Для нахождения общего мотива с помощью программы MEME были взята следующие параметры: распределение количества встреч каждого мотива - "Zero or one per sequence"; максимальная и минимальная длина мотива по 16 (ищем мотивы строго заданной длины); число различных мотивов - 1. В результате была получена информация о найденных мотивах, в частности, - LOGO, матрица PSSM и таблица найденных мотивов.
LOGO
Матрица PSSM.
| Номер строки | A | C | G | T |
| 1 | 119 | -1010 | 72 | -1010 |
| 2 | 184 | -1010 | -1010 | -1010 |
| 3 | -3 | -128 | 72 | -3 |
| 4 | -1010 | -1010 | 218 | -1010 |
| 5 | 70 | 130 | -1010 | -1010 |
| 6 | 170 | -128 | -1010 | -1010 |
| 7 | 170 | -1010 | -128 | -1010 |
| 8 | 119 | -28 | -1010 | -62 |
| 9 | -1010 | 218 | -1010 | -1010 |
| 10 | -1010 | -1010 | 218 | -1010 |
| 11 | -62 | -1010 | -28 | 119 |
| 12 | -1010 | -1010 | -1010 | 184 |
| 13 | -1010 | -1010 | -1010 | 184 |
| 14 | -62 | -128 | 130 | -62 |
| 15 | -1010 | 204 | -128 | -1010 |
| 16 | -161 | 30 | 152 | -1010 |
Таблица найденных мотивов.
| NAME | STRAND | START | P-VALUE | SITES | ||
|---|---|---|---|---|---|---|
| purM | - | 121 | 1.17e-09 | TCTAACAGGG | AAAGCAAACGTTTGCG | AGACTGCTTT |
| cvpA | - | 129 | 2.67e-09 | TCTAACAGAA | AAAGAAAACGTTTGCG | TAGGGATTTC |
| purE | - | 114 | 6.32e-09 | GAAAGAGAGC | AAGGAAAACGGTTGCG | TGGCTGTGAA |
| purR | + | 138 | 2.33e-08 | AAGGTGTGTA | AAGGCAAACGTTTACC | TTGCGATTTT |
| pyrC | + | 132 | 2.33e-08 | TTTTCGTGCA | AAGGAAAACGTTTCCG | CTTATCCTTT |
| purL | - | 109 | 7.86e-08 | CTGATGCGCT | GACGAAACCGTTTGCG | TGGAAATAAA |
| codB | - | 118 | 7.86e-08 | CTGAAGATAA | AAAGCAATCGTTTTCG | TGGGGAAATA |
| guaB | + | 130 | 2.73e-07 | AAAAGGGGTA | GATGCAATCGGTTACG | CTCTGTATAA |
| purA | + | 77 | 4.40e-07 | ACTACATGTT | GAGGAAAACGATTGGC | TGAACAAAAA |
| glnB | + | 116 | 6.02e-07 | ACACGAGCTG | GATGCAAACGATTTCA | AGGAATGAAT |
| carA | + | 90 | 8.96e-07 | ATATCTCCAG | AATGCCGCCGTTTGCC | AGAAATTCGT |
Исходные последовательности (найденные мотивы подчеркнуты)
>codB
catgctcagatgcctgatgcgacgctgacgcgtcttatcaggcctacccactgtttttacaccgataatttttcccccacctttttgcactcattcatat
aaaaaatatatttccccacgaaaacgattgctttttatcttcagatgaatagaatgcggcggattttttgggtttcaaacagcaaaaagggggaatttcg
>purE
tggtactgggtgcctggcatacggaaggttcaatggtgaaagtcacggcggatgacgttgagctgattcattttccgttttaaaaaacccgcaactttgctg
atttcacagccacgcaaccgttttccttgctctctttccgtgctattctctgtgccctctaaagccgagagttgtgcaccacaggagttttaagacgc
>pyrC
gcgaagatggcagccagggcgaagcaatggcgaaaaaactggcgaaaggcattgaagtgaagccaggcgaaattgtcattccatttactgattaatcacgaggg
cgcattcgcgccctttatttttcgtgcaaaggaaaacgtttccgcttatcctttgtgtccggcaaaaacatcccttcagccggagcatagagatta
>purR
ttaccacttccccttttcgtcaagatcggccaaaattccacgcttacactatttgcgtactggccattgaccccttcctgacgctccgtgtcgtttttccg
gcgtaccgcaacacttttgttgtgcgtaaggtgtgtaaaggcaaacgtttaccttgcgattttgcaggagctgaagttagggtctggagtgaaatggaa
>cvpA
cgtaggtcggataaggcgtttacgccgcatccgacacgcattgcccgatgccgcaaaggcataaaaagtcgatggcgttgaatattttttcagcgccatttt
tattgatgcgcgggaaggaaatccctacgcaaacgttttctttttctgttagaatgcgccccgaacaggatgacagggcgtaaaatcgtgggacacat
>purM
atattcagatggttatgaaagaagattattccatccgaaaactaacctttaccctggcacaagtcttctttcgccgcgcgcctggggaaaagacgtgcaaaaag
gttgtgtaaagcagtctcgcaaacgtttgctttccctgttagaattgcgccgaattttatttttctaccgcaagtaacgcgtggggacccaagcag
>guaB
actaacggtaaaaattgcaggggattgagaaggtaacatgtgagcgagatcaaattctaaatcagcaggttattcagtcgatagtaacccgcccttcggggata
gcaagcattttttgcaaaaaggggtagatgcaatcggttacgctctgtataatgccgcggcaatatttattaaccactctggtcgagatattgccc
>glnB
aactcaactatttgcgtaagctgctgcaaatcaccaaaggcaacgtcacccacgcggcgagaatggcggggcgcaaccggacagaattttataaactgctttc
ccgacacgagctggatgcaaacgatttcaaggaatgaattggcgttatgtgttacgtttagcagatcaaaagacaggcgaccttttcaaggaatagc
>purL
aggtttactcataaatgagcggcattttgcgtaaacctgcgccagatggcaacttattacagccattggcggcacgcgttgctaattcacgatggtgattttat
ttccacgcaaacggtttcgtcagcgcatcagattctttataatgacgcccgtttcccccccttgggtacaccgaaagcttagaagacgagagactt
>purA
accaatttgcccgataatattttacgtcgttttggcggtggacttgtggttgcgggcgttgtggtctactacatgttgaggaaaacgattggctgaac
aaaaaacagactgatcgaggtcatttttgagtgcaaaaagtgctgtaactctgaaaaagcgatggtagaatccatttttaagcaaacggtgattttgaaaaa
>carA
tgtcgcttaatgcctgtaaaacatgcatgagccacaaaataatataaaaaatcccgccattaagttgacttttagcgcccatatctccagaatgccgccgtttgccag
aaattcgtcggtaagcagatttgcattgatttacgtcatcattgtgaattaatatgcaaataaagtgagtgaatattctctggagggtgttt
Сравнение результатов с реальными сайтами узнавания Pur.
Только в 11 из изначально выданных 17 последовательностей были найдены мотивы, что на одну последовательность больше, чем их есть в реальных сайтах узнавания PurP (которых 10). Из них неверно был указан сайт для purA, а лишней оказалась находка в carA. Последовательности, в которых вообще не было найденно мотивов: folD, rpiA, fixA, rbsD, araD. Найденно 11, реальных 10, правильных 9.Чувствительность: 9/10=0.9
Специфичность: 9/11=0.81
