Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~youthofchemist/projects/Term_2/Aligning/protocol_1.doc Дата изменения: Thu Mar 12 16:30:03 2009 Дата индексирования: Sun Apr 5 19:50:21 2009 Кодировка: koi8-r

Выравнивание последовательностей.
Задание 1.

1) Заданный фрагмент соответствует позициям 89-116 в полной
последовательности белка rsuA_Ecoli.

2) Сохранил картинку с выравниванием в файл: aln1.gif .

Задание 2.

1) Длина первого фрагмента: 28. А второго также 28, но GeneDoc распознает
как 27 (но я заметил что последняя буква была написана на русском
языке поэтому GeneDoc не распознавал ее) .

2) Поэтому колонок у меня 28.

3) Удивительно, но при исходной комбинации (без расставления каких-либо
гэпов) вес получился максимальным: 14. С помощью минимального
количества гэпов (2) мы получим еще одно совпадение, но при этом вес
будет меньше.

4) Мои выровненные последовательности на 50% идентичны.

5) Сохранил картинку с выравниванием в файл: aln2.gif .

Задание 3.

1) ? первой позиции выравнивания, в которой мы наблюдаем
близкородственную замену а.о. - 21.

2) Валин (V) меняется на метионин(М).

3) Вес такой замены: 1.

4) В радикале метионина появляется дополнительная -SH-CH3 группа по
сравнению с валином, а также исчезает другая -CH3 группа. Обе
аминокислоты алифатические и не заряженные. Но все же есть и различия
валин - неполярная аминокислота, а метионин - полярная, а также
различны по пространственной структуре. Наверное поэтому вес не такой
большой.

Задание 4.

1) Сделал страничку, она имеет название: Aln1.html

Дополнительное задание.

Задание 1*.

Мои выровненные последовательности на 64% сходны.

Задание 2*.

Построил иное выравнивание 2-х заданных фрагментом но вес оказался меньше.
Так как в упр.2 я выбрал выравнивание с наибольшим весом. В данном же
выравнивание количество совпадений оказалось на одно больше, но я
использовал 2 гэпа, поэтому оно хуже. Сохранил картинку с выравниванием в
файл: aln_a.gif .



Задание 3*.