15,8 DPPC/H20 = 1/28,5

3.0

2.5

DPPC/H20 = 1/15,8 DPPC/H20 = 1/28,5

N- H2 0

2.0

2.0 1.5 1.0 0.5 0.0 0 7 5 10 15 20 25

g

1.5

1.0

0.5

0.0 0 3.5 5 10 15 20 25

r, A

g

r, A

RDF of H2O from Sn1 C=0
DPPC/H20 = 1/5,4 DPPC/H20 = 1/11,7 DPPC/H20 = 1/15,8 DPPC/H20 = 1/28,5
O-H20

RDF of H2O from Sn2 C=0
DPPC/H20 = 1/5,4 DPPC/H20 = 1/11,7 DPPC/H20 = 1/15,8 DPPC/H20 = 1/28,5

3.0

6

2.5

5

O-H20

2.0

4

g

1.5

g
3 1.0 2 0.5 1 0.0 0 5 10 15 20 25 0 0 5 10 15 20 25

r, A

r, A



· · · · ·




10 .



· ? · ? · ? · ? · ?