| |
|
Cеместр II. Работа с последовательностями белков
|
| |
|
Объекты, с которыми надлежит ознакомится:
банки данных UniProt и Medline (PibMed);
парное и множественное выравнивание последовательностей.
Инструменты (компьютерные программы), которые предстоит изучить:
поиск в банках данных (SRS, Entrez-PubMed);
работа в командной строке Linux (пакет EMBOSS);
автоматическое парное выравнивание последовательностей
белков (needle, water); поиск по сходству последовательностей
(BLAST); автоматическое множественное выравнивание (Muscle);
работа с имеющимся множественным выравниванием (GeneDoc).
Белки, выданные студентам
|
|
|
|
Блок 1: банки данных.
|
|
|
|
1.
|
Интерпертатор командной строки bash
|
|
10 и 12 февраля 2010, А.В. Головин, Р.В. Решетников
|
|
[задания]
|
|
|
2.
|
SRS
|
|
17 и 19 февраля 2009, А.В. Головин, Р.В. Решетников
|
|
[задания]
[доп. задания]
[указания]
[презентация]
|
|
|
3.
|
PubMed
|
|
24 и 26 февраля, А.В. Головин, Р.В. Решетников
|
|
[задания]
[доп. задания]
|
|
|
|
Блок 2: выравнивание последовательностей белков
|
|
|
4.
|
Мутации в кодирующей последовательности и их результат
|
|
5 и 10 марта 2010, А.В. Алексеевский, Б.А.Бурков
|
|
[задания]
[указания]
[презентация]
[ВАЖНО!]
[скрипт degap_and_translate.py]
|
|
|
5.
|
Мутации и отбор. Проверка выравнивания по структурным данным
|
|
12 и 17 марта 2010, А.В. Алексеевский, Б.А.Бурков
|
|
[задания]
[указания]
[презентация]
|
|
|
6.
|
Алгоритм выравнивания последовательностей
|
|
19 и 24 марта 2010, Б.А.Бурков, А.В. Алексеевский
|
|
[задания]
[указания]
[презентация]
|
|
|
7.
|
BLAST: поиск по сходству
|
|
26 и 31 марта 2010, А.В. Алексеевский, Б.А.Бурков
|
|
[задания]
[указания]
|
|
|
8.
|
Контрольная работа по блоку
|
|
2 и 7 апреля 2010, А.В. Алексеевский, Б.А.Бурков
|
|
[примерное задание]
|
|
|
|
Блок 3: множественное выравнивание
|
|
|
9.
|
Множественное выравнивание
|
|
9 и 14 апреля 2010, С.А.Спирин
|
|
[задания]
[указания]
[презентация]
|
|
|
10.
|
Паттерны и банк Prosite
|
|
16 и 21 апреля 2010, С.А.Спирин
|
|
[задания]
[указания]
|
|
|
11.
|
PSI-BLAST
|
|
23 и 28 апреля 2010, С.А.Спирин
|
|
[задания]
[указания]
|
|
|
12.
|
Эволюционные домены. БД Pfam, InterPro.
|
|
30 апреля и 5 мая, А.Б.Рахманинова
|
|
[задания]
[презентация]
|
|
|
13.
|
Поиск мотивов: программа MEME.
|
|
12 и 14 мая, С.А.Спирин
|
|
[задания]
|