| | |
1.Знакомство с терминологией GO
Описание функции белка CDD_ECOLI в соответствии с GO-аннотацией
| |
Онтология GO (название словаря) |
Количество разных ассоциированных терминов GO |
Функция белка
(краткое описание, близкое к тексту определения термина(ов) GO |
| Где? |
Cellular Component |
1 |
Цитозоль.Часть клетки,не содержащая клеточных органелл,но содержащая,например,белковые комплексы. |
| Зачем, для чего? |
Biological Process |
3 |
Участие в процессе метаболизма цитидина.Т.е. в химической реакции цитидина,цитозинового рибозида,и других нуклеозидов. |
| Молекулярный механизм? |
Molecular Function |
6 |
Цитидиновая деаминазная активность.Катализ реакции
цитидин + H2O = уридин + NH3
|
| Специфичность? |
Molecular Function |
6 |
Cвязыванием ионов цинка.Селективное и нековалентное взаимодействие с ионами цинка |
Описание терминов GO
| GO ID выбранного термина |
Список синонимов |
Список ближайших родительских терминов GO с указанием типа связи |
Список ближайших дочерних терминов GO с указанием типа связи |
GO:0005829
Словарь Cellular Component |
не нашлось |
Список родительских терминов:
GO:0044444 : cytoplasmic part.Часть цитоплазмы.Связь GO:0005829 is a GO:0044444,т.е.ее частный случай
GO:0005737 : cytoplasm.Цитоплазма.Связь GO:0044444 part of GO:0005737,т.е. ее часть
GO:0044424 : intracellular part.Внутриклеточная среда.Cвязь GO:0005737 is a GO:0044424,т.е. ее частный случай
Граф c родительскими терминами |
GO:0044445 cytosolic part.Часть цитозоли.Связь GO:0044445 part of GO:0005829.Т.е. ее часть. |
| GO:0004126 |
cytidine aminohydrolase activity
cytosine nucleoside deaminase activity |
Список родительских терминов:
GO:0019239 : deaminase activity.Деаминазная активность.Связь GO:0004126 is a GO:0019239,т.е.ее частный случай
GO:0003824 : catalytic activity.Каталитическая активность.Связь GO:0019239 is a GO:0003824,т.е. ее частный случай
GO:0003674 : molecular_function.Функции.Связь GO:0003824 is a GO:0003674,т.е.ее частный случай
Графс родительскими терминами. |
не нашлось
|
| GO:0046087 |
cytidine metabolism |
Список родительских терминов
GO:0046131 : pyrimidine ribonucleoside metabolic process.Процесс метаболизма пиримидиновых рибонуклеозидов.Связь GO:0046087 is a GO:0046131,т.е.ее частный случай.
GO:0006213 : pyrimidine nucleoside metabolic process.Процесс метаболизма пиримидиновых нуклеозидов.Связь GO:0046131 is a GO:0006213,т.е.е частный случай.
GO:0009116 : nucleoside metabolic process.Процесс метаболизма нуклеозидов.Связь GO:0006213 is a GO:0009116 ,т.е.ее частный случай.
Граф c родительским деревом |
Список дочерних терминов:
GO:0051747 DNA demethylase activity.ДНК демиталазная активность.Связь GO:0051747 is a GO:0016787 ,т.е.ее частный случай.
GO:0008233 peptidase activity.Пептидазная активность.Cвязь GO:0008233 is a GO:0051747,т.е.ее частный случай |
Оценка качества функциональной аннотации белков в UniProt
Русское название:корова
Английское название:cow
Латинское название:Bos taurus
Ранг таксона:вид
NCBI_TaxID:9913
В базе данных SRS поле ProteinExist может принимать одно из следующих значений:
1:evidence at protein level(существование белка доказано экспериментально)
2:evidence at transcript level(существование белка предположили из-за наличия продуктов экспрессии)
3:interred from homology(существование белка предполагают из-за наличия ортологов в близкородственных видах)
4:predicted(не доказано существование белка)
5:uncertain (доказательство существования белка ненадежно)
Соотношение между реальными и гипотетическими белками из Bos taurus(по данным UniProt)
| |
Количество в UniProt |
| Существование белка доказано экспериментально |
1351 |
| Известны только соответствующие транскрипты |
11846 |
| Гипотетический белок, предсказан по гомологии |
876 |
| Иные предсказанные гипотетические белки |
1514 |
Определение качества функциональной аннотации в UniProt
Коды экспериментального доказательства функции:
EXP: Inferred from Experiment
IDA: Inferred from Direct Assay
IPI: Inferred from Physical Interaction
IMP: Inferred from Mutant Phenotype
IGI: Inferred from Genetic Interaction
IEP: Inferred from Expression Pattern
Запрос в SRS:
(([swissprot-NCBI_TaxId:9913*] & ([swissprot-ProteinExistence:1: evidence at protein level]) > (((([swissprot-DBxref:GO:*] & [swissprot-DBxref:P:*]) & [swissprot-DBxref:F:*]) & [swissprot-DBxref:C:*]) & ((((([swissprot-DBxref:EXP:*] | [swissprot-DBxref:IDA:*]) | [swissprot-DBxref:IPI:*]) | [swissprot-DBxref:IMP:*]) | [swissprot-DBxref:IGI:*]) | [swissprot-DBxref:IEP:*])))
Получилось 100 находка.Что немного.
Использование GO для работы с массовыми данными.
Получение выборки последовательностей белков с заданной функцией.
Для выполнения задания мне досталась функция фосфорилирование ( phosphorylation ). Наиболее подходящий GO идентификатор - GO:0016310, biological process (P).
Был составлен запрос к SRS:
((([uniprot-Organism:Bos*] & [uniprot-Organism:taurus*]) | [uniprot-Organism:Bos taurus*]) & [uniprot-DBxref_:GO:0016310*])
Получилось 4 находоки.В файле их последовательности.
Определение главной функции в большом списке
| GO ID |
p-value |
Ontology |
| GO:0005886 |
1.56e-12 |
cellular component |
| GO:0005515 |
7.52e-09 |
molecular function |
| GO:0005624 |
1.78e-06 |
cellular component |
| GO:0000267 |
1.78e-06 |
cellular component |
Основная функция представленных в списке белов-образование цитоплазматической мембраны.
|
