Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~v.romashchenko/Term_4/membr.html
Дата изменения: Fri May 28 16:22:46 2010
Дата индексирования: Tue Oct 2 14:05:25 2012
Кодировка: Windows-1251
TM proteins

Мембранные белки, транспортные белки.

Выравнивание белка MEPB_PSEPU и белка-прототипа MEXB_PSEAE с разметкой трансмембранных сегментов.

Нумерация остатков белка-прототипа в UniProt и PDB

Полученное из PDBsum выравнивание последовательности белка из UniProt и последовательности из PDB можно скачать здесь. Нумерация последовательностей совпадает, но последовательность из PDB оказалась немного короче, чем из UniProt.

Глобальное выравнивание заданного белка и белка-прототипа.

Полученные из UniProt последовательности заданного белка MEPB_PSEPU и белка-прототипа MEXB_PSEAE были выровнены с помошью программы needle. Выравнивание можно скачать здесь в формате msf.

Разметка трансмембранных сегментов в белке-прототипе.

С помощью информации, полученной из БД ОРМ я разметила расположение трансмембранных структур в белке-прототипе.
Позиции мембранных сегментов отмечены буквой "Н"
Позиции цитоплазматических петель знаком "+"
Oстальнoe - знаком "-".
Выравнивание можно посмотреть здесь , а скачать в формате msf по данной ссылке.

Предсказание топологии заданного белка.

С помощью сервера TMHMM было получено данное изображение

В выравнивание с предыдущим предсказанием было добавлено предсказание с помощью сервера TMHMM. Его можно увидеть на данном рисунке . Cкачать файл в формате msf.

Как видно из рисунка топология белка в большей части представлена верно, сегменты вторичной структуры представлены тоже довольно правильно. Различие закл.чается или в небольшом сдвиге этих участков относительно предсказания ОРМ, или в их отличающейся от первого предсказания длине. Только первая четверть белка представлена неправильно. По данным ТМНММ в районе 33-336 АК более вероятно должна быть большАя чать белка, находящаяся в цитоплазме. Это не совпадает с данными ОРМ. С одной стороны это не помешало белку практически правильно обнаружить все трансмембранные фрагменты, но с другой - ориентация была нарушена и для N-концевой части белка.

Сравните полученное предсказание с данными ОРМ.

Результаты предсказания топологии мембранного белка....

  Число а.к. остатков
Всего а.к. остатков 1050
Остатки, предсказанные как локализованные в мембране (всего) 225
Правильно предсказали (true positives, TP) 215
Предсказали не то, что нужно (а.о. предсказаны как мембранные, а по данным ОРМ таковыми не являются, false positives, FP) 10
Правильно не предсказали ( не предсказаны, и по данным ОРМ не находятся в мембране, true negatives, TN) 14
Не предсказали то, что нужно (остатки по данным ОРМ находятся в мембране, false negatives, FN) 16
Чувствительность (sensivity) = TP / (TP+FN) 0,9336
Специфичность (specificity) =  TN / (TN+FP)  0,5833
Точность(precision) = TP /(TP+FP) 0,9555
Сверхпредсказание = FP/ (FP+TP) 0,0711
Недопредсказание = FN / (TN+FN) 0,0625

Несмотря на недочеты (неправильное предсказание ориентации части белка) в предсказании трансмембранных структур белка TMHMM хорошо справился с поставленной задачей, потому что доля неправильного предсказания мала.