|
Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес
оригинального документа
: http://kodomo.cmm.msu.ru/~v.romashchenko/Term_4/task_4.html
Дата изменения: Fri May 28 17:18:12 2010 Дата индексирования: Tue Oct 2 14:27:04 2012 Кодировка: Windows-1251 |
C помощью одного из предложенных в задании способов, в один файл были извлечены все последовательности 16S рибосомальной РНК каждой из бактерий, которые были выбраны в прошлых заданиях.
С помощью программы fdnaml пакеты PHYLIP было получено дерево и скобочная формула, которые представлены ниже.
+-RHIEC | | +-PROMH | +--6 | +--5 +--YERPE | | | | +----4 +---VIBFM | | | 1------3 +----HAEIN | | | | +---NEIMA | +--2 | +---BURCA | +----BRAJA(RHIEC:0.03015,((((PROMH:0.03098,YERPE:0.04577):0.01711, VIBFM:0.06489):0.02619,HAEIN:0.09489):0.08263, (NEIMA:0.06436,BURCA:0.06810):0.04109):0.10920, BRAJA:0.08006); Дерево в данном случае в целом не отличается от правильного, за исключением HAEIN и VIBFM, которые расположены в в другой последовательности. Здесь надо отметить, что fdnaml и fprotpars дали одинаковые деревья.
Для нахождения в своих бактериях достоверных гомологов белка FTSH_ECOLI с помощью программы blastp по файлу proteo.fasta, cодержащему записи банка UniProt, был проведен поиск гологов. Из них были отбраны белки, выбранные в предыдущих заданиях. Эти последовательности были выровнены программой muscle, а потом с помощью программы fprotpars по этому выравниванию было построено дерево.
+--Q8KKT3_RHIEC +----------------------------------------------------20 ! +--B5FCR8_VIBFM ! ! +-----------------------------------FTSH2_HAEIN ! ! ! ! +--------------------------------FTSH1_HAEIN ! +-------------14 ! ! ! ! ! +--B4F2B3_PROMH ! ! ! ! +-16 ! ! +-13 +----------------------15 +--Q0WBE7_YERPE +-19 ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-----B5FA73_VIBFM ! ! ! ! ! ! ! ! +-12 +--Q1BXC9_BURCA ! ! ! ! +----------------18 ! ! ! ! ! +--A1IR46_NEIMA ! ! ! ! ! ! ! ! +-------17 +--Q9XBG5_BRAJA ! ! ! ! +----------11 ! ! ! ! ! +--Q2K4M2_RHIEC ! +-----6 +----10 ! ! ! +--------Q1BNJ2_BURCA ! ! +-----9 ! ! ! +-----Q89BR3_BRAJA 1 ! +--8 ! ! ! +--Q89KG3_BRAJA ! ! +--7 ! ! +--Q2K9U5_RHIEC ! ! ! ! +--HSLU_PROMH ! ! +--5 ! ! +--4 +--HSLU_YERPE ! ! ! ! ! ! +--3 +-----HSLU_HAEIN ! ! ! ! ! +--------------------------------------2 +--------HSLU_VIBFM ! ! ! +-----------HSLU_BRAJA ! +-----------------------------------------------------------CLPX_HAEINПримеры ортологов и паралогов. Ортологи ( из разных организмов, разделение их общего предка на линии, ведущие к ним, произошло в результате видообразования):
HSLU_PROMH и HSLU_YERPE
Q89KG3_BRAJA и Q2K4M2_RHIEC
Паралоги (два гомологичных белка из одного организма):
HSLU_BRAJA и Q89BR3_BRAJA
Q0WBE7_YERPE и HSLU_YERPE