Фомен­ко Ана­то­лий Тимо­фе­е­вич ро­ди­лся 13 марта 1945 года в Донец­ке.

В 1967 году окон­чил ме­ха­ни­ко-ма­те­ма­ти­чес­кий фа­куль­тет МГУ по ка­фед­ре Диф­фе­рен­ци­аль­ной гео­мет­рии (тема дип­лом­ной ра­боты: «Кого­мо­ло­гии од­но­род­ных про­странств». В 1969 году окон­чил ас­пи­ран­ту­ру этого фа­куль­те­та по ка­фед­ре Диф­фе­рен­ци­аль­ной гео­мет­рии. В 1969 году за­щи­тил кан­ди­дат­скую дис­сер­та­цию (тема: «Клас­си­фи­ка­ция вполне гео­де­зи­чес­ких мно­го­об­ра­зий, реа­ли­зу­ю­щих нетри­ви­аль­ные цик­лы в ри­ма­но­вых од­но­род­ных про­странст­вах»), а в 1972 году — док­тор­скую дис­сер­та­цию (тема: «Реше­ние мно­го­мер­ной проб­ле­мы Плато в ри­ма­но­вых мно­го­об­ра­зи­ях»).

С 1969 года ра­бо­та­ет на меха­ни­ко-ма­те­ма­ти­чес­ком фа­куль­те­те МГУ: снача­ла ас­сис­тен­том, затем, с 1974 года, — стар­шим на­уч­ным со­труд­ни­ком, с 1980 года — в долж­но­сти про­фес­со­ра, а с 1992 года — в долж­но­сти заве­ду­ю­ще­го ка­фед­рой Диф­фе­рен­ци­аль­ной гео­мет­рии и при­ло­же­ний.

А.Т.Фоменко яв­ля­ет­ся ав­то­ром бо­лее чем 190 науч­ных ста­тей, опуб­ли­ко­ван­ных в цент­раль­ной ма­те­ма­ти­чес­кой и на­уч­ной пе­ча­ти, авто­ром 25 монографий и 8 учебников (и учебных пособий) по ма­те­ма­ти­ке. Все его книги пе­ре­ве­де­ны на мно­гие ино­стран­ные языки (англий­ский, япон­ский, фран­цуз­ский, испан­ский, италь­ян­ский, серб­ский) круп­ней­ши­ми за­ру­беж­ны­ми из­да­тель­ства­ми США, Англии, Герма­нии, Японии.

Под науч­ным ру­ко­водст­вом А.Т.Фоменко за­щи­ще­но около 20 кан­ди­дат­ских и 9 док­тор­ских дис­сер­та­ций.

Работы А.Т.Фоменко по­лу­чи­ли ши­ро­кое меж­ду­на­род­ное при­зна­ние. Он — со­зда­тель из­вест­ной науч­ной школы, раз­ра­ба­ты­ва­ю­щей новые мето­ды ка­чест­вен­но­го то­по­ло­ги­чес­ко­го ана­ли­за ди­на­ми­чес­ких сис­тем в гео­мет­рии, фи­зи­ке, меха­нике.

А.Т.Фоменко мно­го­крат­но по­лу­чал при­гла­ше­ния ве­ду­щих за­ру­беж­ных ма­те­ма­ти­чес­ких цент­ров для чте­ния лек­ций и ор­га­ни­за­ции науч­ных ис­сле­до­ва­ний в воз­глав­ля­е­мом им на­прав­лении.

А.Т.Фоменко яв­ля­ет­ся лау­ре­а­том пре­мии Мос­ков­ско­го ма­те­ма­ти­чес­ко­го об­щест­ва (1974 г.), премии по ма­те­ма­ти­ке Прези­ди­ума АН СССР (1987 г.), лау­ре­а­том Госу­дар­ствен­ной Премии (в облас­ти ма­те­ма­тики) Рос­сийс­кой Феде­ра­ции (1996 г.).

А.Т.Фоменко был избран в 1991 году дейст­ви­тель­ным членом Рос­сийс­кой Акаде­мии Естест­вен­ных Наук (РАЕН), в 1993 году был избран дейст­ви­тель­ным членом Акаде­мии Наук Высшей Школы, в 1994 году был избран дейст­ви­тель­ным членом (акаде­миком) РАН.

А.Т.Фоменко активно участ­ву­ет в общест­вен­ной и орга­ни­за­ци­он­ной ра­боте. Он явля­ет­ся за­мес­ти­те­лем глав­ного редак­то­ра жур­нала «Вестник МГУ» (серии Мате­ма­тика), членом ред­кол­ле­гии жур­нала «Мате­ма­ти­чес­кий cборник», членом Уче­ного Сове­та меха­нико-мате­ма­ти­чес­кого факуль­тета МГУ, членом Уче­ного Совета МГУ, членом Уче­ного Совета МИРАН имени В.А.Стеклова, заве­ду­ю­щим отде­ле­ни­ем ма­те­ма­ти­ки меха­нико-мате­ма­ти­чес­кого факуль­тета МГУ, в раз­ные годы был членом Прези­ди­у­ма ВАК Рос­сийс­кой Феде­ра­ции, замес­ти­те­лем акаде­мика-секре­таря отде­ле­ния ма­те­ма­тики РАН.