Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://dualopt1.cmm.msu.ru/pub/Education/NanoMod2011/l1.pdf Дата изменения: Sat Apr 30 11:50:55 2011 Дата индексирования: Fri Feb 28 20:23:55 2014 Кодировка:

1 ()




(MM)

. . - . , QM.


()
U=

s bond

ki ki Vn 2 2 l i -l 0 i- 0 1 cos n - 2 angles 2 torsions 2
i =1 N

j= i

N

4
1

ij

[

]
ij r ij
12

ij - r ij

6

qi q j 4 0 r

ij







--






. . . -- . -- .




NA

NB

N




U l = D e {1- exp [ - a l -l 0 ] }2


ki U l = l i- l 0 2
2



Csp3-C Csp2-C Csp3-N
sp3 sp2 s p2

L0, A 1.523 1.337 1.208 1.438

K, kcal mol-1A 317 690 777 367

-2

Csp2-O

sp3




ki U = l i -l 02 1 - k' l i - l 0 - k ' ' l i -l 02 - k ' ' ' l i- l 03- k 2

''' '

l i - l 0 4 ....



ki U = i- 0 2

ki i- 0 2 1 - k ' i -0 - k ' ' i - 02- k' ' ' i - 03- k 2

2

U =

''''

i -0 4 ....



U =
t

orsion

s

Vn 1 cos n - 2

--- ( )



V1 V2 V3 U = 1 cos 1 cos2 1 cos3 ... 2 2 2

2 . OPLS 4- .
U = 1 [ F 1 1 cos F 2 1- cos2 F 3 1 cos3 F 4 1- cos4 2

]


«»
1 2

U = V 1 1 -cos U =V 1 -0
2

3

1,2,3. , 1-2-3-4, 1-4-2-3


-
- . : strech-strech, strech-bend, strechtorsion
Kl l 2 2 U l 1 , l 2 = l1- l 1,0 l2 -l 2,0 2 Kl l U l 1 , l 2, = [ l1- l 1,0 2 l2- l 2,0 2] -0 2
12 12



. , , .



, . :
q1 q 2 U q 1 , q 2 = ; U= 4 0 r r ij
N
A

N

B



i=1 j =1

qi q j 4 0 r r

ij



, . : ( )





, - .
N
A

U 1=


i= 1

q1 qi 4 0 r r 1i

N

group



j =1

q1 q j 4 0 r r

1j




: ,

, , , .

q 1 qi U ij = 4 0 r r

1i

[

rf - r r 3j q1 qi 3 rf i 1 - 3 2 rf r r c 4 0 r r c 2 rf

]

r



: , , , , .
N
x

N

y

N

z

U ij =


x =1 y =1 z =1 i =1 i =1

N

N

qi qi 4 0 r r

ij

, .



2- .
U = U dir U U d ir = f / 2 U
r ec re c NN

U
x

0 Ny

N

z

1 1 1 i , j x= y= z =
N

f = V 2

i,j
q
2 i

qi q

i

m
x

erfc r , n qi qi r ij , n 2 exp - m / 2 i m r ir j m2 m n
ij y z

f U 0=


i

N

- ,


vs

Self-assembly with PME

Self-assembly with Cut-off


--
-- : . , QM, . , -:


U

VdW

=4 r

[ ]
12

- r

6


--

- :
6 r = exp [ - r / r m -1 ] - - 6 -6 r m

U

VdW

[

]
6



. :
AB =1 / 2 AA BB AB = AA BB

,


1-4
1-4 , , . AMBER, 1-4 VdW - , 2.




-- , - 10-12:


AC U HB= 10 - 1 r r

2



, :
CD - 4 cosm H 6 dd A C U HB= 10 - 12 cos2 r H..Acc r H..Acc U
B=





[

]

Don- H..Acc

cos4

LP- Acc..H



1000 499500 166167000 . : «" . : С , . . 1.85 D vs 2.6 D --:
V = e [ A0 C6 C8 '6 R R' 8
1- r
'

[

A1 r' -1 A2 r ' - 1 2 A3 r ' -1 3 A4 r ' - 1 4 A5 r ' -1 5] C 10 R ' 10

]



- . , , . :


Ab initio




q(H) q(H) q(H) q(M) q(H) q(H) q(H) q() q() q() q(lp) q(lp)

spc,spce,tip3p

tip4p

ST2,tip5p

rigid body , , .



: ,


q(H)

q(H)

q(H)

q(H)

q()

qi(O)



Ab initio , . NCC :



: , . 1. :



SiO2 - . . :
U=


N

N

N

4

ij

i=1 j =i 1

[

ij r ij

]
12

ij - r ij

6

qi q j 4 0 r

ij


ij

Glassff
U=



N

i=1 j =i 1



D0 e

[

r 1-r ij / r 0

-2 e

r 1-r ij / r 0 2

]

qi q j 4 0 r