Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~xedin/Term4/Practice1-3/practice1.html
Дата изменения: Sun Mar 23 14:28:30 2008
Дата индексирования: Sun Apr 13 02:27:54 2008
Кодировка: Windows-1251
Practice1(evolution)

Занятие 1. Элементарные эволюционные события

Задание 1. Оценить давление отбора на ген заданного белка (работа с веб-сервером PAL2NAL)

Биологическая задача состоит в том, чтобы оценить давление отбора на ген заданного белка в период, начиная с момента расхождения
кишечной палочки и холерного вибриона.

Оценка давления отбора на гены обонятельных рецепторов человека

Полученная инфорамиция: есть данные, что обонятельные рецепторы (olfactory receptors) человека находятся под давлением положительного отбора.

Задача - проверить на конкретном примере.

Для решения поставленной задачи было решено действовать по схеме, предложенной в первом задании. С помощью сервера ExPASy был найден человеческий белок OR1J2_HUMAN, описанный как Olfactory receptor 1J2. Затем с помощью сервера BLAST, а именно с помощью программы blastp, был найден предполагаемый ортолог найденного белка в протеоме шимпанзе - OR1E5_PANTR, описанный как Olfactory receptor 1E5. Ортологами считаем белки, совпадающие на 60-80 % и имеющие схожую аннотацию Uniprot. Гены выбранных белков были найдены также с помощью сервера ExPASy. Было построено соответствующие белковое выравнивание данных последовательностей с помощью прогаммы needle(в форматах msf и fasta).

Дальнейшая работа проводилась на сервере PAL2NAL: было построено выравнивание последовательностей с разбивкой на кодоны, а также с подсчетом Ka и Ks.

Как видно, данные о том, что обонятельные рецепторы человека находятся под давлением положительного отбора не подтвердились. Более того, исходя из полученного значения Ka/Ks = 0.1 можно сделать вывод о стабилизируещем отборе по данным двум генам.

Вернуться к списку протоколов.

 


©:Сорокин Максим