Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~vampire/term3/Practise9.html
Дата изменения: Sun Nov 12 12:40:54 2006
Дата индексирования: Tue Oct 2 11:40:42 2012
Кодировка: Windows-1251
Practice9

Исследование белок-нуклеиновых контактов

На главную страницу третьего семестра
    • Для работы было создано два скрипта:dna.def и 1.txt
    • При заполнении этой таблицы количество контактов высчитовалось как количество атомов и белка, и ДНК, вовлеченных во взаимодействие.
    •   Полярные Гидрофобные Всего
      Контакты белка с ...      
      ... остатками 2'-дезоксирибозы 4  24  28 
      ... остатками фосфорной кислоты 23  0  23 
      ... остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки 9  16  25 
      ... остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки 0  0  0 
    • Взглянув на эту таблицу, можно заметить, что данный белок совсем не контактирует с малой бороздкой, но со всеми остальными компонентами молекулы ДНК количество контактов примерно одинаковое
    • В результате исследования в Rasmol было выяснено, что белок специфически узнает аденин и тимин на одной цепи и аденин с тимином на другой, комплементарные тимину с аденином расположенным после вышеупомянутого тимина. Короче говоря, последовательность 5'-ATTA-3', или комплементарную ей 3'-TAAT-5'
    • Возможно, это активатор транскрипции в ответ на недостаток воды.
    • Про особенности семейства этих белков можно сказать, что гомеобокс-домен содержат белки регуляторы транскрипции, управляющие генетическими программами, обуславливающими оси симметрии тела у животных.
    •                                                                                                                                                              
                                                  *                 2 0                   *                 4 0                   *                 6 0            
      A T H B 7 _ A R A T   :   K N N Q R R F S D E Q I K S L E M M F E S E T R L E P R K K V Q L A R E L - - - - G L Q P R Q V A I W F Q N K R A R W K S   :   5 7
      Q 9 Z W P 1 _ C E R   :   K Y V R - - Y T S E Q V Q A L E K L Y C E C P K P T L L Q R Q Q L I R E C s i l r N V D H K Q I K V W F Q N R R C R E K Q   :   5 9
      Q 9 S E 4 3 _ A R A   :   S G K Y V R Y T A E Q V E A L E R V Y A E C P K P S S L R R Q Q L I R E C s i l a N I E P K Q I K V W F Q N R R C R D K Q   :   6 1
      Q 6 T D S 4 _ O R Y   :   S G K Y V R Y T P E Q V E A L E R V Y A E C P K P S S S R R Q Q L L R D C p i l a N I E P K Q I K V W F Q N R R C R D K Q   :   6 1
      Q 9 A V 4 9 _ O R Y   :   S G K Y V R Y T P E Q V E A L E R V Y A E C P K P S S S R R Q Q L L R D C p i l a N I E P K Q I K V W F Q N R R C R D K Q   :   6 1
      Q 3 0 K I 4 _ 9 P O   :   S G K Y V R Y T P E Q V E A L E R M Y A E C P K P S S T R R Q Q L L R E C p i l a N I E P K Q I K V W F Q N R R C R D K Q   :   6 1
      Q 6 T A Q 6 _ O R Y   :   S G K Y V R Y T P E Q V E A L E R V Y A D C P K P T S S R R Q Q L L R E C p i l a N I E P K Q I K V W F Q N R R C R D K Q   :   6 1
      Q 8 H 7 U 9 _ O R Y   :   S G K Y V R Y T P E Q V E A L E R V Y A D C P K P T S S R R Q Q L L R E C p i l a N I E P K Q I K V W F Q N R R C R D K Q   :   6 1
      Q 6 R F 3 0 _ M A I   :   S G K Y V R Y T P E Q V E V L E R L Y I D C P K P S S S R R Q Q L L R E C p i l s N I E P K Q I K V W F Q N R R C R D K Q   :   6 1
      Q 9 F W Z 0 _ A R A   :   N G K Y V R Y T P E Q V E A L E R L Y H D C P K P S S I R R Q Q L I R E C p i l s N I E P K Q I K V W F Q N R - - - - - -   :   5 5
      Q 5 D 1 M 1 _ P O P   :   N G K Y V R Y T P E Q V E A L E R L Y H D C P K P S S I R R Q Q L I R E C p i l s N I E P K Q I K V W F Q N R R C R E K Q   :   6 1
      Q 5 D 1 M 2 _ P O P   :   N G K Y V R Y T P E Q V E A L E R L Y H D C P K P S S I R R Q Q L I R E C p i l s N I E P K Q I K V W F Q N R R C R E K Q   :   6 1
      Q 5 E E 1 2 _ A R A   :   N G K Y V R Y T P E Q V E A L E R L Y H D C P K P S S I R R Q Q L I R E C p i l s N I E P K Q I K V W F Q N R R C R E K Q   :   6 1
      Q 9 Z U 1 1 _ A R A   :   N G K Y V R Y T P E Q V E A L E R L Y H D C P K P S S I R R Q Q L I R E C p i l s N I E P K Q I K V W F Q N R R C R E K Q   :   6 1
      Q 7 6 C L 1 _ Z I N   :   N G K Y V R Y T P E Q V E A L E R L Y H E C P K P S S I R R Q Q L I R E C p i l s N I E P K Q I K V W F Q N R R C R E K Q   :   6 1
      Q 8 V X 3 0 _ Z I N   :   N G K Y V R Y T P E Q V E A L E R L Y H E C P K P S S I R R Q Q L I R E C p i l s N I E P K Q I K V W F Q N R R C R E K Q   :   6 1
      Q 8 H 9 6 4 _ Z I N   :   N G K Y V R Y T P E Q V E A L E R L Y H D C P K P S S H R R Q Q L I R E C p i l s N I E P K Q I K V W F Q N R R C R E K Q   :   6 1
      Q 3 9 1 2 3 _ A R A   :   N G K Y V R Y T P E Q V E A L E R L Y N D C P K P S S M R R Q Q L I R E C p i l s N I E P K Q I K V W F Q N R R C R E K Q   :   6 1
      Q 5 D 1 M 0 _ P O P   :   N G K Y V R Y T P E Q V E A L E R L Y H E C P K P T S T R R Q Q L I R E C p i l s H I E P K Q I K V W F Q N R R C R E K Q   :   6 1
      Q 5 D 1 L 9 _ P O P   :   N G K Y V R Y T P E Q V E A L E R L Y H E C P K P S S M R R Q Q L I R E C p i l s H I E P K Q I K V W F Q N R R C R E K Q   :   6 1
      Q 8 H 9 6 3 _ Z I N   :   N G K Y V R Y T A E Q V E A L E R V Y A E C P K P S S L K R Q Q L I R E C p i l s N I E P K Q I K V W F Q N R R C R E K Q   :   6 1
      Q 8 H 9 6 2 _ Z I N   :   N G K Y V R Y T T E Q V E A L E R V Y A E C P K P S S L R R Q Q L I R E C p i l s N I E P K Q I K V W F Q N R R C R E K Q   :   6 1
      Q 8 V X 2 9 _ Z I N   :   N G K Y V R Y T T E Q V E A L E R V Y A E C P K P S S L R R Q Q L I R E C p i l s N I E P K Q I K V W F Q N R R C R E K Q   :   6 1
      Q 8 V X 3 1 _ Z I N   :   N G K Y V R Y T T E Q V E A L E R V Y A E C P K P S S L R R Q Q L I R E C p i l s N I E P K Q I K V W F Q N R R C R E K Q   :   6 1
      Q 5 D 1 M 6 _ P O P   :   N G K Y V R Y T S E Q V E A L E R V Y A E C P K P S S L R R Q Q L I R E C p i l a N I E P K Q I K V W F Q N R R C R E K Q   :   6 1
      Q 6 J E 9 5 _ 9 R O   :   N G K Y V R Y T S E Q V E A L E R V Y A E C P K P S S L R R Q Q L I R E C p i l a N I E P K Q I K V W F Q N R R C R E K Q   :   6 1
      Q 6 Q 4 E 9 _ N I C   :   N S K Y V R Y T P E Q V E A L E R V Y A E C P K P T S L R R Q Q L I R E C p i l s N I E P K Q I K V W F Q N R R C R E K Q   :   6 1
      Q 5 D 1 M 4 _ P O P   :   S S K Y V R Y T P E Q V E A L E R V Y T E C P K P S S L R R Q Q L I R E C p i l c N I E P K Q I K V W F Q N R R C R E K Q   :   6 1
      Q 5 D 1 M 3 _ P O P   :   S S K Y V R Y T P E Q V E A L E R V Y T E C P K P S S L R R Q Q L I R E C p i l s N I E P K Q I K V W F Q N R R C R E K Q   :   6 1
      Q 2 Q M 9 6 _ O R Y   :   A G K Y V R Y T P E Q V E A L E R V Y T E C P K P S S L R R Q Q L I R E C p i l s N I E P K Q I K V W F Q N R R C R E K Q   :   6 1
                                            5 3   E Q 6     L E   6 5         4           4   Q L   R               6     4 Q 6   6 W F Q N 4                      
    • По вышеприведенному выравниванию видно, что консервативными являются не только те а.к. остатки, которые контактируют с ДНК, но и несколько остатков рядом с ними. Возможно, эти остатки влияют на конформацию молекулы в целом.
    • В конце концов обьект был проанализирован программой nucplot. Ее выдача лежит здесь. Эта программа не отображает гидрофобные взаимодействия(исключение - одно взаимодействие между кольцом 8го фенилаланина и 212м сахаром, только потому, что они находятся ближе, чем 3.35Å), но зато хорошо рисует водяные мостики.

©Кармушаков Азар