Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/FBB/year_04/s3_2004.html
Дата изменения: Tue Feb 21 12:52:46 2006
Дата индексирования: Tue Oct 2 07:23:16 2012
Кодировка: Windows-1251
Bioinformatics semester 3
 

 

 

 

 

 

   
   
   
2002
   
   
   
   
   
   
   
   
   
   
   
   
   
   

 

 
 
 


Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2004

Cеместр 3: Нуклеиновые кислоты

Результаты третьего семестра, итоговые рейтинги

Блок 1. Структура нуклеиновых кислот
  1.  (6 сентября 2005)
   

Химическая структура НК (АВГ)
Студенты знакомятся с химической структурой НК, а также делают попытку предсказать водородные связи, образуемые основаниями в ДНК.
[задания] [материалы] [презентация]

 

  2.  (13 сентября 2005)
   

Пространcтвенная структура ДНК (АВГ)
Студенты изучают структуру ДНК, сравнивают А и В формы ДНК и находят различия. Знакомство с пакетом 3DNA.
[задания] [материалы] [презентация]

 

  3.  (20 сентября 2005)
   

Пространственная структура РНК (АВГ)
Студенты определяют вторичную структуру РНК разными способами.
[задания] [материалы] [презентация]

 

  4.  (27 сентября 2005)
   

Зачетное задание
[задание]   [результаты]

 

Блок 2. Работа с последовательностями нуклеиновых кислот
  5.  (4 октября 2005)
   

Работа в командной строке (САС)
Студенты знакомятся с принципами работы интерпретатора командной строки "bash".
[задания] [материалы]

 

  6.  (11 октября 2005)
   

Банк EMBL (САС)
Студенты учатся работать с архивным банком нуклеотидных последовательностей.
[задания] [материалы]

 

  7.  (18 октября 2005)
   

Пакет BLAST (САС)
Преподаватели рассказывают о программах пакета BLAST. Студенты учатся работать с этими программами из командной строки.
[задания] [материалы]

 

  8.  (25 октября 2005)
   

Пакет Fasta. Программа MEGABLAST (САС)
Продолжение рассказа о популярных программах поиска в банках по последовательности.
[задания] [материалы]

 

  9.  (1 ноября 2005)
   

Пакет EMBOSS (САС)
Преподаватели рассказывают об основных принципах организации пакета биоинформатических программ, а также о некоторых полезных приемах работы в командной строке. Студенты, пользуясь полученными знаниями, аннотируют транслируемые участки во фрагменте бактериального генома.
[задания] [материалы] [форма отчета за блок 2]

 

Блок 3. Филогенетические деревья
  10.  (8 ноября 2005)
   

Элементарные эволюционные события (АБР)
Cтуденты создают выборки гомологичных белков и их генов, детально описывают различия в генах ближайщих гомологов, а также пытаются исследовать, как изменения в генах сказываются на изменениях в аминокислотных последовательностях.
[задания] [материалы]

 

  11.  (15 ноября 2005)
   

Моделирование эволюции гена (АБР)
Преподаватели рассказывают о способах изображения и описания филогенетических деревьев. Студенты разбирают данные им скобочные структуры, рисуют деревья и получают наборы нуклеотидных последовательностей, эволюционировавших в соответствии с полученными деревьями.
[задания] [материалы] [скобочные формулы]

 

  12.  (22 ноября 2005)
   

Эволюционные расстояния между последовательностями (АБР)
Преподаватели рассказывают о разных способах оценки эволюционных расстояний между последовательностями. Студенты оценивают разными способами попарные расстояния между последовательностями в своих моделях эволюции и сравнивают полученные расстояния с числом мутаций, заложенным в моделях.
[задания] [материалы]

 

  13.  (29 ноября 2005)
   

Реконструкция филогенетического дерева с помощью 4-х разных методов (АБР)
Студенты разными способами реконструируют филогенетические деревья своих эволюционных моделей, а затем сравнивают полученные реконструкции с "истинными" деревьями.
[задания]

Срок сдачи отчета по практикумам 10–13: вторник 6 декабря, 20 ч. 30 мин. Формат отчета
 

  14.  (5 декабря 2005 г., понедельник, 10:55, ауд. 406)
    Лекция по методам реконструкции филогении.
[презентация]
 
  15.  (13 декабря 2005)
   

Бутстреп-анализ филогении. Работа с интерактивной версией пакета PHYLIP (САС)
[задания]