Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/FBB/year_04/doc/term2/term2_credit.doc Дата изменения: Mon May 23 16:57:42 2005 Дата индексирования: Sat Dec 22 07:22:53 2007 Кодировка: koi8-r

Правила получения зачета за второй семестр

Вы получаете зачет, если
1) сданы и приняты отчеты за все 3 блока семестра;
2) на зачетном занятии Вы демонстрируете знание аминокислот и успешно
выполняете практическое упражнение, подробнее ниже.

Внимание! Вы имеете возможность заработать бонус до 10 баллов, если успешно
ответите на один из теоретических вопросов, список вопросов см. ниже.

Зачетное занятие будет проводиться в следующем порядке:
1) 20 мая, 15.30-18.00, приоритет у группы П3;
2) 25 мая приглашаются все еще не сдавшие, преподаватели будут в
компьютерном классе с 10.30.


____________________

Упражнения зачетного занятия

1. Упражнение «Аминокислота Х»

Дано одно из названий одной из 20 канонических аминокислот (например, "W"
или "Pro" или «глутаминовая кислота» или «tyrosine»).
Задание: а) привести все остальные названия (одно-, трехбуквенное, полное
русское и английское),

б) нарисовать графическую формулу,

в) нарисовать L- и D-изомеры,

г) на качественном уровне описать свойства. бокового радикала,
следующие из нарисованной графической формулы: размеры, наличие
разветвленного углеводородного остова, гидрофобность, полярность,
наличие ароматического ядра или заряженных групп.

Примечание: не надо вызубривать численные характеристики, ответ типа
«боковой радикал имеет объем 100е3» или «гидрофобность = -1,7» не
требуется, существенно больше будет цениться Ваше умение построить рассказ
в виде рассуждения типа «здесь боковой радикал представлен одной метильной
группой, поэтому его можно отнести к маленьким по размерам; метильная
группа не полярна, поэтому радикал гидрофобен, но такая группа только одна,
поэтому это не самый гидрофобный радикал» и т.п..

2. Упражнение «Задача»

Вам будет предложено выполнить простое упражнение, для успешного выполнения
которого необходимо следующее
а) знание пройденного материала;
б) умение работать с программами Excеl, Rasmol, Genedoc, SRS, Blastp, PSI-
Blast, а также с программами пакета EMBOSS - emma, needle, water, matcher;
в) навыки использования команд операционной системы UNIX;
г) умение ориентироваться в базах данных UniProt, Pfam, PROSITE, InterPro.

Примерные типы задач



Задача 1

Написать и выполнить запрос к SRS, находящий все ., кроме фрагментов, из
таксона . в банке Swiss-Prot. Сохранить на диск файл с последовательностями
в Fasta-формате.


Задача 2

С помощью SRS получите файл с последовательностями всех белков из Swiss-
Prot, чьи структуры описаны в PDB-файлах .


Задача 3

В банке Pfam найдите ID домена ".". С помощью SRS получите файл с
последовательностями всех белков, описанных в Swiss-Prot как содержащие
данный домен


Задача 4

Даны 2 аминокислотные последовательности. Постройте график зависимости веса
наилучшего локального выравнивания от (номера матрицы BLOSUM, значения
штрафа за гэп, значения штрафа за удлинение гэпа).


Задача 5

Даны 2 аминокислотные последовательности. Постройте график зависимости
длины наилучшего локального выравнивания от (номера матрицы BLOSUM,
значения штрафа за гэп, значения штрафа за удлинение гэпа).


Задача 6

Даны 2 аминокислотные последовательности. Постройте график зависимости
процента совпадений в наилучшем глобальном выравнивании от (номера матрицы
BLOSUM, значения штрафа за гэп, значения штрафа за удлинение гэпа).


Задача 7

Дана аминокислотная последовательность. Найдите её ближайшего родственника
среди описанных в Swiss-Prot белков Bacillus subtilis. Получите наилучшие
локальное и глобальное выравнивания этих двух последовательностей при
значениях параметров: штраф за гэп 12, штраф за удлинение гэпа 3, матрица -
BLOSUM62.


Задача 8

Дана аминокислотная последовательность. Посредством BLASTP получите список
её предполагаемых гомологов (порог E-value = 0,1) из банка Swiss-Prot.
Сохраните файл с последовательностями находок на диск.


Задача 9

Дана аминокислотная последовательность. Посредством PSI-BLAST получите
список её предполагаемых гомологов из банка Swiss-Prot. Сохраните на диск
список.


Задача 10

Дано множественное выравнивание. Составьте по нему паттерн и определите
число белков в Swiss-Prot, содержащих этот паттерн.


Задача 11

Дан набор последовательностей в Fasta-формате. Постройте множественное
выравнивание. Используя GeneDoc, найдите в выравнивании консервативный
участок; выпишите границы этого участка в каждой из последовательностей
выравнивания.


Задача 12

Дано множественное выравнивание. Реконструируйте эволюцию семейства методом
Neighbor-joining.