Учебный сайт
Ромащенко Валерии

Биологический смысл выравнивания последовательностей белков.

1. Построение выравнивания аминокислотных последовательностей на основе пространственного наложения структур белков.

На картинке слева изображено пространственное наложение структур двух белков. Как из нее видно, они довольно похожи, хотя надо отметить, что в некоторых местах они сильно отходят друг от друга. Так же примечательно, что уже в пространственном наложении структур видно, что сами последовательности сдвинуты относительно друг друга и одна из них (голубая) короче другой (оранжевой). Это наблюдение помогает при выравнивании этих последовательностей в ручную в программе GeneDoс, оно (выравнивание) представлено ниже.

Выравнивании в GeneDoc показало, что, действительно, одна цепь короче, причем на 2 АО, и последовательности приобретают больше совпадений между собой, если их сдвинуть относительно друг друга на 5 АО. Голубым отмечены те АО, замена которых положительна.

2. Построение выравнивание этих же последовательностей программой needle.

Ниже на картинке представлено выравнивание двух последовательностей с помощью программы needle.

Это выравнивание не отличается от выравнивания, которое было сделано мной в GeneDoc, а это говорит о том, что оно наиболее оптимально, и так же это подтверждает пространственное наложение двух структур.

На главную