Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~Fastum/12.html
Дата изменения: Wed Dec 28 01:57:32 2005
Дата индексирования: Mon Oct 1 21:31:04 2012
Кодировка: Windows-1251
Оценка эволюционных расстояний. На главную страницу третьего семестра

Сравнение разных способов оценки эволюционных расстояний между гомологичными нуклеотидными последовательностями.

Основеая задача - определить границы применимости 2-х способов оценки эволюционного расстояния между нуклеотидными последовательностями. Сначала построим, исходя из параметров заданного ранее дерева, матрицу истинных расстояний.


Затем по множественному выравниванию всех последовательностей дерева ( а они были получены в результате работы скрипта )с помощью программы distmat были получены 2 матрицы: матрица попарных различий и матрица попарных расстояний, вычисленных по формуле Джукса - Кантора



На основе этих данных с в программе Excel был построен следующий график:

Как видно из графика, оба способа оценки выдают результаты меньше истинных,причем погрешность результатов растет с ростом истинного расстояния.Из этого следует,что данные способы можно применять только при исследовании очень близких последовательностей (особенно методом попарных различий ). Преимущество алгоритма Джукса - Кантора состоит в том, что его график в отличие от первого не имеет асимптоты У=3/4.


На главную страницу третьего семестра