Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://dualopt1.cmm.msu.ru/pub/Education/NanoMod2011/l2.pdf Дата изменения: Sat Apr 30 11:51:11 2011 Дата индексирования: Fri Feb 28 20:23:56 2014 Кодировка:

2 ()


...
? ?


, .


.



U=

s bond

ki ki Vn 2 2 l i -l 0 i- 0 1 cos n - 2 angles 2 torsions 2
i =1 N

j= i

N

4
1

ij

[

]
ij r ij
12

ij - r ij

6

qi q j 4 0 r

ij





-



, F= F
i

j

t


ij

2 r

Fi = 2 mi t ri vi F i = vi ; = t t mi
i



, . :

r t t = r t t v t 1 / 2 t 2 a t 1 / 6 t 3 b t .....

:

r t t = r t t v t 1 / 2 t 2 a t r t - t = r t - t v t 1 / 2 t 2 a t


r t t = 2 r t -r t - t t 2 a t


leap-frog
Leap-frog :

1 r t t = r t t v t t 2 1 1 v t t = v t - t t a t 2 2 t : 1 1 1 v t = [ v t t v t - t ] 2 2 2




- , .






, : --




. , - 10-20 .



80000 , Core2Quad : : : : : 24 / 1 5*108 2 . 5*108/24 24000 1000 ~3

(96 ) 25 , 2000 .



-H, N-H,O-H 1 . Shake



Shake.



2 .. 1 -. . Dummies.



- GROMACS

-



-, 5-7 .



.

V

NV T

-

3 = Nk b T 2

, .

dT 1 = T i- T dt

ref

dt T =1 T
2

ref i

-1




dP 1 = P i - P ref dt

-
db -1 -1 =VW b ' P i- P ref dt b V W ,






.. .

: steep, CG, l-bfgs ""







10 , .











.

25