Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/FBB/StudentScience/themes_2006/Muronets.doc Дата изменения: Mon Dec 12 17:49:51 2005 Дата индексирования: Sat Dec 22 07:08:56 2007 Кодировка: koi8-r

Темы курсовой работы по бииоинформатике (для студентов 1-3 курсов),
которая может быть выполнена в отделе биохимии животной клетки НИИ Физико-
химической биологии им. А.Н.Белозерского МГУ

(зав. отделом профессор Владимир Израилевич Муронец).
Тема курсовой работы
Выявление белков, содержащих фрагменты, сходные с аминокислотной
последовательностью глицеральдегид-3-фосфатдегидрогеназы (ГАФД)
(руководитель В.И. Муронец). Известно, что некоторые антитела на ГАФД
взаимодействуют с другими белками. Задача работы: выявить те белки,
которые содержат эпитопы, характерные для ГАФД (как при прямом, так и при
обратном прочтении ее последовательности). Цель работы - разработать
адекватные методы выявления эпитопов и выяснить причины взаимодействия
моноклональных антител с белками, которые при обычных методах анализа
гомологий не содержат эпитопов. После проведения подготовительной
теоретической работы возможна проверка этих предположений в эксперименте.
Работа поддержана грантами РФФИ (2004-2006 и 2005-2007), грантом НАТО (2004-
2006 год) и грантом ИНТАС (2004-2006 год). Возможно последующее выполнение
дипломной работы,
Публикации группы проф. В.И. Муронца.
1. Shalova I.N. , Asryants R.A., Sholukh M.V., Saso L., Kurganov B.I.,
Muronetz V.I., Izumrudov V.A. Interaction of Polyanions with Basic
Proteins, 2 Influence of Complexing Polyanions on the
Thermoaggregation of Oligomeric Enzymes Macromol. Biosci. 2005, 5,
1184-1192
2. Rahuel-Clermont S, Arutyunov D, Marchal S, Orlov V, Muronetz V,
Branlant G. Thermal destabilization of non-phosphorylating
glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase from Streptococcus mutans
upon phosphate binding in the active site. J Biol Chem. 2005;
280(19):18590-18597.
3. Polyakova OV, Roitel O, Asryants RA, Poliakov AA, Branlant G,
Muronetz VI. Misfolded forms of glyceraldehyde-3-phosphate
dehydrogenase interact with GroEL and inhibit chaperonin-assisted
folding of the wild-type enzyme. Protein Sci. 2005;14(4):921-928.
4. Arutyunova EI, Arutyunov DY, Pleten' AP, Nagradova NK, Muronetz VI.
Antibodies specific to modified glyceraldehyde-3-phosphate
dehydrogenase induce inactivation of the native enzyme and change its
conformation. Biochim Biophys Acta. 2004 Jul 1;1700(1):35-41.
5. Schmalhausen, E.V., Pleten', A.P., Muronetz, V.I. Ascorbate-induced
oxidation of glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase. Biochem.
Biophys. Res. Commun. 2003, 308(3), 492-496.
6. Arutyunova, E.I., Danshina, P.V., Domnina, L.V., Pleten', A.P.,
Muronetz, V.I. Oxidation of glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
enhances its binding to nucleic acids. Biochem. Biophys. Res. Commun.
2003, 307(3), 547-552.
7. . Muronetz, V.I., Korpela, T. Isolation of antigens and antibodies by
affinity chromatography. J. Chromatogr. B. Analyt. Technol. Biomed.
Life Sci. 2003, 790(1-2), 53-66 (Review).
8. Pushkin, A., Abuladze, N., Newman, D., Muronets, V., Sassani, P.,
Tatischev, S., Kurtz, I. The C-termini of NBC3 and the 56 kDa subunit
of the vacuolar proton pump are PDZ motifs involved in their
interaction. Am. J. Physiol. Cell Physiol. 2003, 284(3), C667-673.
9. Ivinova, O.N., Izumrudov, V.A., Muronetz, V.I., Galaev, I.Y., and
Mattiasson, B. Influence of Complexing Polyanions on the
Thermostability of Basic Proteins, Macromolecular Bioscience, 2003, 3,
210-215.
10. Arutyunov, D.Y., Muronetz, V.I. The activation of glycolysis performed
by the non-phosphorylating glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase in
the model system. Biochem.Biophys.Res.Comm. 2003, 300(1), 149 - 154.
11. Roitel, O., Ivinova, O., Muronetz, V., Nagradova, N., Branlant, G.
Thermal unfolding used as a probe to characterize the intra- and
intersubunit stabilizing interactions in phosphorylating D-
glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase from Bacillus
stearothermophilus. Biochemistry. 2002, 41(24), 7556-7564.
12. Danshina, P.V., Schmalhausen, E.V., Avetisyan, A.V., Muronetz, V.I.
Mildly oxidized glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase as a possible
regulator of glycolysis. IUBMB Life. 2001, 51(5), 309-314.
13. Muronetz, V.I., Sholukh, M., Korpela, T. Use of protein-protein
interactions in affinity chromatography. J Biochem. Biophys. Methods.
2001, 49(1-3),29-47. Review.
14. Iazykova, M. Iu., Muronets, V.I. Coimmobilization of lactate
dehydrogenase and low molecular weight thiols on sepharose. Prikl.
Biokhim. Mikrobiol. 2001, 37(2), 197-201.
15. Kazakov, S.V., Muronetz, V.I., Dainiak, M.B., Izumrudov, V.A., Galaev,
I.Yu, Mattiasson, B. Light scattering study of the antibody-
poly(methacrylic acid) and antibody-poly(acrylic acid) conjugates in
aqueous solutions. Macromolecular Bioscience. 2001, 1, 157-163.
16. Muronetz, V.I., Kazakov, S.V., Dainiak, M.B., Izumrudov, V.A., Galaev,
I.Y., Mattiasson, B. Interaction of antibodies and antigens conjugated
with synthetic polyanions: on the way of creating an artificial
chaperone. Biochim.Biophys.Acta. 2000, 1475(2),141-150.
17. Фокина К.В., Языкова М.Ю., Даньшина П.В., Шмальгаузен Е.В., Муронец
В.И. Участие глицеральдегид-3-фосфатдегидрогеназы в регуляции
образования 2,3-дифосфоглицерата в эритроцитах. Биохимия, 2000, 65: 83-
88.
18. Языкова М.Ю., Петухов С.П., Муронец В.И. Фосфорилирование
лактатдегидрогеназы протеинкиназами. Биохимия, 2000, 65: 1409-1414.
19. Языкова М.Ю., Муронец В.И. Совместная иммобилизация
лактатдегидрогеназы и низкомолекулярных тиолов на сефарозе. Прикладная
биохимия и микробиология, 2001, 37: 197-20
20. Dainiak, M.B., Muronetz, V.I., Izumrudov, V.A., Galaev, I.Y.,
Mattiasson, B. Production of Fab fragments of monoclonal antibodies
using polyelectrolyte complexes. Anal. Biochem. 2000, 277(1), 58-66.