Расчет энергии сольватации димера из двух мономеров полиэтиленгликоля методом FEP

Задание 1

1) Разбить вещество на два мономера (остатка). 
2) Расчитать частичные заряды на атомах этого остатка используя как заглушку метильную группу. 
3) Построить запись для остатка (rtp) в силовом поле amber99sb. 
4) Провести подготовку системы с водным раствором димера, т.е. 1,2-диметоксиэтана. 
4) Расчитать энернгию сольватации с шагом lambda 0.1. Т.е. запустить 10 траекторий молекулярной динамики.

obgen monomer.smi > monomer.mol
babel -imol monomer.mol -opdb monomer.pdb 

export PATH=${PATH}:/home/preps/golovin/progs/bin
Ante_RED.pl monomer.pdb  

переименовываем Mol_red1.p2n

RED-vIII.4.pl

obgen dimer.smi > dimer.mol
babel -imol dimer.mol -opdb dimer.pdb 
Ante_RED.pl dimer.pdb 

export X3DNA=/home/preps/golovin/progs/X3DNA 
 export PATH=/home/preps/golovin/progs/X3DNA/bin:${PATH} 
pdb2gmx -f dimet-out.pdb -o dimet -p dimet -ff amber99sb -water tip3p 
editconf -f dimet.gro -o dimet_ec -d 1 
 grompp -f em -c dimet_ec -p dimet -o dimet_em -maxwarn 1
mdrun -deffnm dimet_em -v 
 genbox -cp dimet_em -p dimet -cs -o dimet_s
grompp -f em -p dimet -c dimet_s -o dimet_s 
grompp -f pr -c dimet_s -p dimet -o dimet_pr -maxwarn 1 
mdrun -deffnm dimet_pr -v 
grompp -f md -c dimet_pr -p dimet -o dimet_md -maxwarn 1 
 mdrun -deffnm dimet_md -v