Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес
оригинального документа
: http://kodomo.cmm.msu.ru/~v.romashchenko/Term_4/membr.html
Дата изменения: Fri May 28 16:22:46 2010 Дата индексирования: Tue Oct 2 14:05:25 2012 Кодировка: Windows-1251 |
Полученное из PDBsum выравнивание последовательности белка из UniProt и последовательности из PDB можно скачать здесь. Нумерация последовательностей совпадает, но последовательность из PDB оказалась немного короче, чем из UniProt.
Полученные из UniProt последовательности заданного белка MEPB_PSEPU и белка-прототипа MEXB_PSEAE были выровнены с помошью программы needle. Выравнивание можно скачать здесь в формате msf.
С помощью информации, полученной из БД ОРМ я разметила расположение трансмембранных структур в белке-прототипе.
Позиции мембранных сегментов отмечены буквой "Н"
Позиции цитоплазматических петель знаком "+"
Oстальнoe - знаком "-".
Выравнивание можно посмотреть здесь , а скачать в формате msf по данной ссылке.
С помощью сервера TMHMM было получено данное изображение
В выравнивание с предыдущим предсказанием было добавлено предсказание с помощью сервера TMHMM. Его можно увидеть на данном рисунке . Cкачать файл в формате msf.
Как видно из рисунка топология белка в большей части представлена верно, сегменты вторичной структуры представлены тоже довольно правильно. Различие закл.чается или в небольшом сдвиге этих участков относительно предсказания ОРМ, или в их отличающейся от первого предсказания длине. Только первая четверть белка представлена неправильно. По данным ТМНММ в районе 33-336 АК более вероятно должна быть большАя чать белка, находящаяся в цитоплазме. Это не совпадает с данными ОРМ. С одной стороны это не помешало белку практически правильно обнаружить все трансмембранные фрагменты, но с другой - ориентация была нарушена и для N-концевой части белка.
Результаты предсказания топологии мембранного белка....
Число а.к. остатков | |
Всего а.к. остатков | 1050 |
Остатки, предсказанные как локализованные в мембране (всего) | 225 |
Правильно предсказали (true positives, TP) | 215 |
Предсказали не то, что нужно (а.о. предсказаны как мембранные, а по данным ОРМ таковыми не являются, false positives, FP) | 10 |
Правильно не предсказали ( не предсказаны, и по данным ОРМ не находятся в мембране, true negatives, TN) | 14 |
Не предсказали то, что нужно (остатки по данным ОРМ находятся в мембране, false negatives, FN) | 16 |
Чувствительность (sensivity) = TP / (TP+FN) | 0,9336 |
Специфичность (specificity) = TN / (TN+FP) | 0,5833 |
Точность(precision) = TP /(TP+FP) | 0,9555 |
Сверхпредсказание = FP/ (FP+TP) | 0,0711 |
Недопредсказание = FN / (TN+FN) | 0,0625 |