Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~Khrameeva/t2_html/align.html
Дата изменения: Sun Apr 17 23:34:14 2005
Дата индексирования: Tue Oct 2 11:32:00 2012
Кодировка: Windows-1251

align

Глобальное и локальное выравнивание аминокислотных последовательностей

Ha главную страницу II семестра

Матрицы переходов

Глобальное выравнивание

Матрица переходов строилась для последовательностей MIAL (первые 4 остатка моего белка) и VIRNL (первые 4 остатка моего белка с двумя заменами и одной вставкой).
При построении матрицы использовались следующие параметры:
- Вес совпадения — 2
- Вес замены — -1
- Штраф за делецию — -2

В соответсвии с расчетами для пары A/N, оптимальный путь может проходить как через ячейку I/R, так и через ячейку A/R (в обоих случаях получились одинаковые значения — -2), поэтому имеют место два варианта:

		M	I	A	L
	0	f -2	f -4	f -6	f -8
V	h -2	j -1	j -3	j -5	j -7
I	h -4	j -3	j 1	f -1	f -3
R	h -6	j -5	h -1	j 0	j -2
N	h -8	j -7	h -3	j -2	j -1
L	h -10	j -9	h -5	j -4	j 0

		M	I	A	L
	0	f -2	f -4	f -6	f -8
V	h -2	j -1	j -3	j -5	j -7
I	h -4	j -3	j 1	f -1	f -3
R	h -6	j -5	h -1	j 0	j -2
N	h -8	j -7	h -3	h -2	j -1
L	h -10	j -9	h -5	j -4	j 0

Соответственно, имеют место и два варианта выравнивания:
M — I A L

V I R N L
и
M I — A L

V I R N L
Вес выравниваний, соотвествующих обоим оптимальным путям — 0.

Локальное выравнивание

Матрица переходов строилась для последовательностей MIALIQRVT (первые 9 остатков моего белка) и IARVT (остатки 2, 3, 7, 8, 9 моего белка).
При построении матрицы использовались следующие параметры:
- Вес совпадения — 2
- Вес замены — -1
- Штраф за делецию — -2

В соответсвии с расчетами, была построена следующая матрица переходов:

		M	I	A	L	I	Q	R	V	T
	0	f 0	f 0	f 0	f 0	f 0	f 0	f 0	f 0	f 0
I	h 0	0	j 2	f 0	0	j 2	f 0	0	0	0
A	h 0	0	h 0	j 4	f 2	f 0	j 1	0	0	0
R	h 0	0	0	h 2	j 3	j 1	0	j 3	f 1	0
V	h 0	0	0	h 0	j 1	j 2	j 0	h 1	j 5	f 3
T	h 0	0	0	0	0	j 0	j 1	0	h 3	j 7

Соответственно, получаем два выравнивания:
- Для оптимального пути:
  I Q R V T
  
  I A R V T
- Для субоптимального пути:
  I A
  
  I A
Веса выравниваний:
- Для оптимального пути — 7
- Для субоптимального пути — 4.

Влияние параметров на глобальное выравнивание

Выравнивание ?1.

Параметры:

Штраф за открытие делеции - 10

Штраф за продолжение делеции - 1

DTD_ECOLI          1 MIALIQRVTRASVTVEGEVTGEIGAGLLVLLGVEKDDDEQKANRLCERVL     50
                                                                       
synthetic          1                                                         0

DTD_ECOLI         51 GYRIFSDAEGKMNLNVQQAGGSVLVVSQFTLAADTERGMRPSFSKGASPD    100
                                                  |.|:.|..|   .||||||||
synthetic          1                              TRASVTVEG---EFSKGASPD     18

DTD_ECOLI        101 RAEALYDYFVERCRQQEMNTQTGRFAADMQVSLVNDGPVTFWLQV    145
                     ||||                                         
synthetic         19 RAEA                                              22

Выравнивание ?2.

Параметры:

Штраф за открытие делеции - 1

Штраф за продолжение делеции - 1

DTD_ECOLI          1 MIALIQRVTRASVTVEGEVTGEIGAGLLVLLGVEKDDDEQKANRLCERVL     50
                                                                       
synthetic          1                                                         0

DTD_ECOLI         51 GYRIFSDAEGKMNLNVQQAGGSVLVVSQFTLAAD-T-ERGMRPSFSKGAS     98
                                                  | .|. | | |   .||||||
synthetic          1                              T-RASVTVE-G---EFSKGAS     16

DTD_ECOLI         99 PDRAEALYDYFVERCRQQEMNTQTGRFAADMQVSLVNDGPVTFWLQV    145
                     ||||||                                         
synthetic         17 PDRAEA                                              22

Во втором выравнивании появились два гэпа в последовательности DTD_ECOLI (процент гэпов увеличился с 84,8 до 86,4). Для последовательности "synthetic" число гэпов не изменилось, но во втором выравнивании гэпы есть не только на концах, но и в середине последовательности. Это связано с меньшим штрафом за открытие делеции - теперь программе Needle выгоднее открыть несколько делеций, чтобы добиться совпадения остатков, чем довольствоваться заменами. Поэтому, как мы видим, во втором выравнивании уже не четыре, а пять совпадений. Из-за уменьшения штрафа за открытие делеции и увеличения числа совпадений вес выравнивания заметно увеличился (с 62 для первого выравнивания до 77 для второго).

		M	I	A	L	I	Q	R	V	T
	0	f 0	f 0	f 0	f 0	f 0	f 0	f 0	f 0	f 0
I	h 0	0	j 2	f 0	0	j 2	f 0	0	0	0
A	h 0	0	h 0	j 4	f 2	f 0	j 1	0	0	0
R	h 0	0	0	h 2	j 3	j 1	0	j 3	f 1	0
V	h 0	0	0	h 0	j 1	j 2	j 0	h 1	j 5	f 3
T	h 0	0	0	0	0	j 0	j 1	0	h 3	j 7

		M	I	A	L	I	Q	R	V	T
	0	f 0	f 0	f 0	f 0	f 0	f 0	f 0	f 0	f 0
I	h 0	0	j 2	f 0	0	j 2	f 0	0	0	0
A	h 0	0	h 0	j 4	f 2	f 0	j 1	0	0	0
R	h 0	0	0	h 2	j 3	j 1	0	j 3	f 1	0
V	h 0	0	0	h 0	j 1	j 2	j 0	h 1	j 5	f 3
T	h 0	0	0	0	0	j 0	j 1	0	h 3	j 7

		M	I	A	L	I	Q	R	V	T
	0	f 0	f 0	f 0	f 0	f 0	f 0	f 0	f 0	f 0
I	h 0	0	j 2	f 0	0	j 2	f 0	0	0	0
A	h 0	0	h 0	j 4	f 2	f 0	j 1	0	0	0
R	h 0	0	0	h 2	j 3	j 1	0	j 3	f 1	0
V	h 0	0	0	h 0	j 1	j 2	j 0	h 1	j 5	f 3
T	h 0	0	0	0	0	j 0	j 1	0	h 3	j 7