Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/FBB/year_03/doc/task_3.doc Дата изменения: Wed Mar 3 23:00:20 2004 Дата индексирования: Tue Oct 2 16:11:29 2012 Кодировка: koi8-r

Материалы к занятию 3

Excel и Word внешне похожи

Задания

1. Откройте Excel и создайте новую книгу.
Записи в эту книгу Вы будете делать до декабря, поэтому отнеситесь к ней
серьезно и спасите под именем my_protein.xls, где my_protein -
имя Вашего белка. На данном этапе в книге должно быть минимум 3 листа
(если не хватает, можно вставить, кнопка «Вставка»). Переименуйте листы
(подвести курсор к списку листов и щелкнуть правой кнопкой мыши)
следующим образом:
первый лист назовите «Свойства аминокислот» или "Amino Acid Properties";

второй - «Молекулярная масса» ("Mass"),
третий - «Аминокислотный состав» ("Amino Acid Composition")
2. На первом листе наберите таблицу разных названий аминокислот, выданную
Вам на прошлом занятии.
Что-то вроде:
|Русское |Английское |3-х буквенное |Однобуквенное |
|название |название |обозначение |обозначение |
|Аланин |... | | |


....
3. Дополните получившуюся таблицу первыми данными о свойствах аминокислот.
Откройте с помощью Excel текстовой файл AA_MW.txt, в нем - молекулярные
массы аминокислот. Если то, что Вы видите на экране, не похоже на
таблицу, зовите на помощь.
Скопируйте оба столбца и добавьте к таблице на листе 1.
Скорее всего, порядок перечисления аминокислот в старой и добавленной
части не совпадет. Поэтому придется сортировать обе части таблицы по
столбцам, где указаны английские названия . Функцию сортировки можно
найти, нажав кнопку «Данные». Обратите внимание на следующее
а) каждую часть таблицы придется сортировать отдельно;
в) при сортировке имеет смысл выделять всю нужную область, кроме названий
столбцов;
с) сортировать обе части таблицы надо одинаково, либо по убыванию,
либо по возрастанию.
После этого, возможно, придется еще привести таблицу в порядок: добиться
совпадения строк, убрать второй столбец с английскими названиями...
Сохраните книгу.
А затем по такому же алгоритму добавьте столбец «Объем бокового
радикала», исходные
данные приведены в файле AA_VdW.txt.

4. Вычислите молекулярный вес Вашего белка.
Скопируйте на лист «Молекулярная масса» 2 столбца таблицы «Свойства
аминокислот» - столбец с однобуквенными обозначениями и столбец с
молекулярными массами. В 3-ем (новом) столбце напечатайте количества
аминокислотных остатков в Вашем белке (это Вы записывали в тетрадь на
занятии 2). А, если Вы освоили FAR, можно попробовать скопировать эти
числа из файла *.aaf.
Теперь, используя Excel как изощренный калькулятор, подсчитайте суммарную
молекулярную массу для первой аминокислоты.
Пример:
| |A |B |C |D |
|1|Name |Mass|Number| |
|2|A |89 |23 |=B2*C2 |
|3| | | | |


Затем скопируйте ячейку D2 и вставьте ее в D3, D4, D5...Если результат
представляется Вам разумным, используйте кнопку «Автосумма» («(») для
вычисления суммарной массы всех аминокислот в Вашем белке.
Но молекула белка - это не куча аминокислот (подсказку см. в тетради)!
Результат запишите на этом листе и сохраните книгу.
Не забудьте указать, в каких единицах выражается молекулярная масса
Вашего белка.


5. Определите аминокислотный состав Вашего белка.
Аминокислотным составом белка называют содержание разных аминокислотных
остатков в % или в долях от общего числа остатков. В итоге на листе
«Аминокислотный состав» должно получиться что-то вроде:

| |A |B |C |
|1|Аминокисло|Число|Частота (в |
| |та | |долях) |
|2|A |23 |0.08 |
|3|. |. |. |

6. Сравните аминокислотный состав Вашего белка со средним аминокислотным
составом
белков Escherichia coli и с аминокислотным составом бактериальных
транспортных
белков класса ТС.2А

Иногда по аминокислотному составу белка можно судить о том, является ли
этот
белок трансмембранным или цитоплазматическим, к какому структурному
классу относится и
т.д. Для этого аминокислотный состав белка сравнивают со средним
аминокислотным составом разных групп белков. Попробуем вычислить
коэффициенты корреляции между аминокислотным составом Вашего белка и
аминокислотными составами 2-х выборок белков.
Что такое коэффициент корреляции, Вам объяснят на занятиях по теории
вероятности.
Пока поверьте, что, чем больше коэффициент корреляции между 2-мя
массивами чисел, тем больше сходство между массивами. Если коэффициент
корреляции равен 1, то массивы устроены по одному и тому же правилу, если
равен -1, то - по прямо противоположным правилам, а, если равен 0, то
массивы устроены по разным правилам.

1. Создайте таблицу, описывающую аминокислотный состав Вашего белка,
средний
аминокислотный состав белков Escherichia coli и средний
аминокислотный состав
бактериальных трансмембранных белков класса ТС.2А. Необходимые
данные Вы найдете в
файлах Р:\ AA_F.ecoli и Р:\ AA_F.tm.
Проверьте таблицу, каждая строчка должна соответствовать одной
конкретной
аминокислоте!
2. Выберите пустую ячейку и вызовите мастера функций (кнопка "fx"). В
разделе
«Статистические функции» найдите функцию вычисления коэффициента
корреляции.
Определите коэффициент корреляции аминокислотного состава Вашего
белка со средним
аминокислотным составом всех белков Escherichia coli, а затем со
средним аминокислотным
составом трансмембранных бактериальных белков.
3. Сравните полученные результаты и опишите Ваши выводы на этом же листе.
4. Сохраните книгу.