Учебный сайт
Ромащенко Валерии

Пробные выравнивания.

Определение положения фрагмента в полной последовательности.

В полной последовательности белка Yoda_Ecoli заданный фрагмент (seq1) соответствует позициям 128-151.

Построить "наилучшее" выравнивание вручную

1. Исходные длины двух заданных фрагментов seq1 и seq2 соответственно равны 24 и 25.
2. Длина выравнивания заданных фрагментов равна 27.
3. Вес выравнивания расчитывается по формуле W=M-nG, где M - это число совпавших букв (в моем случае их 15), G - штраф за пропуск, n - общее число пропусков. С учетом того, что краевые пропуски не штрафуются и длина пропуска не имеет значения, вес выравнивания фрагментов равен 15.
4. Процент идентичности вычисляется как отношение числа совпавших колонок к общему числу колонок, включая геповые (в данном случае их 27). В итоге процент идентичности двух последовательностей равен 15/27*100= 55% .

Найти первую с N-конца выравнивания "близкородственную" замену а.о.

В колонке ?16 мы наблюдаем первую близкородственную замену K-R (лизин - аргинин). Вес этой замены равен двум. Обе аминокислоты проявляют основные свойства, то есть имеют дополнительный положительный заряд за счет присутсвия еще одной, кроме основной, аминогруппы (групп). Это значит, при замене одной АК на другую заряд белка (в зависимости от кислотности среды) меняться не будет, следовательно, замена практически равнозначна.

Дополнительные задания.

Определение процента сходства выделенных фрагментов.

Всего колонок с совпавшими АК 17. Длина выравнивания - 27. Тогда процент сходства равен отношению совпавших колонок на общие, помноженное на 100, и это равно 63%.

Построить иное выравнивание 2-х заданных фрагментом с весом не хуже, чем получилось в обязательном упр.2.

Так как в упражнении 2 получилось, как мне кажется, наиболее удачное выравнивание, то в данном выравнивании его вес получился меньше на 2, то есть 13, так как появился один пропуск.