 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
 |
|
||||||||
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
|
||
|
Cеми-эмпирические вычисления: Mopac
Начнем работу с установки переменных: export PATH=${PATH}:/home/preps/golovin/progs/bin
export MOPAC_LICENSE=/home/preps/golovin/progs/bin
В рабочей директории создал текстовый файл 1.smi. На основе этого описания С помощью программы obgen и после удаления лишних водородов получаем 3D-структуру порфирина.
С помощью программы babel получаем входные файлы для Mopac с параметризацией PM6 и запускаем Mopac. OBGEN
MOPAC
С помощью Mopac мы получили истинную плоскую форму порфирина. Возбужденные состояния порфиринаДля указания Mopac о необходимости расчета возбужденного состояния добавьте в конец файла:
Показана таблицы выходного файла с энергиями электронных переходов с соответсвующими длинами волн:
STATE ENERGY (EV) Q.N. SPIN Wave Length
ABSOLUTE RELATIVE (nm)
1+ 0.000000 0.000000 1+ SINGLET 0
2 1.914328 1.914328 1 TRIPLET 647
3 2.266757 2.266757 2 SINGLET 546
4 2.464105 2.464105 2 TRIPLET 503
5 2.825669 2.825669 3 TRIPLET 438
6 3.364329 3.364329 4 TRIPLET 368
7 3.391485 3.391485 3 SINGLET 365
8 3.669158 3.669158 4 SINGLET 337
9 3.871937 3.871937 5 SINGLET 320
The "+" symbol indicates the root used.
Оптимизация парабензохинонаДля молекулы O=C1C=CC(=O)C=C1 (парабензохинон) была определена геометрия с помощью obgen и Mopac. Затем была проведена оптимизация для дианиона этой молекулы. В первую строчку mop файла добавляем слово CHARGE=-2 и явным способом указываем (последовательность "(-)" справа от имени атома), что отрицательный заряд должен находиться на кислородах.В нейтральной молекуле все атомы углерода находятся чуть дальше от центра, чем предлагает obgen
А в дианионе структура претерпевает некоторые изменения. Связи С-O удлиняются, так как из двойных становятся одинарными, а цикл становится ароматическим.
При наложении структур видно удлинение связей СО
|
|
||||||||
|
|
|||||||||
|
© Замараев Алексей |
 |
||||||||
