Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~tricky/term2.htm
Дата изменения: Sat May 29 13:38:51 2004
Дата индексирования: Mon Oct 1 22:24:31 2012
Кодировка: Windows-1251
Второй семестр

Второй семестр

Программы, с которыми мы работали: GeneDoc, Rasmol, Blast, ScanProsite, программы пакета EMBOSS: needle, water, matcher; Internet Explorer, Microsoft Word, Exel.

Были изучены следующие банки данных: Swiss-Prot, TrEMBL, UniProt и другие банки. В поисковой системе SRS велся поиск по различным запросам, а также в базах данных PROSITE, Pfam , InterPro. Сервер NCBI также активно использовался.
В течение семестра я научилась искать информацию о белках с помощью различных банков данных, выравнивать аминокислотные последовательности, строить матрицы переходов для глобального и локального выравнивания и матрицы замен аминокислотных остатков. С помощью операционной системы UNIX и при использовании команд этой системы я научилась строить парные выравнивания в программах пакета EMBOSS, задавая различные параметры. С помощью банка данных Swiss-Prot я научилась искать последовательности по гомологии, используя программу BLASTP;строить и находить паттерны для участков множественного выравнивания, а затем использовать их для поиска родственных белков, познакомилась с базами данных Pfam, PROSITE, InterPro, научилась искать "далеких" гомологов белка с помощью программы PSI-BLAST.

  • Поиск в банках аминокислотных последовательностей белков с теми же функциями, что и LacY_ECOLI
  • Алгоритмы попарного выравнивания
  • Blastp
  • Описание общей доменной структуры лактозы пермеазы и известных мотивов в ее аминокислотной последовательности'
  • Деревья