Простейший профиль: частотная матрица.

1. Создание матрицы
   Файл с матрицей.
   По-видимому, prophecy создает на основе выравниванию частотную матрицу и также подбирает по нему консенсусную последовательность.
2. Поиск схожих участков в белках БД Swiss-Prot
   Файл с выдачей программы.
   Программа profit обрабатала последовательности из БД ориентируясь частотной матрицей (полученной ранее).
   Excel-файл с обработанными результатами.
   Находок всего - 61516 (51816 после учета совпадений)
   Находок со счетом больше 40: 1307
   Находок со счетом больше 50: 773
   Находок со счетом больше 60: 735
   ROC-кривая:
   
   Верных находок профиля - 151, ложных - 51665.
   Число ненайденных белков подсемейства - 0.
   Чувствительность профиля - 1.
   Селективность - 0,0029.
   При повышении порога отбора результатов до 80 теряются 18 правильных находок, суммарно же остается 155 находок:
   Точность: 0,88
   Селективность : 0,85
   При установлении порога, где точность обоих поисков совпадалет, селективность результатов поиска с помощью профиля становится меньше, чем у поиска по паттерну, т.е. последний работает лучше.

   ---

   їТурал Я.Я.