Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/FBB/year_04/doc/RasMol_help.doc Дата изменения: Mon Oct 18 19:17:13 2004 Дата индексирования: Tue Oct 2 17:36:15 2012 Кодировка: koi8-r

RasMol

ПРИНЦИП: любая команда относится только к множеству выделенных атомов!

Табл.1. Основные команды

|Команда |Эффект |Комментарии |
| |Память |Графическое окно | |
| |компьютера | | |
| |цвет |выделение|рисует |стирает |цвет | |
|А. Выделение |
|select |- |+ |- |- |- | |
|<множество> | | | | | | |
|restrict |- |+ |- |+ |- | |
|<множество> | | | | | | |
|Б. Рисование |
|backbone <число> |- |- |+ |- |- |остовная |
| | | | | | |модель |
|wireframe <число> |- |- |+ |- |- |проволочная |
| | | | | | |модель |
|cpk |- |- |+ |- |- |шариковая |
|<число> | | | | | |модель |
|spacefill |- |- |+ |- |- |натуральная |
| | | | | | |модель |
|В. Ластики |
|backbone off |- |- |- |+ |- | |
|wireframe off |- |- |- |+ |- | |
|cpk off|- |- |- |+ |- |стирает и |
| | | | | | |spacefill |
|Г. Изменение цвета |
|color <цвет> |+ |- |- |- |+ | |
|color <цвет по |+ |- |- |- |+ | |
|RGB> | | | | | | |
| | | | | | | |
| | | | | | | |


"+" - изменение; "-" - нет изменения

Примеры.
А. restrict none
select protein
select protein and oxygen
select protein or oxygen
select protein, oxygen
select within(3.5, protein) and water

restrict within(3.5, protein) and water


Б. backbone 100
backbone 10
wireframe 70
cpk 300

Важные команды, не вошедшие в таблицу


define <имя> <множество> -- определяет имя множества


Пример.
define importantAAs 124:A, 178:A, 235:A, 240:A
select importantAA
wireframe 120

save pdb <имя файла> -- сохраняет список выделенных атомов в формате
PDB
Пример.
select within(3.5, 124:A) and water
save pdb waters_hbonded_to_aa_124A.pdb

script <имя файла> -- исполняются команды, написанные в указанном
текстовом файле


Множества


Пример имени (ID) одного атома:
ser219:P.ca -- C? атом серина 219 из цепочки P

*P -- все атомы цепочки P
:P -- все атомы цепочки P
ser* -- все атомы всех серинов всех белков
*.ca -- все C? атомы из всех остатков всех белков
*P.c?? -- все углероды (атомы с именами, начинающимися с "C": C, C?,C?
и др.) цепочки P

Предопределенные множества
none, all, selected
protein, dna, rna, backbone
oxygen, nitrogen, carbon, iron, ....

Операции над множествами
AND, OR, NOT, WITHIN(...)
Операция OR может быть записана ","
Пример.
select protein or dna
select protein, dna
select within(3.5, protein)
select within(3.5, protein) and water
select not (protein, water)