Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес
оригинального документа
: http://kodomo.cmm.msu.ru/~vlada/term4/Evol.html
Дата изменения: Sun Mar 18 21:43:54 2007 Дата индексирования: Tue Oct 2 06:44:56 2012 Кодировка: Windows-1251 |
На главную страницу четвертого семестра((((А:50,(В:41,С:41):9):25,D:75):20,Е:95):20,F:115); - Модель судьбы гена, описанная в виде скобочной формулы. Расстояния даны как число мутаций на 100 нуклеотидных остатков.
Листья дерева - A, B, C, D, E, F. Длины ветвей указаны цифрами. |
Внутренние ветви: alpha, beta, gamma. |
Столбцы соответствуют листьям дерева, а строки - ветвям дерева. Каждая строка, описывающая ветвь, заполнена символами двух типов (. (точка) и * (звездочка)). Одним символом (.) помечены листья, находящиеся по одну сторону от данной ветви, другим (*), по другую. Поскольку ветвь, отделяющая один (любой!) лист от всех остальных, есть в любом дереве, описание таких ветвей не несет полезной информации. Поэтому такое описание было опущено. |
3.Реконструирование дерева алгоритмом Neighbor-joining. а). Сначала необходимо было посчитать попарные расстояния между последовательностями программой fdnadist: fdnadist ali.fasta -ttratio 1 -auto б). Выходной файл переименовать и подать на вход программе fneighbor: fneighbor ali.fdnadist -auto
В левой части таблички приведите (в виде точек и звездочек) все ветви, встреченные во всех деревьях (исходном и трех реконструкциях), а в правой четыре столбца, соответствующие четырем деревьям. Знаком "+" помечены, в каких деревьях встретилась каждая из ветвей. |
Таким образом, мы видим, что ветви во всех трех реконструкциях определены правильно. Алгоритм UPGMA строит ультраметрические и укорененные деревья, в то время как алгоритм Neighbor-joining и алгоритм максимального подобия строят неультраметрические и неукорененные деревья.