Знакомство с базой данных Archaeal and Bacterial ABC transporter database

Понятие об ABC транспортерах

ABC транспортеры - большое и древнейшее суперсемейство интегральных белков, участвующих в переносе разнообразных веществ через мембрану за счет энергии гидролиза АТФ. Типичная ABC транспортная система состоит из двух нуклеотид-связывающих доменов (NBD), которые обеспечивают энергией систему за счет гидролиза АТФ; двух прободающих мембрану доменов (MSB), которые образуют канал в мембране; и связывающего белка (SBP - домен), который передает транспортному комплексу субстрат для переноса. Такая система образована несколькими белками.

База данных Archaeal and Bacterial ABC transporter database

Данный ресурс посвящен ABC транспотерам, полученным из полностью секвенированных прокариотическим геномам геномам. Он состоит из двух архивов: ABCdb и Autodb. В ABCdb содержатся данные проверенные и аннотированные экспертом. В Autodb содержатся "сырые" данные по недавно секвенированным геномам, там могут оказаться белки не принадлежащие к транспортерам, отсутствуют некоторые поля которые есть в ABCdb (например принадлежность к подсемейству).

На данный момент в архиве ABCdb находится 17173 белка из 121 генома (в Autodb 22179 из 166).
Ресурс предоставляет возможность получить информацию о:

• ABC транспотерах - транспортных системах состоящих из нескольких белков
• Белках-партнерах участвующих в образовании одной системы
• Доменной структуры транспортной системы
• Класификации транспортеров и белков-партнеров, участвующих в образовании системы.
• Таксономии транспортеров

Организация базы

Все белки, участвующие в организации одной системы объединены в объекты класса Assembly. Найдя интересующую систему, можно узнать о ее доменной организации, формирующих ее белках, и идентификатор класса к которому принадлежит система. Хотя как производится деление на классы (A1, A10...) нигде не оговорено (будем наедятся, что это нечто тривиальное, и каждый кому понадобится эта база знает, что это такое).

Про конкретный белок можно узнать следующее:

• Краткое описание
• Длинну
• Молекулярную массу
• AC банка Uniprot или другого
• Координаты гена в геноме
• На какой хромосоме находится ген
• Какому подсемейству принадлежит
• Какой транспортной системе принадлежит
• Какой домен содержит

• Species - можно узнать информацию о таксономии.
• Strain - по сути ссылка на Hromosome.
• Hromosome - можно узнать какие транспортные системы, и белки закодированы в данной хромосоме.
• Prediction - сведения о проверке - относится или нет данный белок к транспортерам, ее результат, и примененный метод.
• Subfamily - краткое описание подсемейства и белки принадлежащие ему.

Организация поиска

В базе предусмотрено несколько способов поиска:

• (Быстрый.) Указать имя объекта одного из перечисленных выше классов (можно использовать "*" "?").
• По ключевому слову
• Использовать сложный запрос по определенным полям (как в SRS standart query). Его можно еще усложнить, указав, что название должно соответствовать паттерну. Этим способом можно искать только белки.

Инструменты

• Можно произвести поиск гомологичных последовательностей в базе данных с помощю BLAST'а
• Можно посмотреть процентное распределение классов белков у различных штаммов.

Как этот ресурс может пригодиться в работе?

Может пригодится:

• возможность узнать какие белки-транспортеры есть у организма (а у другого нет).
• возможность "пробластовать" свой белок по базе данных
• Какие белки, вместе с найденным участвуют в образовании транспортного комплекса (это, похоже, было главной целью авторов)

Недостатки

Нет иерархии подсемейств. Поэтому трудно составить выборку. Да и вообще трудно составить хоть какую-то выборку, если понадобится. Как ни пытались, не получилось вытащить белок по его AC из Uniprot c помощью сложного запроса. Только через поиск по ключевым словам. Но это же догадаться надо было!

Резюме

Данный ресурс может пригодиться в качестве справочной базы данных для известных белков.